| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-31页 |
| ·比较基因组学 | 第14-17页 |
| ·比较图谱 | 第14-16页 |
| ·微观共线性（Microcolinearity） | 第16-17页 |
| ·玉米的进化 | 第17-27页 |
| ·玉米的驯化 | 第17-19页 |
| ·玉米的四倍体起源 | 第19-20页 |
| ·玉米基因组的结构和组成 | 第20-27页 |
| ·tb1 基因研究进展 | 第27-28页 |
| ·tb1 基因的克隆 | 第27-28页 |
| ·tb1 基因调控 | 第28页 |
| ·22kD 醇溶蛋白研究进展 | 第28-29页 |
| ·22kD 醇溶蛋白 | 第28-29页 |
| ·22kD 醇溶蛋白的进化 | 第29页 |
| ·立题依据与研究意义 | 第29-31页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第31-48页 |
| ·材料 | 第31-36页 |
| ·植物材料 | 第31页 |
| ·细菌人工染色体文库 | 第31页 |
| ·相关DNA 序列的获取和提交 | 第31-32页 |
| ·玉米和大刍草群体DNA 样品 | 第32页 |
| ·载体，菌株和常用分子生物学试剂 | 第32页 |
| ·引物 | 第32-35页 |
| ·PCR 扩增体系 | 第35-36页 |
| ·实验方法 | 第36-48页 |
| ·植物基因组抽提 | 第36-37页 |
| ·BAC 文库的扩增与保存 | 第37页 |
| ·筛选含目的基因的阳性单克隆 | 第37-38页 |
| ·Southern blotting | 第38-41页 |
| ·抽提BAC 质粒（QIAGEN Large-Construct Kit） | 第41-42页 |
| ·制备“鸟枪”文库片段 | 第42-43页 |
| ·制备“鸟枪”文库载体 | 第43页 |
| ·“鸟枪”文库构建 | 第43-44页 |
| ·大规模抽提“鸟枪”文库质粒 | 第44-45页 |
| ·“鸟枪”文库测序 | 第45页 |
| ·BAC 末端测序 | 第45-46页 |
| ·BAC 序列组装与“沟”的填补 | 第46-47页 |
| ·序列注释与分析 | 第47-48页 |
| 第三章 tb1 区域的克隆和分析 | 第48-67页 |
| 引言 | 第48页 |
| ·BAC 克隆筛选与测序 | 第48-50页 |
| ·重复序列分析 | 第50-51页 |
| ·上游保守非编码序列（Conserved Noncoding Sequences, CNSs）分析 | 第51-52页 |
| ·二倍体多年生大刍草与玉米tb1 区域比较 | 第52-54页 |
| ·玉米和一年生大刍草tb1 区域比较分析 | 第54-56页 |
| ·调控关键区域差异分析 | 第56-60页 |
| ·关联分析 | 第60-61页 |
| ·tb1 调控区域序列比对分析 | 第61-62页 |
| ·讨论 | 第62-67页 |
| ·tb1 区域的进化 | 第62-63页 |
| ·转座子与基因表达调控 | 第63-67页 |
| 第四章 22kD 醇溶蛋白基因家族的克隆和分析 | 第67-77页 |
| 引言 | 第67页 |
| ·BAC 克隆的筛选和鉴定 | 第67-72页 |
| ·BAC 克隆测序与分析 | 第72-75页 |
| ·讨论 | 第75-77页 |
| ·22kD 醇溶蛋白基因家族进化 | 第75-76页 |
| ·fl2 区域进化 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-85页 |
| 博士期间公开发表论文 | 第85-86页 |
| 附录 | 第86-97页 |
| 致谢 | 第97页 |