| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 目录 | 第6-10页 |
| 第一部分 文献综述 | 第10-34页 |
| 第一章 基因沉默与MOM1的功能 | 第10-19页 |
| 一. 基因沉默 | 第10-16页 |
| 1. 染色质的修饰 | 第10页 |
| 2. 组蛋白赖氨酸甲基化的修饰与基因转录 | 第10-12页 |
| ·与转录激活相关的组蛋白修饰 | 第10-11页 |
| ·与转录抑制相关的组蛋白修饰 | 第11-12页 |
| 3. DNA甲基化修饰与基因沉默 | 第12-13页 |
| 4. 依赖于小RNA的甲基化(RdDM)和去甲基化 | 第13页 |
| 5. 不依赖于DNA甲基化的TGS | 第13-16页 |
| ·BRU1和FAS1,2 | 第14-15页 |
| ·RPA2和TSL | 第15-16页 |
| 二. MOM1的功能 | 第16-19页 |
| 1. MOM1的发现 | 第16页 |
| 2. MOM1与DDM1的关系 | 第16-17页 |
| 3. MOM1结构分析和进化上的位置 | 第17-18页 |
| 4. MOM1的功能分析 | 第18-19页 |
| 第二章 真核生物的转录调控与3'UTR的作用 | 第19-33页 |
| 一. 转录调控 | 第19-28页 |
| 1. mRNA在转录过程中的修饰 | 第19-22页 |
| ·5'端加帽 | 第19-20页 |
| ·内含子剪切 | 第20-21页 |
| ·3'端修饰 | 第21-22页 |
| ·mRNA加工过程中各种修饰的相互作用 | 第22页 |
| ·加帽对内含子剪切和加尾的的影响 | 第22页 |
| ·内含子剪切和加尾的关系 | 第22页 |
| 2. mRNA的转录 | 第22-25页 |
| ·转录起始 | 第22-23页 |
| ·转录延伸 | 第23页 |
| ·转录终止 | 第23-25页 |
| ·具有编码蛋白功能的基因与转录终止 | 第23-24页 |
| ·poly(A)在PolⅡ转录终止中的作用 | 第23-24页 |
| ·转录终止因子与特异性序列 | 第24页 |
| ·组蛋白、snRNA和snoRNA基因与转录终止 | 第24-25页 |
| 3. 转录与染色质结构的关系 | 第25-26页 |
| 4. 细胞质中的转录后调控 | 第26-28页 |
| ·剪切因子的作用 | 第26-27页 |
| ·mRNA出核调控和细胞质定位 | 第27页 |
| ·剪切因子与翻译效率 | 第27-28页 |
| ·无意mRNA降解(NMD) | 第28页 |
| 二. 真核生物3’UTR的作用 | 第28-33页 |
| 1. 3'UTR与5’UTR | 第28-29页 |
| 2. 3'UTR长度与基因表达水平 | 第29-30页 |
| 3. 3'UTR(poly(A))与mRNA稳定性的关系 | 第30-32页 |
| ·mRNA的降解 | 第30页 |
| ·3'UTR与mRNA稳定性的关系 | 第30-32页 |
| ·3'UTR上的保守序列突变导致mRNA不稳定 | 第30-31页 |
| ·没有3’UTR导致mRNA不稳定 | 第31页 |
| ·RNA沉默的机制 | 第31-32页 |
| 4. 3'UTR在蛋白翻译中的作用 | 第32-33页 |
| 本论文研究的目的和意义 | 第33-34页 |
| 第二部分 材料和方法 | 第34-45页 |
| 第一章 材料 | 第34-38页 |
| 一. 植物材料 | 第34页 |
| 二. 菌株和质粒 | 第34页 |
| 三. 有关仪器 | 第34-35页 |
| 四. 引物合成与DNA片段测序 | 第35页 |
| 五. 药品和试剂配制 | 第35页 |
| 六. 相关试剂的配制方法 | 第35-38页 |
| 第二章 方法 | 第38-45页 |
| 一. 常规实验 | 第38页 |
| 二. 拟南芥的培养 | 第38页 |
| 三. 突变体的筛选和图位克隆 | 第38-39页 |
| 1. EMS诱变 | 第38页 |
| 2. 突变体的筛选 | 第38页 |
| 3. 图位克隆 | 第38-39页 |
| 四. T-DNA插入突变体的鉴定 | 第39-40页 |
| 1. 小量提取植物基因组DNA | 第39页 |
| 2. 点突变纯和突变体的鉴定 | 第39页 |
| 3. 通过PCR的方法鉴定T-DNA插入突变的纯合体 | 第39-40页 |
| 五. RT-PCR和实时相对定量PCR | 第40-41页 |
| 1. 除去RNA中基因组DNA | 第40页 |
| 2. RT-PCR | 第40-41页 |
| 3. 实时相对定量PCR | 第41页 |
| 六.Sorthern和Northern杂交 | 第41-42页 |
| 1. Sorthern转膜 | 第41页 |
| 2. Northern转膜 | 第41页 |
| 3. 杂交 | 第41-42页 |
