| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第9-13页 |
| 1 绪论 | 第13-33页 |
| ·引言 | 第13-14页 |
| ·细菌致病主要途径 | 第14-18页 |
| ·细菌侵袭力在病原菌发挥毒力中的作用 | 第14-17页 |
| ·细菌毒素引起病原菌致病研究 | 第17页 |
| ·细菌其他致病机制 | 第17-18页 |
| ·Ⅱ型猪链球菌致病机制相关研究 | 第18-21页 |
| ·链球菌研究进展 | 第18-19页 |
| ·Ⅱ型猪链球菌概述 | 第19-20页 |
| ·Ⅱ型猪链球菌致病机制研究 | 第20-21页 |
| ·细菌转录组研究 | 第21-31页 |
| ·细菌转录组研究进展及意义 | 第21-22页 |
| ·细菌转录组研究方法 | 第22-28页 |
| ·RNA-seq在细菌致病机制研究中的应用 | 第28-31页 |
| ·本课题研究目的 | 第31-33页 |
| 2 材料与方法 | 第33-37页 |
| ·实验材料 | 第33页 |
| ·转录组序列文库构建及测序 | 第33页 |
| ·转录组测序数据比对 | 第33页 |
| ·Ⅱ型猪链球菌同源基因表达分析 | 第33-34页 |
| ·同源基因提取 | 第33-34页 |
| ·差异表达分析 | 第34页 |
| ·通路富集分析 | 第34页 |
| ·Ⅱ型猪链球菌毒力因子分析 | 第34-35页 |
| ·Ⅱ型猪链球菌基因组注释的优化 | 第35-37页 |
| 3 结果与讨论 | 第37-65页 |
| ·Ⅱ型猪链球菌转录组数据分析方案 | 第37-38页 |
| ·Ⅱ型猪链球菌RNA-seq数据统计及质量 | 第38-40页 |
| ·两株致病菌基因整体表达水平与参考株存在差异 | 第40-41页 |
| ·致病菌与参考株同源基因差异表达分析 | 第41-53页 |
| ·同源基因提取及差异表达统计 | 第41-44页 |
| ·差异表达的基因相关通路分析 | 第44-52页 |
| ·致病菌特有的高表达基因参与细胞毒素和胞外蛋白合成 | 第52-53页 |
| ·致病菌与参考株毒力因子分析 | 第53-57页 |
| ·差异表达的毒力因子参与相关通路 | 第54-56页 |
| ·致病菌特有的毒力因子涉及多糖合成 | 第56-57页 |
| ·两致病菌89K毒力岛通路富集 | 第57-60页 |
| ·89 K毒力岛内高表达的两个基因组成毒素-抗毒素系统 | 第58-59页 |
| ·89 K毒力岛参与信号转导系统等过程 | 第59-60页 |
| ·Ⅱ猪链球菌基因组注释的优化 | 第60-65页 |
| ·基因间区表达区域鉴定 | 第61页 |
| ·新基因注释 | 第61-62页 |
| ·操纵子鉴定 | 第62-64页 |
| ·非编码RNA分析 | 第64-65页 |
| 4 讨论与结论 | 第65-67页 |
| ·讨论 | 第65-66页 |
| ·转录组测序评估 | 第65页 |
| ·数据处理评估 | 第65页 |
| ·关于Ⅱ型猪链球菌的跨种传播和致病性的推测 | 第65-66页 |
| ·结论 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-75页 |
| 附录 | 第75-81页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第81页 |