| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-20页 |
| ·DNA甲基化背景 | 第11-14页 |
| ·高通量结合DNA甲基化测序背景 | 第14-16页 |
| ·目前生物信息学工具在甲基化测序方面的背景 | 第16-20页 |
| 第二章 全基因组bisulfite甲基化测序模拟软件BSSim | 第20-33页 |
| ·引言 | 第20-22页 |
| ·材料和方法 | 第22-26页 |
| ·数据集 | 第22-23页 |
| ·BSSim的流程 | 第23-26页 |
| ·结果与讨论 | 第26-31页 |
| ·BSSim参数设置 | 第26-29页 |
| ·模拟效果评估 | 第29-31页 |
| ·展望 | 第31-33页 |
| 第三章 DNA差异甲基化软件swDMR开发及应用 | 第33-45页 |
| ·引言 | 第33-34页 |
| ·swDMR软件开发 | 第34-37页 |
| ·swDMR设计 | 第34-35页 |
| ·结果 | 第35-36页 |
| ·swDMR软件下载 | 第36-37页 |
| ·swDMR安装及运行 | 第37-41页 |
| ·swDMR基本参数设置 | 第38-39页 |
| ·运行结果文件 | 第39-41页 |
| ·讨论和展望 | 第41-44页 |
| ·swDMR输入数据准备 | 第41页 |
| ·运行swDMR | 第41页 |
| ·运行结果 | 第41-44页 |
| ·运行效率 | 第44页 |
| ·讨论和展望 | 第44-45页 |
| 第四章 Reduced representation bisulfite sequencing数据分析平台RRBS-Analyser | 第45-73页 |
| ·引言 | 第45-47页 |
| ·材料与方法 | 第47-53页 |
| ·数据来源 | 第47-48页 |
| ·测序质量评估 | 第48-49页 |
| ·重亚硫酸盐处理的短序列比对及甲基化胞嘧啶位点的确定 | 第49-50页 |
| ·全基因组范围的甲基化分析 | 第50-52页 |
| ·网站搭建 | 第52-53页 |
| ·RRBS-Analyser分析流程 | 第53-57页 |
| ·数据输入 | 第54-57页 |
| ·数据输出 | 第57页 |
| ·案例分析 | 第57-72页 |
| ·数据来源 | 第57-58页 |
| ·分析结果 | 第58-72页 |
| ·讨论与展望 | 第72-73页 |
| 第五章 iMethy-全基因组可视化甲基化分析软件 | 第73-93页 |
| ·引言 | 第73-75页 |
| ·材料及方法 | 第75-79页 |
| ·软件 | 第75页 |
| ·数据库 | 第75页 |
| ·计算机语言 | 第75页 |
| ·方法 | 第75-79页 |
| ·结果与讨论 | 第79-91页 |
| ·iMethy网站 | 第79页 |
| ·iMethy可视化 | 第79-87页 |
| ·iMethy命令行 | 第87-90页 |
| ·iMethy性能评估 | 第90-91页 |
| ·展望 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-101页 |
| 附录1 附表 | 第101-110页 |
| 附录2 中英文对照表 | 第110-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第112页 |
