P34功能转变和豆科植物重要性状的分子进化研究
| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 符号说明 | 第11-12页 |
| 第一部分 文献综述 | 第12-30页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-30页 |
| 1 突变与选择 | 第12-15页 |
| ·突变的类型 | 第12-13页 |
| ·影响突变速率的原因 | 第13-14页 |
| ·突变的命运 | 第14-15页 |
| ·自然选择 | 第14页 |
| ·随机遗传漂变 | 第14页 |
| ·突变被固定的概率 | 第14-15页 |
| ·新达尔文理论和中性突变假说 | 第15页 |
| 2 分子系统发育重建 | 第15-19页 |
| ·系统发育树 | 第16页 |
| ·重建系统发育树 | 第16-18页 |
| ·同源序列的搜集 | 第16-17页 |
| ·多序列比对 | 第17页 |
| ·系统发育树构建 | 第17-18页 |
| ·调和基因树和物种树 | 第18页 |
| ·直系同源和旁系同源的判断 | 第18-19页 |
| 3 编码蛋白质基因的进化 | 第19-23页 |
| ·同义置换率和非同义置换率 | 第19-20页 |
| ·直系同源基因的进化 | 第20-21页 |
| ·复制基因的进化 | 第21-23页 |
| ·复制基因的保留偏好 | 第21页 |
| ·基因重复后在表达上的分化 | 第21-22页 |
| ·复制基因的命运及模型 | 第22-23页 |
| 4 新基因诞生的机制 | 第23-24页 |
| 5 P34的研究进展 | 第24-26页 |
| ·P34是最强的大豆过敏原 | 第24页 |
| ·P34的低过敏种质创新 | 第24页 |
| ·P34的生物学性质 | 第24-25页 |
| ·P34与植物防御 | 第25页 |
| ·同源蛋白SPE31的三维结构 | 第25-26页 |
| 6 植物全基因组复制与进化 | 第26-29页 |
| ·全基因组复制是重要的进化动力 | 第26页 |
| ·全基因组复制广泛存在于植物进化过程中 | 第26-27页 |
| ·复制基因的丢失差异 | 第27-28页 |
| ·复制基因的进化 | 第28页 |
| ·全基因组复制和表观遗传学 | 第28页 |
| ·豆科植物早期的全基因组复制 | 第28-29页 |
| 7 本研究的目的与研究内容 | 第29-30页 |
| 第二部分 研究报告 | 第30-66页 |
| 第二章 P34的进化起源与功能转变 | 第30-46页 |
| 摘要 | 第30页 |
| 1 引言 | 第30-32页 |
| 2 材料与方法 | 第32-33页 |
| ·数据获取 | 第32页 |
| ·编码序列的检查和假基因的鉴定 | 第32页 |
| ·共线性网络分析和系统发育重建 | 第32页 |
| ·GABranch和正选择检验 | 第32-33页 |
| ·祖先序列的重建 | 第33页 |
| 3 研究结果 | 第33-38页 |
| ·共线性网络分析和系统发育重建 | 第33-35页 |
| ·P34和SPE31的进化 | 第35-37页 |
| ·基因复制后的分歧进化 | 第37-38页 |
| ·正选择检验 | 第38页 |
| 4 讨论 | 第38-46页 |
| ·功能转变的实现 | 第38-42页 |
| ·分子进化的动力 | 第42-43页 |
| ·共线性网络 | 第43-46页 |
| 第三章 全基因组复制对豆科植物性状进化的作用 | 第46-64页 |
| 摘要 | 第46页 |
| 1 引言 | 第46-47页 |
| 2 材料和方法 | 第47-50页 |
| ·基因组数据 | 第47页 |
| ·系统发育重建 | 第47-49页 |
| ·转录组数据处理 | 第49页 |
| ·GO分析 | 第49-50页 |
| 3 结果 | 第50-59页 |
| ·复制基因的丢失与保留 | 第50-51页 |
| ·复制基因的表达模式存在明显差异 | 第51页 |
| ·GO功能富集分析 | 第51-59页 |
| 4 讨论 | 第59-64页 |
| ·全基因组复制对共生固氮相关过程的影响 | 第59-62页 |
| ·全基因组复制后的基因多样性 | 第62-64页 |
| 第四章 全文结论及创新点 | 第64-66页 |
| 1 全文结论 | 第64-65页 |
| 2 创新点 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第81页 |
