基于高通量测序的微生物辨识、进化与耐药性生物信息学分析
| 缩略词表 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 第一章 前言 | 第14-21页 |
| ·研究背景 | 第14-19页 |
| ·基于高通量测序的微生物辨识 | 第18页 |
| ·基于高通量测序的微生物进化分析 | 第18页 |
| ·基于高通量测序的微生物耐药性分析 | 第18-19页 |
| ·论文的组织结构 | 第19-21页 |
| 第二章 基于高通量测序的微生物辨识 | 第21-55页 |
| ·研究背景 | 第21页 |
| ·高通量测序相关背景介绍 | 第21-31页 |
| ·高通量测序原理与数据质控 | 第21-25页 |
| ·常见的高通量测序数据格式 | 第25-31页 |
| ·本章涉及的相关概念 | 第31页 |
| ·比对类计算的微生物辨识方法 | 第31-38页 |
| ·动态规划类算法介绍 | 第32-34页 |
| ·基于索引的BWT类算法介绍 | 第34-37页 |
| ·比对算法与软件工具小结 | 第37-38页 |
| ·拼接类计算的微生物辨识方法 | 第38-40页 |
| ·OLC类拼接方法介绍 | 第38-39页 |
| ·DBG类拼接方法介绍 | 第39页 |
| ·拼接算法与软件工具小结 | 第39-40页 |
| ·病毒病原体数据分析实例 | 第40-53页 |
| ·选用的数据集 | 第41-42页 |
| ·涉及的分析工具与计算平台 | 第42页 |
| ·微生物辨识的评估标准与分析框架 | 第42-43页 |
| ·基于病原体数据的算例结果 | 第43-53页 |
| ·讨论 | 第53-55页 |
| 第三章 基于高通量测序的微生物进化分析 | 第55-68页 |
| ·研究背景 | 第55页 |
| ·基于高通量测序的微生物进化分析方法 | 第55-60页 |
| ·生物序列数据的预处理 | 第56页 |
| ·进化模型 | 第56-57页 |
| ·进化树的构建方法 | 第57-59页 |
| ·进化树的评估方法 | 第59-60页 |
| ·幽门螺杆菌的微进化分析举例 | 第60-67页 |
| ·幽门螺杆菌的背景介绍 | 第60页 |
| ·高通量测序与分析方法 | 第60-61页 |
| ·分析结果 | 第61-67页 |
| ·讨论 | 第67-68页 |
| 第四章 基于高通量测序的微生物耐药性分析 | 第68-73页 |
| ·研究背景 | 第68页 |
| ·生物信息学分析方法简介 | 第68-69页 |
| ·金黄色葡萄球菌耐药性生物信息学分析结果 | 第69-72页 |
| ·全基因组测序拼接与注释 | 第69-70页 |
| ·QDA耐药基因lsa(E) | 第70-71页 |
| ·SCCmec结构分析 | 第71-72页 |
| ·限制修饰系统与基因转移 | 第72页 |
| ·讨论 | 第72-73页 |
| 第五章 结论与展望 | 第73-75页 |
| ·全文总结 | 第73页 |
| ·研究课题展望 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-83页 |
| 代表性论著 | 第83-84页 |
| 个人简历 | 第84-86页 |
| 致谢 | 第86页 |
