| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-19页 |
| 1.1 噬菌体概述 | 第11-14页 |
| 1.1.1 噬菌体的定义 | 第11页 |
| 1.1.2 噬菌体的分类 | 第11-13页 |
| 1.1.3 噬菌体的应用 | 第13-14页 |
| 1.2 低温噬菌体概念及研究现状 | 第14-15页 |
| 1.3 噬菌体的研究方法 | 第15-17页 |
| 1.3.1 形态学研究 | 第15页 |
| 1.3.2 计数方法研究 | 第15页 |
| 1.3.3 基因组学研究 | 第15-16页 |
| 1.3.4 高通量测序以及基因芯片技术 | 第16页 |
| 1.3.5 比较基因组学分析 | 第16-17页 |
| 1.4 荧光假单胞菌噬菌体基因组研究现状 | 第17-18页 |
| 1.5 本研究的目的及意义 | 第18-19页 |
| 第二章 低温噬菌体VSW-3生物学特性 | 第19-32页 |
| 2.1 材料 | 第19-20页 |
| 2.1.1 样品来源 | 第19页 |
| 2.1.2 培养基及缓冲液 | 第19-20页 |
| 2.2 方法 | 第20-23页 |
| 2.2.1 噬菌体颗粒浓缩、纯化及形态观察 | 第20页 |
| 2.2.2 宿主菌生长温度范围及噬菌体侵染宿主的温度范围 | 第20-21页 |
| 2.2.3 宿主菌生长曲线 | 第21页 |
| 2.2.4 噬菌体的生物学特性 | 第21-23页 |
| 2.3 结果 | 第23-28页 |
| 2.3.1 噬菌体的形态 | 第23-24页 |
| 2.3.2 宿主菌生长温度范围及噬菌体侵染宿主的温度范围 | 第24页 |
| 2.3.3 宿主菌生长曲线 | 第24-25页 |
| 2.3.4 噬菌体的一步生长曲线 | 第25页 |
| 2.3.5 噬菌体最佳感染复数 | 第25-26页 |
| 2.3.6 噬菌体的温度耐受性 | 第26页 |
| 2.3.7 噬菌体的pH耐受性 | 第26-27页 |
| 2.3.8 噬菌体对化学试剂敏感性 | 第27-28页 |
| 2.3.9 噬菌体基因组酶切与衣壳蛋白分析 | 第28页 |
| 2.4 讨论 | 第28-32页 |
| 第三章 低温噬菌体VSW-3全基因组解析 | 第32-51页 |
| 3.1 材料 | 第32页 |
| 3.1.1 实验菌种及其噬菌体 | 第32页 |
| 3.1.2 荧光假单胞菌噬菌体VSW-3全基因组测序 | 第32页 |
| 3.2 荧光假单胞菌噬菌体VSW-3的序列解析方法 | 第32-33页 |
| 3.2.1 基因组特性的初步分析 | 第32页 |
| 3.2.2 开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)的预测 | 第32-33页 |
| 3.2.3 基因组GC碱基分布分析 | 第33页 |
| 3.2.4 基因编码产物与同源性蛋白多重序列比对及系统发生树绘制 | 第33页 |
| 3.2.5 基因组注释后GenBank提交 | 第33页 |
| 3.3 结果 | 第33-47页 |
| 3.3.1 荧光假单胞菌噬菌体VSW-3基因组特性 | 第33-36页 |
| 3.3.2 荧光假单胞菌噬菌体VSW-3基因组上开放阅读框(ORF)及编码蛋白的预测分析 | 第36-38页 |
| 3.3.3 噬菌体VSW-3基因组上的启动子预测结果分析 | 第38-41页 |
| 3.3.4 荧光假单胞菌噬菌体VSW-3基因组上GC岛(CpG islands)预测分析 | 第41-43页 |
| 3.3.5 噬菌体VSW-3基因结构及基因产物的分析 | 第43-47页 |
| 3.4 讨论 | 第47-51页 |
| 第四章 低温噬菌体VSW-3比较基因组学分析 | 第51-61页 |
| 4.1 材料 | 第51页 |
| 4.2 荧光假单胞菌噬菌体VSW-3的比较基因组学解析方法 | 第51-52页 |
| 4.2.1 基因组共线性分析 | 第51页 |
| 4.2.2 基因组进化分析 | 第51页 |
| 4.2.3 基因组圈图以及COG功能注释 | 第51-52页 |
| 4.3 结果 | 第52-57页 |
| 4.3.1 基因组共线性分析 | 第52-55页 |
| 4.3.2 基因组进化分析 | 第55-56页 |
| 4.3.3 基因组圈图以及COG功能注释 | 第56-57页 |
| 4.5 讨论 | 第57-61页 |
| 第五章 总结与展望 | 第61-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-71页 |
| 附录A 八种噬菌体共线性比较结果 | 第71-80页 |
| 附录B 150种已测序的假单胞噬菌体基因组信息 | 第80-88页 |
| 附录C 攻读硕士期间发表论文目录 | 第88页 |
