| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第一章 研究背景 | 第9-32页 |
| 1.1 云杉属研究背景 | 第9-18页 |
| 1.1.1 云杉属植物的形态特征、地理分布和遗传方式 | 第9-11页 |
| 1.1.2 云杉属所属的系统发育位置 | 第11-12页 |
| 1.1.3 云杉属的分类简史、地理分布及属内系统发育关系的研究 | 第12-18页 |
| 1.2 系统发育学分析 | 第18-28页 |
| 1.2.1 系统发育学概论 | 第18-19页 |
| 1.2.2 系统发育学的原理 | 第19-20页 |
| 1.2.3 系统发育树的要素和类型 | 第20-21页 |
| 1.2.4 基因树与物种树不一致的主要原因 | 第21-23页 |
| 1.2.5 系统发育学的分析方法 | 第23-25页 |
| 1.2.6 系统发育树的可靠性与假设检验 | 第25页 |
| 1.2.7 分歧时间估算原理和算法 | 第25-26页 |
| 1.2.8 网状进化的概述 | 第26-27页 |
| 1.2.9 系统发育学研究的挑战 | 第27-28页 |
| 1.3 系统发育基因组学 | 第28-30页 |
| 1.3.1 转录组测序技术原理及其研究进展 | 第28-29页 |
| 1.3.2 转录组在研究分子系统发育学中的应用 | 第29-30页 |
| 1.4 研究意义与科学问题 | 第30-32页 |
| 1.4.1 云杉属系统发育研究 | 第30-31页 |
| 1.4.2 云杉属物种网状多样化的研究 | 第31-32页 |
| 第二章 材料和方法 | 第32-43页 |
| 2.1 云杉样品的采集及转录组测序 | 第32-34页 |
| 2.1.1 云杉样品的采集及鉴定 | 第32-33页 |
| 2.1.2 RNA的提取 | 第33-34页 |
| 2.1.3 转录组测序 | 第34页 |
| 2.2 转录组组装 | 第34-36页 |
| 2.2.1 测序质量评估与检测 | 第34页 |
| 2.2.2 转录组组装 | 第34-36页 |
| 2.3 直系同源基因的寻找 | 第36-37页 |
| 2.3.1 27 个种直系同源基因的寻找 | 第36页 |
| 2.3.2 直系同源基因序列的比对 | 第36-37页 |
| 2.4 云杉属遗传变异分析 | 第37-38页 |
| 2.5 系统发育分析 | 第38-41页 |
| 2.5.1 利用直系同源基因构建系统发育树 | 第38-39页 |
| 2.5.2 基于全基因组尺度上的单核苷酸多态性重建系统发育关系 | 第39-40页 |
| 2.5.3 估计分化时间 | 第40-41页 |
| 2.6 同源单倍型和二歧关系的检测 | 第41-43页 |
| 2.6.1 同源单倍型分析 | 第41页 |
| 2.6.2 二歧关系的检测 | 第41-43页 |
| 第三章 研究结果 | 第43-66页 |
| 3.1 样品采集与测序结果 | 第43页 |
| 3.2 转录组组装 | 第43页 |
| 3.3 同源基因寻找 | 第43-46页 |
| 3.4 全基因组尺度上的转录组数据比对 | 第46-48页 |
| 3.5 系统发育分析 | 第48-58页 |
| 3.5.1 基于同源基因建立系统发育树 | 第48-53页 |
| 3.5.2 基于核基因的单核苷酸多态性位点（N-SNP）建立系统发育树 | 第53页 |
| 3.5.3 基于叶绿体基因的单核苷酸多态性（C-SNP）建立系统发育树 | 第53-57页 |
| 3.5.4 系统发育关系总结 | 第57-58页 |
| 3.6 云杉属内物种间同源单倍型的共享以及二歧关系的检测 | 第58-66页 |
| 3.6.1 同源单倍型检测 | 第58-62页 |
| 3.6.2 二歧关系的检测 | 第62-66页 |
| 第四章 讨论 | 第66-73页 |
| 4.1 讨论 | 第66-71页 |
| 4.1.1 支系间与支系内的网状分化 | 第66-69页 |
| 4.1.2 多条证据表明支系间存在广泛的基因流 | 第69-71页 |
| 4.2 总结 | 第71-72页 |
| 4.3 展望 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-84页 |
| 在学期间的研究成果 | 第84-85页 |
| 附录 | 第85-105页 |
| 致谢 | 第105页 |
