| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-17页 |
| ·miRNA 的发现 | 第13页 |
| ·miRNA 的生物学功能 | 第13-14页 |
| ·miRNA 调控细胞分化与发育 | 第13-14页 |
| ·miRNA 调控细胞增殖 | 第14页 |
| ·miRNA 调控细胞凋亡 | 第14页 |
| ·miRNA 的生物合成过程 | 第14-16页 |
| ·本文研究内容 | 第16-17页 |
| 第二章 理论计算方法介绍 | 第17-27页 |
| ·系统生物学 | 第17-20页 |
| ·微分方程 | 第17-19页 |
| ·敏感度分析 | 第19页 |
| ·代谢通量分析 | 第19-20页 |
| ·分子动力学 | 第20-27页 |
| ·分子力场 | 第20页 |
| ·分子力学 | 第20-22页 |
| ·分子动力学模拟 | 第22-24页 |
| ·自由能计算 | 第24-27页 |
| 第三章 基于系统水平理解 miRNA 生物合成通路 | 第27-38页 |
| ·引言 | 第27-28页 |
| ·方法 | 第28-32页 |
| ·模型描述 | 第28-30页 |
| ·速率方程 | 第30-31页 |
| ·动态敏感度分析 | 第31页 |
| ·随机模拟分析 | 第31-32页 |
| ·结果和讨论 | 第32-37页 |
| ·miRNA 生物合成过程的动力学性质 | 第32-33页 |
| ·动态敏感度分析 | 第33-34页 |
| ·随机模拟 | 第34-37页 |
| ·结论 | 第37-38页 |
| 第四章 转运蛋白 Exp5 识别和转运 miRNA 前体的动态机制研究 | 第38-69页 |
| ·引言 | 第38-40页 |
| ·材料与方法 | 第40-43页 |
| ·蛋白的重新构建 | 第40页 |
| ·分子模拟 | 第40-41页 |
| ·主成分分析 | 第41-42页 |
| ·自由能分解 | 第42页 |
| ·水密度分析 | 第42-43页 |
| ·拉伸动力学 | 第43页 |
| ·结果 | 第43-65页 |
| ·本征的和配体诱导的柔性 | 第43-46页 |
| ·自由 Exp5 变成伸展状态 | 第46-50页 |
| ·自由 Exp5 内外表面的水密度分析 | 第50-52页 |
| ·Exp5 通过 3’末端的两个碱基翻转和茎区小沟变宽识别 pre-miRNA | 第52-57页 |
| ·陷阱区的重排与 3’末端突出结合有关 | 第57-60页 |
| ·能量贡献分析 | 第60-61页 |
| ·RanGTP 减少 pre-miRNA 的解离障碍 | 第61-62页 |
| ·细胞质中 RanGTP 水解不利于 Ran 再组装到 Exp5 上 | 第62-65页 |
| ·讨论 | 第65-67页 |
| ·结论 | 第67-69页 |
| 第五章 转运蛋白 Trn1 的构象异质性的分子动力学模拟研究 | 第69-90页 |
| ·引言 | 第69-70页 |
| ·材料和方法 | 第70-72页 |
| ·模型准备 | 第70-71页 |
| ·分子动力学模拟 | 第71页 |
| ·互相关分析 | 第71页 |
| ·主成分分析 | 第71-72页 |
| ·结果 | 第72-86页 |
| ·结构描述 | 第72页 |
| ·蛋白质的动力学和稳定性 | 第72-74页 |
| ·本征的和底物诱导的柔性 | 第74页 |
| ·互相关分析 | 第74-77页 |
| ·主成分分析和 Trn1 的运动 | 第77-80页 |
| ·Trn1 中的别构通讯 | 第80-81页 |
| ·Trn1 和 NLS 之间的氢键分析 | 第81-83页 |
| ·GTP 水解削弱 Ran 对 Trn1 的结合力 | 第83-86页 |
| ·讨论 | 第86-88页 |
| ·结论 | 第88-90页 |
| 第六章 总结 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-101页 |
| 附录 | 第101-102页 |
| 致谢 | 第102-103页 |
| 作者简介 | 第103-106页 |