| 七. Run-on实验 | 第42页 |
| 1. 提取拟南芥的细胞核 | 第42页 |
| 2. 膜的制备 | 第42页 |
| 3. 体外转录及杂交 | 第42页 |
| 八. 3'RACE实验 | 第42-43页 |
| 1. 利用poly(A)进行3'RACE | 第42-43页 |
| 2. 无poly(A)RNA的3'RACE | 第43页 |
| 九. Small RNA Northern | 第43-44页 |
| 1. 沉淀Small RNA | 第43页 |
| 2. 电泳、转膜和杂交 | 第43-44页 |
| 十. ChIP实验和qPCR | 第44-45页 |
| 1. 提取染色质和超声破碎 | 第44页 |
| 2. 特异的组蛋白抗体IP实验 | 第44页 |
| 3. qPCR | 第44-45页 |
| 第三部分 实验结果与讨论 | 第45-70页 |
| 第一章 实验结果分析 | 第45-66页 |
| 一. 突变体的筛选 | 第45-47页 |
| 1. 缺少3'UTR和有3’UTR的质粒构建 | 第45页 |
| 2. 两个稳定的转基因植物株系的建立 | 第45-46页 |
| 3. 突变体的筛选 | 第46-47页 |
| 二. 基因克隆和确定 | 第47-50页 |
| 1. 图位克隆 | 第47-48页 |
| 2. MOM1基因的确定 | 第48-50页 |
| ·等位基因突变体的鉴定 | 第48-49页 |
| ·mom1突变体确定及遗传分析 | 第49-50页 |
| ·互补实验 | 第50页 |
| 三. LUC基因在WT植物中沉默和在mom1-44表达的研究 | 第50-52页 |
| 1. 翻译水平的检测 | 第50-51页 |
| 2. 转录水平的检测 | 第51-52页 |
| 3. 转录活性的检测 | 第52页 |
| 四. 甲基化水平的检测和亚细胞定位 | 第52-54页 |
| 1. 甲基化水平检测 | 第52-54页 |
| 2. 亚细胞定位 | 第54页 |
| 五. LUC基因在WT和mom1-44突变体中转录本状态分析 | 第54-57页 |
| 1. LUC转录本在WT和mom1-44突变体的poly(A)尾巴检测 | 第54-55页 |
| 2. LUC转录本在WT植物中主要以没有poly(A)尾巴的形式存在 | 第55-56页 |
| 3. LUC转录本在mom1-44突变体中利用了下游HPT基因的3'UTR | 第56-57页 |
| 六.MOM调控的异常基因转录通读与RdDM途径无关 | 第57-59页 |
| 1. MOM1参与CaMV35S small RNA积累 | 第57页 |
| 2. MOM1限制转录通读与RdDM途径无关 | 第57-59页 |
| 七. MOM1调控异常基因转录通读的特点 | 第59-60页 |
| 1. 与转基因位置和拷贝数无关 | 第59-60页 |
| 2. 与调控TGS无关 | 第60页 |
| 八. DDM1的作用 | 第60-61页 |
| 1. LUC基因在ddml突变体中被激活 | 第60-61页 |
| 2. 35S-LUC在突变体中正常 | 第61页 |
| 九.MOM1限制异常RNA转录通读伴随着组蛋白修饰的变化 | 第61-65页 |
| 1. LUC和GUS组蛋白甲基化修饰检测 | 第61-62页 |
| 2. MOM1限制内源异常RNA转录通读 | 第62-65页 |
| 十. MOM1不同截断的功能分析 | 第65-66页 |
| 1. 构建不同截断的MOM1 | 第65页 |
| 2. 不同截断的LUC表型互补 | 第65-66页 |
| 第二章 总结与讨论 | 第66-70页 |
| 一. 总结 | 第66-68页 |
| 二. 讨论 | 第68-70页 |
| 1. MOM1参与限制异常RNA转录通读 | 第68页 |
| 2. MOM1限制转录通读与调节TGS是两个独立而且不同的功能 | 第68-69页 |
| 3. MOM1限制转录通读特性 | 第69页 |
| 4. MOM1与DDM1的关系 | 第69-70页 |
| 附录 | 第70-89页 |
| 一. 突变体与野生型全基因组转录活性分析 | 第70-71页 |
| 二. 逆转座子在不同突变体中的表达 | 第71-72页 |
| 三. mom1中被上调的AGI(有注释)的基因 | 第72-73页 |
| 四. mom1中被上调的Non-AGI(未注释)的基因 | 第73-74页 |
| 五. 细胞质中降解mRNA的主要因子 | 第74-75页 |
| 六. 引物清单 | 第75-77页 |
| 七. MOM1全长和各种截断蛋白氨基酸序列 | 第77-84页 |
| 八. 名词缩写 | 第84-85页 |
| 九. 博士期间其他工作简介 | 第85-89页 |
| 1. 工作简介 | 第85-86页 |
| 2. 图版与说明 | 第86-89页 |
| 参考文献 | 第89-100页 |
| 在学期间的研究成果 | 第100-101页 |
| 致谢 | 第101页 |
