| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 绪论 | 第11-25页 |
| 1.1 过氧化氢酶简介 | 第11-12页 |
| 1.2 过氧化氢酶的种类 | 第12-13页 |
| 1.3 过氧化氢酶的结构与功能 | 第13-14页 |
| 1.4 过氧化氢酶的催化机理 | 第14-15页 |
| 1.5 过氧化氢酶的酶学性质 | 第15-16页 |
| 1.6 过氧化氢酶的应用领域 | 第16-20页 |
| 1.7 石墨烯简介 | 第20-21页 |
| 1.8 过氧化氢酶的研究进展 | 第21-22页 |
| 1.9 本课题的研究内容 | 第22-25页 |
| 1.9.1 本课题研究主要内容 | 第22-23页 |
| 1.9.2 本课题研究内容的特色与创新之处 | 第23-25页 |
| 2 分子动力学模拟 | 第25-39页 |
| 2.1 分子动力学模拟简介 | 第25-26页 |
| 2.2 分子动力学模拟的基本原理 | 第26-29页 |
| 2.3 分子动力学模拟的常用算法 | 第29-30页 |
| 2.4 分子动力学模拟的势能函数和力场 | 第30-32页 |
| 2.5 分子动力学模拟的常用系综 | 第32-33页 |
| 2.6 分子动力学模拟的周期性边界条件 | 第33-34页 |
| 2.7 分子动力学模拟的基本步骤 | 第34-36页 |
| 2.8 分子动力学模拟软件简介 | 第36-39页 |
| 3 过氧化氢酶和突变过氧化氢酶体系分子动力学模拟 | 第39-56页 |
| 3.1 过氧化氢酶晶体结构的获取 | 第40页 |
| 3.2 过氧化氢酶晶体结构文件的预处理 | 第40-41页 |
| 3.3 拓扑文件的准备及检查 | 第41-43页 |
| 3.4 构建过氧化氢酶体系盒子 | 第43页 |
| 3.5 盒子中添加溶剂 | 第43-44页 |
| 3.6 平衡体系电荷 | 第44-46页 |
| 3.7 模拟体系能量最小化 | 第46-47页 |
| 3.8 NVT平衡 | 第47-48页 |
| 3.9 NPT平衡 | 第48-49页 |
| 3.10 成品模拟——添加电场 | 第49-51页 |
| 3.11 提取结果分析文件 | 第51-52页 |
| 3.12 突变过氧化氢酶体系的模拟 | 第52-54页 |
| 3.13 石墨烯分子动力学模拟 | 第54-56页 |
| 4 电场下过氧化氢酶体系模拟结果与讨论 | 第56-75页 |
| 4.1 各能量组分 | 第56-62页 |
| 4.1.1 总能量、势能、动能 | 第56-57页 |
| 4.1.2 温度、压力、密度 | 第57-59页 |
| 4.1.3 LJ-SR | 第59-60页 |
| 4.1.4 键角能 | 第60-61页 |
| 4.1.5 二面角 | 第61-62页 |
| 4.2 RMSD | 第62-64页 |
| 4.3 原子对距离 | 第64-65页 |
| 4.4 RMSF | 第65-67页 |
| 4.5 回旋半径Rg | 第67-69页 |
| 4.6 二级结构 | 第69-72页 |
| 4.7 氢键 | 第72-73页 |
| 4.8 质心移动距离 | 第73-74页 |
| 4.9 石墨烯模拟体系结果与讨论 | 第74-75页 |
| 5 非电场和电场下突变过氧化氢酶体系模拟结果与讨论 | 第75-101页 |
| 5.1 二级结构预测对比分析 | 第75-76页 |
| 5.2 非电场下各能量组分 | 第76-78页 |
| 5.2.1 总能量、势能、动能 | 第76-77页 |
| 5.2.2 温度、压力 | 第77-78页 |
| 5.3 非电场下RMSD | 第78-79页 |
| 5.4 非电场下RMSF | 第79-80页 |
| 5.5 非电场下回旋半径Rg | 第80-81页 |
| 5.6 电场下各能量组分 | 第81-88页 |
| 5.6.1 总能量、势能、动能 | 第81-83页 |
| 5.6.2 温度、压力、密度 | 第83-85页 |
| 5.6.3 LJ-SR | 第85-86页 |
| 5.6.4 键角能 | 第86-87页 |
| 5.6.5 二面角 | 第87-88页 |
| 5.7 电场下RMSD | 第88-89页 |
| 5.8 电场下原子对距离 | 第89-90页 |
| 5.9 电场下RMSF | 第90-92页 |
| 5.10 电场下回旋半径Rg | 第92-94页 |
| 5.11 电场下二级结构 | 第94-97页 |
| 5.12 电场下氢键 | 第97-98页 |
| 5.13 电场下质心移动距离 | 第98-99页 |
| 5.14 电场下突变过氧化氢酶和过氧化氢酶模拟体系结果比较与讨论 | 第99-101页 |
| 6 结论 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-108页 |
| 附录 | 第108-112页 |
| 附录A 参数文件内容 | 第108-112页 |
| 个人简历与研究成果 | 第112-113页 |
| 致谢 | 第113页 |