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北极深海沉积物中细菌多样性的研究

中文摘要第1-6页
Abstract第6-10页
第一章 文献综述第10-22页
 1 北极概况第10-12页
   ·北极的生态环境特点第10页
   ·资源的开发和利用概况第10-11页
   ·北极微生物学研究概况第11-12页
 2 深海沉积物中微生物的研究方法与研究现状第12-18页
   ·微生物分子生态学研究方法第12-17页
   ·深海沉积物中微生物的研究现状第17-18页
 3 深海沉积物中微生物多样性的研究的发展前景第18-20页
   ·深海微生物多样性第18页
   ·极地沉积物中微生物的研究进展及前景第18-20页
 4 本研究的目的及意义第20-22页
第二章 沉积物宏基因组DNA提取及PCR-DGGE条件优化第22-35页
 1 材料与方法第22-26页
   ·北极深海沉积物第22页
   ·主要试剂配方第22页
   ·北极深海沉积物微生物总DNA提取第22-24页
   ·沉积物宏基因组DNA纯化第24页
   ·沉积物微生物16SrDNA基因PCR扩增第24-25页
   ·选择DGGE条件第25-26页
 2 结果与分析第26-32页
   ·沉积物总DNA提取方法的比较第26-28页
   ·最佳PCR退火温度第28-29页
   ·最佳引物浓度第29页
   ·最佳PCR稀释模板浓度第29-30页
   ·最佳DGGE胶中变性剂浓度第30-31页
   ·DGGE电泳时间第31页
   ·DGGE胶的染色第31-32页
 3 讨论第32-35页
   ·深海沉积物微生物总DNA的提取质量第32-33页
   ·环境样品微生物DNA的纯化第33页
   ·PCR条件优化第33-34页
   ·DGGE条件的优化第34-35页
第三章 北极深海沉积物微生物多样性的DGGE分析第35-50页
 1 材料与方法第35-39页
   ·材料第35页
   ·沉积物微生物总DNA的提取纯化第35-38页
   ·16SrDNA基因PCR扩增第38页
   ·16SrDNA基因PCR产物DGGE检测第38页
   ·优势条带的回收及PCR扩增第38页
   ·回收条带的克隆第38页
   ·感受态细胞的制备第38页
   ·PCR产物的连接转化第38页
   ·质粒DNA提取第38-39页
   ·阳性克隆的鉴定第39页
   ·16SrDNA V3-V5区的PCR扩增及DGGE再鉴定确定位置第39页
   ·甘油菌的制备及测序第39页
   ·序列分析第39页
   ·聚类分析及进化数的构建第39页
 2 结果与分析第39-48页
   ·表层沉积物总DNA提取及特异性扩增第39-41页
   ·柱式沉积物总DNA提取及特异性扩增第41页
   ·表层沉积物细菌DGGE图谱第41-43页
   ·同一站位不同深度沉积物细菌DGGE图谱第43-45页
   ·酶切图谱第45页
   ·五个站位表层沉积物中细菌16S rDNA序列系统发育分析第45-48页
 3 关于表层沉积物结果的讨论第48-50页
参考文献第50-55页
附录第55-63页
致谢第63-64页

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