| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| CONTENT | 第9-12页 |
| FIGURES | 第12-15页 |
| TABLE | 第15-16页 |
| CHAPTER Ⅰ Introduction | 第16-38页 |
| ·Protein | 第16-26页 |
| ·Protein Structure | 第16-22页 |
| ·Protein Folding | 第22-26页 |
| ·Ribonucleic Acid(RNA) | 第26-34页 |
| ·RNA Structure | 第26-30页 |
| ·RNA Folding | 第30-33页 |
| ·Electrostatic interactions | 第33-34页 |
| ·The Contents Studied in this Thesis | 第34-38页 |
| CHAPTER Ⅱ Residue-residue Pairwise Potentials in Protein | 第38-47页 |
| ·Introduction | 第38-39页 |
| ·Model and Methods | 第39-43页 |
| ·The idea of ENERGI method | 第39-40页 |
| ·The process of ENERGI method | 第40-41页 |
| ·Conformational space and Boltzmann distribution | 第41-42页 |
| ·Databases | 第42-43页 |
| ·The energy score matrix | 第43-45页 |
| ·Conclusions | 第45-47页 |
| CHAPTER Ⅲ Atomistic Analysis of Pseudoknotted RNA Unfolding | 第47-105页 |
| ·Introduction | 第47-49页 |
| ·Model and Methods | 第49-55页 |
| ·Atomic Structure and Simulation details | 第49-51页 |
| ·Definition of base pairs | 第51-52页 |
| ·Definition of co-axial stacking | 第52页 |
| ·To characterize structural tension | 第52页 |
| ·The non-equilibrium free energy landscape | 第52-53页 |
| ·Method to extract transition states | 第53-55页 |
| ·Definition of the hydrophobic core and the water number around cores | 第55页 |
| ·Results from the implicit water model | 第55-84页 |
| ·Unfolding trajectories | 第55-77页 |
| ·Pathways | 第77-79页 |
| ·Structural tension and coaxial stacking | 第79页 |
| ·The transition states | 第79-84页 |
| ·Results from the explicit water model | 第84-103页 |
| ·Unfolding trajectories | 第84页 |
| ·Pathways | 第84-96页 |
| ·The coupling between the water molecules and unfolding | 第96-99页 |
| ·The transition states | 第99-101页 |
| ·The meta-stable states | 第101-103页 |
| ·Conclusions | 第103-105页 |
| CHAPTER Ⅳ Replica Exchange Study of the Free Energy Landscape of an RNA Pseudoknot | 第105-112页 |
| ·Introduction | 第105-106页 |
| ·Model and Methods | 第106-108页 |
| ·Atomic Structure and Simuation details | 第106-107页 |
| ·Replica exchange molecular dynamics | 第107-108页 |
| ·Weighted histogram analysis method | 第108页 |
| ·Definition of parameters | 第108页 |
| ·Free energy landscape | 第108-110页 |
| ·Three representational replicas | 第110-111页 |
| ·Conclusions | 第111-112页 |
| CHAPTER Ⅴ Conclusions and Outlook | 第112-117页 |
| ·Conclusions | 第112-114页 |
| ·Outlook | 第114-117页 |
| APPENDIX A Weighted Histogram Analysis Method | 第117-119页 |
| BIBLIOGRAPHY | 第119-132页 |
| PUBLICATIONS | 第132-133页 |
| ACKNOWLEDGMENT | 第133-134页 |
