| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第8-13页 |
| 1.1 红鳍东方鲀与养殖现状 | 第8页 |
| 1.2 DNA甲基化及其在水产动物上的研究进展 | 第8-10页 |
| 1.2.1 DNA甲基化 | 第8-9页 |
| 1.2.2 DNA甲基化在水产养殖动物上的研究 | 第9-10页 |
| 1.3 鱼类肌肉组织 | 第10-12页 |
| 1.3.1 鱼类骨骼肌分类与功能 | 第10页 |
| 1.3.2 肌肉组织研究与应用 | 第10-11页 |
| 1.3.3 肌肉组织的DNA甲基化研究 | 第11-12页 |
| 1.4 红鳍东方鲀肌肉DNA甲基化研究的意义 | 第12-13页 |
| 第二章 全基因组重硫酸测序与生物信息学分析 | 第13-19页 |
| 2.1 实验材料与方法 | 第13-14页 |
| 2.1.1 样品获取 | 第13页 |
| 2.1.2 仪器设备 | 第13页 |
| 2.1.3 分析软件 | 第13-14页 |
| 2.1.4 DNA提取 | 第14页 |
| 2.1.5 DNA样品检测 | 第14页 |
| 2.2 文库构建与测序 | 第14-15页 |
| 2.3 生物信息分析流程 | 第15-19页 |
| 2.3.1 测序数据质量评估 | 第15-16页 |
| 2.3.2 参考序列比对分析 | 第16页 |
| 2.3.3 测序深度和覆盖度统计 | 第16页 |
| 2.3.4 C位点的覆盖度统计 | 第16页 |
| 2.3.5 甲基化位点检测及分析 | 第16-17页 |
| 2.3.6 单样本及比较组合甲基化分析 | 第17-18页 |
| 2.3.7 差异甲基化分析 | 第18页 |
| 2.3.8 GO和KEGG富集分析 | 第18-19页 |
| 第三章 结果 | 第19-29页 |
| 3.1 测序与C位点结果 | 第19-25页 |
| 3.2 差异DNA甲基化数据结果 | 第25-27页 |
| 3.3 GO与KEGG数据结果 | 第27-29页 |
| 第四章 数据分析与讨论 | 第29-40页 |
| 4.1 数据概述与分析 | 第29-30页 |
| 4.2 生长相关基因甲基化修饰分析 | 第30-36页 |
| 4.3 信号通路基因甲基化修饰分析 | 第36-40页 |
| 4.3.1 促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路 | 第36-38页 |
| 4.3.2 GH-IGFs信号通路 | 第38-40页 |
| 第五章 结论 | 第40-42页 |
| 参考文献 | 第42-49页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学位论文 | 第49-50页 |
| 致谢 | 第50-52页 |