| 中文摘要 | 第3-5页 |
| 英文摘要 | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第10-20页 |
| 1.1 Class I HLA | 第10-13页 |
| 1.2 Class II HLA | 第13-15页 |
| 1.3 多肽与蛋白质对接方法 | 第15-18页 |
| 1.4 研究内容及意义 | 第18-20页 |
| 2 原理与方法 | 第20-26页 |
| 2.1 FlexPepDock protocol | 第20-23页 |
| 2.1.1 蒙特卡洛搜索方法 | 第20页 |
| 2.1.2 打分函数 | 第20-22页 |
| 2.1.3 对接过程中使用的参数 | 第22-23页 |
| 2.2 FlexPepDock refinement protocol | 第23-24页 |
| 2.3 FlexPepDock ab-initio protocol | 第24-26页 |
| 3 Class I HLA分子的多肽对接研究-refinement protocol | 第26-44页 |
| 3.1 数据来源 | 第26-27页 |
| 3.2 构建多肽起始构象 | 第27-28页 |
| 3.2.1 以结合相同血清型HLA的多肽晶体结构为模板 | 第27-28页 |
| 3.2.2 以结合不同血清型HLA的多肽晶体结构为模板 | 第28页 |
| 3.3 FlexPepDock refinement对接流程 | 第28-35页 |
| 3.3.1 创建对接输入文件 | 第34页 |
| 3.3.2 侧链pre-packing | 第34页 |
| 3.3.3 Refinement优化 | 第34-35页 |
| 3.3.4 模型质量的评价标准 | 第35页 |
| 3.3.5 能量打分函数 | 第35页 |
| 3.4 对接结果及分析 | 第35-42页 |
| 3.4.1 以结合相同血清型HLA的多肽晶体结构为模板的分子对接 | 第35-37页 |
| 3.4.2 以结合不同血清型HLA的多肽晶体结构为模板的分子对接 | 第37-38页 |
| 3.4.3 RMSD-能量散点图和reweighted score | 第38页 |
| 3.4.4 多肽的主要锚点残基的RMSD值 | 第38-40页 |
| 3.4.5 FlexPepDock refinement protocol性能评价 | 第40-42页 |
| 3.5 小结 | 第42-44页 |
| 4 Class I HLA分子的多肽对接研究-ab-initio protocol | 第44-56页 |
| 4.1 数据来源 | 第45页 |
| 4.2 构建多肽起始构象 | 第45-46页 |
| 4.3 FlexPepDock ab-initio对接流程 | 第46-48页 |
| 4.3.1 创建对接输入文件 | 第46-47页 |
| 4.3.2 创建多肽片段数据库 | 第47页 |
| 4.3.3 侧链pre-packing | 第47页 |
| 4.3.4 对接参数 | 第47页 |
| 4.3.5 模型质量的评价标准 | 第47页 |
| 4.3.6 能量打分函数 | 第47-48页 |
| 4.4 结果分析与讨论 | 第48-55页 |
| 4.4.1 创建Score_ad打分函数 | 第48-49页 |
| 4.4.2 三种打分函数的结果 | 第49-54页 |
| 4.4.3 Score_ad的RMSD-能量散点图（Score vs. RMSD） | 第54-55页 |
| 4.5 小结 | 第55-56页 |
| 5 Class II HLA分子的多肽对接研究- refinement protocol | 第56-62页 |
| 5.1 数据来源 | 第56页 |
| 5.2 构建多肽起始构象和对接输入文件 | 第56页 |
| 5.3 侧链pre-packing | 第56-57页 |
| 5.4 对接参数 | 第57页 |
| 5.5 能量打分函数和模型质量评价标准 | 第57页 |
| 5.6 结果分析与讨论 | 第57-61页 |
| 5.6.1 采用Score12和Score13两种打分函数的对接结果 | 第57页 |
| 5.6.2 采用Score_ad打分函数的对接结果 | 第57-59页 |
| 5.6.3 采用Pre-optimization参数的对接结果 | 第59-60页 |
| 5.6.4 对接结果整体评价 | 第60-61页 |
| 5.7 小结 | 第61-62页 |
| 6 小鼠MHC-I分子的多肽对接研究-refinement protocol | 第62-68页 |
| 6.1 数据来源 | 第62页 |
| 6.2 构建多肽起始构象和对接输入文件 | 第62-63页 |
| 6.3 侧链pre-packing | 第63页 |
| 6.4 对接参数 | 第63页 |
| 6.5 能量打分函数和模型质量评价标准 | 第63页 |
| 6.6 结果分析与讨论 | 第63-66页 |
| 6.6.1 采用Score12和Score13两种打分函数的对接结果 | 第63-65页 |
| 6.6.2 采用Score_ad打分函数和Pre-optimization参数的对接结果 | 第65-66页 |
| 6.7 小结 | 第66-68页 |
| 7 结论与展望 | 第68-70页 |
| 7.1 结论 | 第68页 |
| 7.2 展望 | 第68-70页 |
| 致谢 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-78页 |
| 附录 | 第78-80页 |
| A. 发表论文目录 | 第78页 |
| B. 支持信息 | 第78-80页 |
