| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 微生物基因组序列分析 | 第10-39页 |
| 1 绪论 | 第10-24页 |
| ·基因组学与生物信息学 | 第10-11页 |
| ·数据管理—常见的生物学数据库 | 第11-17页 |
| ·核酸序列数据库 | 第11-12页 |
| ·蛋白质数据库 | 第12-15页 |
| ·蛋白质序列数据库 | 第12-13页 |
| ·以蛋白质序列数据库为基础的二级数据库 | 第13-14页 |
| ·生物大分子空间结构数据库 | 第14页 |
| ·蛋白质分类数据库 | 第14-15页 |
| ·基因组数据库 | 第15-17页 |
| ·数据分析—微生物基因组序列分析 | 第17-24页 |
| ·单个基因组序列分析 | 第17-21页 |
| ·基因组序列注释 | 第17-18页 |
| ·碱基组分分析 | 第18-19页 |
| ·密码子偏好性分析 | 第19-21页 |
| ·比较基因组研究 | 第21-24页 |
| ·基因组特征比较 | 第21-22页 |
| ·分子系统发生分析 | 第22-24页 |
| 2 Myxococcus xanthus DK1622的基因组序列分析 | 第24-39页 |
| ·立题依据 | 第24页 |
| ·M.xanthus DK1622基因组的注释 | 第24-27页 |
| ·M.xanthus DK1622基因组的碱基组分分析 | 第27-30页 |
| ·M.xanthus DK1622基因组的密码子偏好性分析 | 第30-35页 |
| ·比较基因组学的一种新方法的尝试 | 第35-39页 |
| 第二章 新型随机兼并(AD)引物数据库的构建 | 第39-56页 |
| 1 简介 | 第39-42页 |
| ·TAAIL PCR简介 | 第39-40页 |
| ·现有的 AD引物 | 第40-42页 |
| ·立题依据及总体思路 | 第42页 |
| 2 新型 AD引物设计思路 | 第42-46页 |
| ·总体思路 | 第42-44页 |
| ·目标和方法 | 第42-43页 |
| ·限制条件 | 第43页 |
| ·总体模型 | 第43-44页 |
| ·AD引物设计细节 | 第44-46页 |
| ·AD引物的长度 | 第44页 |
| ·AD引物的组装形式 | 第44-45页 |
| ·细化的模型 | 第45-46页 |
| 3 ADDB的实现 | 第46-54页 |
| ·AD引物生成过程 | 第46-49页 |
| ·统计出现频率 | 第46页 |
| ·GC数的分配 | 第46-48页 |
| ·挑选3’端5bp片段 | 第48页 |
| ·根据3’-5挑选相应的mid-5和5'-4 | 第48-49页 |
| ·组装和批处理 | 第49页 |
| ·ADDB的构建 | 第49-54页 |
| ·服务器及数据库的架构 | 第49-53页 |
| ·服务器的构架 | 第49-51页 |
| ·JSP连接mysql数据库 | 第51-52页 |
| ·数据交互和搜索结果分页显示 | 第52-53页 |
| ·用户界面 | 第53-54页 |
| 4 结果与讨论 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第60页 |
