| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第11-30页 |
| 1.1 嗜酸菌的分类及主要特征 | 第11-14页 |
| 1.1.1 化能自养菌 | 第12页 |
| 1.1.2 化能异养菌 | 第12-14页 |
| 1.2 嗜酸菌催化金属硫化物的代谢机制 | 第14-15页 |
| 1.3 嗜酸菌的铁硫代谢机制 | 第15-16页 |
| 1.4 嗜酸菌的适应机制 | 第16-18页 |
| 1.4.1 嗜酸菌的耐酸机制 | 第16-17页 |
| 1.4.2 嗜酸菌的耐重金属机制 | 第17-18页 |
| 1.5 嗜酸菌生态学研究进展 | 第18-26页 |
| 1.5.1 嗜酸菌间的相互作用与相互关系 | 第18-19页 |
| 1.5.1.1 竞争 | 第18-19页 |
| 1.5.1.2 捕食 | 第19页 |
| 1.5.1.3 互生 | 第19页 |
| 1.5.1.4 合作 | 第19页 |
| 1.5.2 嗜酸菌的分子生态学研究 | 第19-20页 |
| 1.5.3 高通量测序技术及其在微生物分子生态学中的应用 | 第20-26页 |
| 1.5.3.1 高通量测序技术 | 第21-25页 |
| 1.5.3.2 高通量测序技术在微生物分子生态学中的应用 | 第25-26页 |
| 1.6 酸性环境中的氨氧化作用 | 第26-28页 |
| 1.7 本项目的立题背景和意义 | 第28-30页 |
| 第2章 酸性矿山废水中嗜酸菌分子生态学研究 | 第30-47页 |
| 2.1 材料与方法 | 第31-35页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第31-32页 |
| 2.1.1.1 样品的采集 | 第31页 |
| 2.1.1.2 仪器设备 | 第31-32页 |
| 2.1.1.3 实验试剂 | 第32页 |
| 2.1.2 实验方法 | 第32-35页 |
| 2.1.2.1 AMD样品物理化学参数的测定 | 第32-33页 |
| 2.1.2.2 基因组DNA的提取 | 第33页 |
| 2.1.2.3 16S rDNA/18S rDNA基因片段的扩增 | 第33-34页 |
| 2.1.2.4 16SrDNA/18S rDNA基因文库的构建 | 第34-35页 |
| 2.1.2.5 16S/18S rDNA基因文库的ARDRA分型 | 第35页 |
| 2.1.2.6 序列测定及系统发育分析 | 第35页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第35-46页 |
| 2.2.1 AMD样品的理化特性 | 第35-37页 |
| 2.2.2 AMD样品16S rDNA和18S rDNA的扩增结果 | 第37-38页 |
| 2.2.3 AMD样品16S rDNA和18S rDNA的克隆文库验证结果 | 第38-39页 |
| 2.2.4 AMD样品16S rDNA和18S rDNA克隆文库的酶切结果 | 第39页 |
| 2.2.5 AMD样品细菌和真核微生物克隆文库饱和度分析 | 第39-40页 |
| 2.2.6 AMD中细菌群落研究 | 第40-44页 |
| 2.2.7 AMD中真核微生物群落研究 | 第44-46页 |
| 2.3 小结 | 第46-47页 |
| 第3章 酸性矿山废水区域废矿石中细菌群落分子生态学研究 | 第47-63页 |
| 3.1 实验材料与方法 | 第47-49页 |
| 3.1.1 样品采集 | 第47页 |
| 3.1.2 物化参数的测定 | 第47-48页 |
| 3.1.3 16S rRNA基因片段的扩增 | 第48页 |
| 3.1.4 克隆文库的建立 | 第48页 |
| 3.1.5 系统发育分析和统计学分析 | 第48-49页 |
| 3.2 实验结果及分析 | 第49-59页 |
| 3.2.1 样品的物理化学参数 | 第49-50页 |
| 3.2.2 样品细菌克隆文库分析 | 第50-51页 |
| 3.2.3 细菌群落及物化参数统计学分析 | 第51-52页 |
| 3.2.4 废矿石样品中细菌类群组成及系统发育学分析 | 第52-59页 |
| 3.3 讨论 | 第59-61页 |
| 3.4 小结 | 第61-63页 |
| 第4章 基于高通量测序的酸性矿山废水中嗜酸菌群落结构研究 | 第63-90页 |
| 4.1 材料与方法 | 第64-76页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第64-66页 |
| 4.1.1.1 样品的采集 | 第64-65页 |
| 4.1.1.2 仪器设备 | 第65-66页 |
| 4.1.1.3 实验试剂 | 第66页 |
| 4.1.2 实验方法 | 第66-76页 |
| 4.1.2.1 AMD样品物理化学参数的测定 | 第66-67页 |
| 4.1.2.2 基因组DNA的提取 | 第67页 |
| 4.1.2.3 18SrDNA基因片段的扩增及克隆文库的构建 | 第67页 |
| 4.1.2.4 16SrDNA基因片段的扩增 | 第67-68页 |
| 4.1.2.5 文库构建 | 第68-70页 |
| 4.1.2.6 模板制备与富集 | 第70-72页 |
| 4.1.2.7 上机测序 | 第72-76页 |
| 4.1.2.8 高通量测序的数据处理 | 第76页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第76-88页 |
| 4.2.1 AMD样品的理化特性 | 第76-78页 |
| 4.2.2 基于高通量测序的嗜酸菌群落结构研究 | 第78-88页 |
| 4.2.2.1 嗜酸细菌和古菌群落研究 | 第78-86页 |
| 4.2.2.2 AMD中真核微生物的群落结构研究 | 第86-88页 |
| 4.3 小结 | 第88-90页 |
| 第5章 固体样品中嗜酸菌群落的高通量测序解析及氨氧化类群研究 | 第90-103页 |
| 5.1 材料与方法 | 第91-93页 |
| 5.1.1 样品采集 | 第91-92页 |
| 5.1.2 物化指标测定 | 第92页 |
| 5.1.3 DNA提取、16S rDNA基因扩增及高通量测序 | 第92页 |
| 5.1.4 氨单加氧酶基因(amoA)的扩增 | 第92页 |
| 5.1.5 序列数据处理 | 第92-93页 |
| 5.2 结果与分析 | 第93-101页 |
| 5.2.1 固体样品的理化特性 | 第93-94页 |
| 5.2.2 基于高通量测序的嗜酸菌群落研究 | 第94-101页 |
| 5.2.2.1 固体样品中嗜酸菌类群的组成及与物化参数的关系 | 第94-97页 |
| 5.2.2.2 样品XK中产酸群落分析 | 第97-99页 |
| 5.2.2.3 固体样品中古菌的作用及氨氧化群落初步研究 | 第99-101页 |
| 5.3 讨论 | 第101-102页 |
| 5.4 结论 | 第102-103页 |
| 第6章 结论与展望 | 第103-105页 |
| 6.1 结论 | 第103-104页 |
| 6.2 展望 | 第104-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 参考文献 | 第106-115页 |
| 个人简历 | 第115页 |
