| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 前言 | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-25页 |
| 1.1 叶绿体概述 | 第10-11页 |
| 1.1.1 叶绿体的起源 | 第10页 |
| 1.1.2 叶绿体的形态 | 第10页 |
| 1.1.3 叶绿体的功能 | 第10-11页 |
| 1.1.4 叶绿体基因组特征 | 第11页 |
| 1.2 叶绿体全基因组测序 | 第11-15页 |
| 1.2.1 叶绿体DNA的分离和提纯 | 第13-14页 |
| 1.2.2 叶绿体DNA全序列的测定和组装 | 第14-15页 |
| 1.3 牧草叶绿体基因组研究进展 | 第15-25页 |
| 1.3.1 概述 | 第15-17页 |
| 1.3.2 禾草叶绿体基因组研究进展 | 第17-20页 |
| 1.3.3 豆科牧草叶绿体基因组研究进展 | 第20-23页 |
| 1.3.4 其他科牧草叶绿体基因组研究进展 | 第23-25页 |
| 第二章 材料与方法 | 第25-29页 |
| 2.1 实验材料 | 第25-27页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第25-26页 |
| 2.1.2 技术路线 | 第26页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第26页 |
| 2.1.4 主要实验仪器 | 第26-27页 |
| 2.2 研究方法 | 第27-28页 |
| 2.2.1 叶绿体DNA的分离和提纯 | 第27页 |
| 2.2.2 叶绿体DNA全序列的测定和组装 | 第27页 |
| 2.2.3 叶绿体全基因PCR鉴定 | 第27-28页 |
| 2.3 数据分析方法 | 第28-29页 |
| 2.3.1 基因组序列注释和提交 | 第28页 |
| 2.3.2 基因组序列进化分析 | 第28-29页 |
| 第三章 结果与分析 | 第29-61页 |
| 3.1 紫花苜蓿叶绿体基因组分析 | 第29-43页 |
| 3.1.1 叶绿体基因组测序及序列组装 | 第29-31页 |
| 3.1.2 叶绿体基因组注释、基因功能及分类 | 第31-35页 |
| 3.1.3 密码子偏好性分析 | 第35-38页 |
| 3.1.4 叶绿体基因组的简单序列重复（cpSSR） | 第38-39页 |
| 3.1.5 与其他6个豆科植物叶绿体基因组的比较分析 | 第39-41页 |
| 3.1.6 叶绿体基因组进化分析 | 第41-43页 |
| 3.2 箭筈豌豆叶绿体基因组分析 | 第43-58页 |
| 3.2.1 叶绿体基因组测序及序列组装 | 第43-46页 |
| 3.2.2 叶绿体基因组注释、基因功能及分类 | 第46-50页 |
| 3.2.3 密码子偏好性分析 | 第50-54页 |
| 3.2.4 叶绿体基因组的简单重复序列（cpSSR） | 第54-55页 |
| 3.2.5 与其他6个豆科植物叶绿体基因组的比较分析 | 第55-57页 |
| 3.2.6 叶绿体基因组进化分析 | 第57-58页 |
| 3.3 紫花苜蓿与箭筈豌豆叶绿体基因组比较分析 | 第58-61页 |
| 3.3.1 叶绿体基因组注释、基因功能 | 第58页 |
| 3.3.2 密码子偏好性比较分析 | 第58-59页 |
| 3.3.3 叶绿体基因组进化分析 | 第59-61页 |
| 第四章 讨论与结论 | 第61-64页 |
| 4.1 讨论 | 第61-63页 |
| 4.1.1 叶绿体基因组的结构 | 第61页 |
| 4.1.2 叶绿体基因组的密码子偏好性 | 第61-62页 |
| 4.1.3 叶绿体基因组的进化关系 | 第62页 |
| 4.1.4 叶绿体基因组相关的基因工程研究 | 第62-63页 |
| 4.2 主要结论 | 第63-64页 |
| 4.2.1 紫花苜蓿叶绿体基因组特征 | 第63页 |
| 4.2.2“兰箭3号”春箭筈豌豆叶绿体基因组特征 | 第63页 |
| 4.2.3 紫花苜蓿和箭筈豌豆叶绿体基因组特征比较分析 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-70页 |
| 在学期间的研究成果 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71页 |
