| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-27页 |
| ·研究课题的背景和意义 | 第9-10页 |
| ·microRNA 相关生物学背景 | 第10-18页 |
| ·microRNA 的产生 | 第11-13页 |
| ·microRNA 的作用机制 | 第13-14页 |
| ·microRNA 的功能及其与疾病的联系 | 第14-16页 |
| ·microRNA 与siRNA 的关系 | 第16-18页 |
| ·当前研究状况及存在的问题 | 第18-25页 |
| ·寻找microRNA | 第18-20页 |
| ·microRNA 的进化研究 | 第20-22页 |
| ·microRNA 的表达调控 | 第22-24页 |
| ·microRNA 的靶基因预测和分析 | 第24页 |
| ·国内相关研究进展 | 第24-25页 |
| ·论文各个部分的主要内容和相互之间的联系 | 第25-27页 |
| 第2章 microRNA 同源基因预测 | 第27-40页 |
| ·本章引论 | 第27-28页 |
| ·RNA 二级结构比对 | 第28-30页 |
| ·序列比对与结构比对相结合的microRNA 同源基因预测方法 | 第30-38页 |
| ·数据集描述 | 第30页 |
| ·算法流程 | 第30-34页 |
| ·算法性能评价 | 第34-35页 |
| ·与其他方法的比较 | 第35-37页 |
| ·在冈比按蚊基因组中预测新的microRNA | 第37页 |
| ·网页服务 | 第37-38页 |
| ·完全基于结构信息的miRNA 预测 | 第38-39页 |
| ·本章小结 | 第39-40页 |
| 第3章 脊椎动物中microRNA 进化模式研究 | 第40-55页 |
| ·本章引论 | 第40-41页 |
| ·材料和方法 | 第41-44页 |
| ·数据描述 | 第41页 |
| ·microRNA 超家族聚类 | 第41-43页 |
| ·同源分析 | 第43-44页 |
| ·microRNA 的进化模式 | 第44-53页 |
| ·新生microRNA 的快速进化 | 第47-49页 |
| ·miRNA 与miRNA*的相互转化 | 第49-50页 |
| ·系特异性大规模串联复制 | 第50-52页 |
| ·超家族成员间的联系 | 第52-53页 |
| ·本章小结 | 第53-55页 |
| 第4章 基于比较基因组学的microRNA 转录调控研究 | 第55-68页 |
| ·本章引论 | 第55-57页 |
| ·同时基于序列比对和motif 识别的进化足迹方法 | 第57-60页 |
| ·数据 | 第57页 |
| ·方法描述 | 第57-58页 |
| ·microRNA 周围保守元件识别 | 第58-60页 |
| ·microRNA 顺势调控元件分析 | 第60-67页 |
| ·与已知转录因子结合位点的比较 | 第60-64页 |
| ·新motif 的发现 | 第64-66页 |
| ·寻找miRNA 与转录因子间的调控回路 | 第66-67页 |
| ·本章小结 | 第67-68页 |
| 第5章 基于组蛋白修饰信息的人类基因启动子识别 | 第68-86页 |
| ·本章引言 | 第68-74页 |
| ·基于组蛋白修饰信息的核心启动子识别方法 | 第74-82页 |
| ·数据收集和整理 | 第74-75页 |
| ·启动子区组蛋白修饰信号分析 | 第75页 |
| ·特征提取 | 第75-77页 |
| ·算法描述 | 第77-79页 |
| ·算法性能度量 | 第79页 |
| ·算法性能比较 | 第79-82页 |
| ·基因表达量与预测性能之间的关系 | 第82页 |
| ·microRNA 启动子预测 | 第82-83页 |
| ·本章小结 | 第83-86页 |
| 第6章 总结和展望 | 第86-89页 |
| ·总结 | 第86-88页 |
| ·展望 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-101页 |
