| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-18页 |
| 第1章 绪论 | 第18-46页 |
| ·研究蛋白质-蛋白质相互作用与识别的背景和意义 | 第18-19页 |
| ·分子对接研究中涉及的理论与方法 | 第19-26页 |
| ·分子间相互作用的热力学过程 | 第19-20页 |
| ·分子对接的理论基础 | 第20-21页 |
| ·分子间结合机制对对接研究的启示 | 第21-22页 |
| ·分子间结合动力学对对接研究的启示 | 第22页 |
| ·分子对接中常用的优化搜索算法 | 第22-26页 |
| ·分子对接方法的应用及关键步骤 | 第26-31页 |
| ·全空间搜索 | 第27-29页 |
| ·打分排序 | 第29-30页 |
| ·结构优化 | 第30-31页 |
| ·分子对接方法研究现状 | 第31-44页 |
| ·分子对接方法的分类 | 第31-32页 |
| ·蛋白质分子柔性的处理 | 第32-33页 |
| ·几种分子对接方法 | 第33-44页 |
| ·蛋白质-蛋白质对接方法研究中有待解决的问题 | 第44-46页 |
| 第2章 自由态分子的蛋白质-蛋白质对接方法 | 第46-62页 |
| ·概述 | 第46-47页 |
| ·基本原理和方法 | 第47-53页 |
| ·蛋白质分子模型 | 第47页 |
| ·构象搜索 | 第47-48页 |
| ·双重过滤技术 | 第48-50页 |
| ·结构优化及打分方案 | 第50-51页 |
| ·算法流程图 | 第51-53页 |
| ·研究体系 | 第53-54页 |
| ·结果与讨论 | 第54-60页 |
| ·分子柔性处理和双重过滤技术 | 第54-59页 |
| ·打分排序 | 第59-60页 |
| ·本章小结 | 第60-62页 |
| 第3章 依赖于蛋白质复合物类型的软对接方法 | 第62-76页 |
| ·概述 | 第62-63页 |
| ·基本原理和方法 | 第63-65页 |
| ·研究体系 | 第65-67页 |
| ·结果与讨论 | 第67-74页 |
| ·三种单一的过滤方法对不同类型复合物的过滤效果 | 第67-71页 |
| ·结构过滤与打分排序 | 第71-74页 |
| ·本章小结 | 第74-76页 |
| 第4章 抗原-抗体复合物结构的预测 | 第76-90页 |
| ·抗原与抗体的相互作用 | 第76-77页 |
| ·抗原决定簇(epitope)的性质 | 第76-77页 |
| ·抗体结合部位 | 第77页 |
| ·研究方法 | 第77-79页 |
| ·构象搜索 | 第77-78页 |
| ·打分方案 | 第78-79页 |
| ·三种骆驼VHH抗体与胰腺α-淀粉酶的对接模拟 | 第79-84页 |
| ·体系的结构 | 第79-80页 |
| ·结果与讨论 | 第80-84页 |
| ·本章小结 | 第84-85页 |
| 附录 有限差分方法求解泊松-玻尔兹曼方程(FDPB) | 第85-90页 |
| 第5章 蛋白质-蛋白质对接中打分函数的研究 | 第90-102页 |
| ·概述 | 第90-93页 |
| ·对接结构的几何互补性评价 | 第91-92页 |
| ·打分函数中静电相互作用能和去水化自由能的计算 | 第92-93页 |
| ·基于结合自由能的打分函数 | 第93-101页 |
| ·研究体系与方法 | 第93-95页 |
| ·结果与讨论 | 第95-101页 |
| ·本章小结 | 第101-102页 |
| 结论 | 第102-106页 |
| 参考文献 | 第106-120页 |
| 附录: | 第120-152页 |
| (1) 发表论文目录 | 第120-122页 |
| (2) 发表论文复印件 | 第122-152页 |
| 致谢 | 第152页 |