| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-16页 |
| ·生物信息学背景及意义 | 第11-13页 |
| ·问题的提出 | 第11-12页 |
| ·生物信息学概述 | 第12-13页 |
| ·国内外研究现状 | 第13-14页 |
| ·本文主要工作及内容安排 | 第14-16页 |
| 第二章 多序列比对算法研究 | 第16-35页 |
| ·序列比对概述 | 第16-17页 |
| ·相似性记分矩阵和空位罚分 | 第17-21页 |
| ·相似性记分矩阵 | 第17-20页 |
| ·空位罚分 | 第20-21页 |
| ·双序列比对 | 第21-25页 |
| ·Needleman-Wunsch 算法 | 第21-23页 |
| ·Smith-Waterman 算法 | 第23页 |
| ·FASTA 和BLAST 算法 | 第23-25页 |
| ·多序列比对 | 第25-30页 |
| ·SP 目标函数 | 第26-28页 |
| ·COFFEE 目标函数 | 第28-30页 |
| ·几种常见的多序列比对算法 | 第30-33页 |
| ·动态规划法 | 第30页 |
| ·渐进算法 | 第30-32页 |
| ·迭代算法 | 第32-33页 |
| ·本章小结 | 第33-35页 |
| 第三章 基于遗传算法的多序列比对算法设计和实现 | 第35-53页 |
| ·遗传算法的引入 | 第35-38页 |
| ·遗传算法概述 | 第35-36页 |
| ·基本遗传算法原理 | 第36-38页 |
| ·多序列比对算法评价方法 | 第38-40页 |
| ·MSA-GA 算法设计 | 第40-48页 |
| ·编码策略的确定 | 第41-42页 |
| ·种群初始化 | 第42-43页 |
| ·选择算子 | 第43-45页 |
| ·交叉算子 | 第45-46页 |
| ·变异算子 | 第46-47页 |
| ·算法终止条件 | 第47-48页 |
| ·基于SP 目标函数的MSA-GA 实现 | 第48-52页 |
| ·算法描述 | 第48-50页 |
| ·测试结果及分析 | 第50-52页 |
| ·本章小结 | 第52-53页 |
| 第四章 基于遗传退火的多序列比对算法设计和实现 | 第53-70页 |
| ·遗传算法的“早熟”现象 | 第53-54页 |
| ·模拟退火算法的引入 | 第54-59页 |
| ·模拟退火算法概述 | 第54-56页 |
| ·算法基本原理 | 第56-58页 |
| ·遗传退火算法的可行性 | 第58-59页 |
| ·MSA-GSA 算法设计 | 第59-64页 |
| ·退火策略 | 第59-60页 |
| ·选择退火算子 | 第60-62页 |
| ·交叉退火算子 | 第62-63页 |
| ·变异退火算子 | 第63-64页 |
| ·基于COFFEE 目标函数的MSA-GSA 算法实现 | 第64-68页 |
| ·双序列比对库的生成 | 第65-66页 |
| ·算法描述 | 第66-67页 |
| ·测试结果及分析 | 第67-68页 |
| ·本章小结 | 第68-70页 |
| 第五章 算法分析和比较 | 第70-75页 |
| ·算法理论比较 | 第70页 |
| ·算法实验比较 | 第70-73页 |
| ·本章小结 | 第73-75页 |
| 第六章 总结与展望 | 第75-77页 |
| ·论文工作总结 | 第75-76页 |
| ·进一步工作 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-82页 |
| 攻硕期间取得的研究成果 | 第82-83页 |