| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 1 前言 | 第12-25页 |
| 1.1 弧菌简介 | 第12页 |
| 1.2 溶藻弧菌 | 第12-13页 |
| 1.3 sRNA及其伴侣蛋白Hfq | 第13-21页 |
| 1.3.1 sRNA及 Hfq的简介 | 第13-14页 |
| 1.3.2 sRNA与靶标mRNA的互作及调控机制 | 第14-21页 |
| 1.4 群体感应系统 | 第21-23页 |
| 1.5 研究目的及意义 | 第23-25页 |
| 2 溶藻弧菌细胞密度相关型sRNA的鉴定及其生物信息学分析 | 第25-39页 |
| 2.1 实验材料 | 第25-26页 |
| 2.1.1 菌株及试剂 | 第25页 |
| 2.1.2 实验仪器设备 | 第25-26页 |
| 2.2 所用引物 | 第26页 |
| 2.3 实验方法 | 第26-29页 |
| 2.3.1 RNA-Seq高通量测序 | 第26-27页 |
| 2.3.2 实时荧光定量PCR | 第27-29页 |
| 2.3.3 sRNA的预测 | 第29页 |
| 2.3.4 sRNA启动子和终止子预测 | 第29页 |
| 2.3.5 sRNA的二级结构预测 | 第29页 |
| 2.3.6 sRNA靶标mRNA的预测 | 第29页 |
| 2.4 实验结果与分析 | 第29-37页 |
| 2.4.1 RNA及文库质量分析 | 第29-31页 |
| 2.4.2 测序reads统计 | 第31页 |
| 2.4.3 细胞密度相关sRNA的预测 | 第31-33页 |
| 2.4.4 sRNA启动子和终止子分析 | 第33页 |
| 2.4.5 sRNA在不同细胞密度下转录水平的分析 | 第33-34页 |
| 2.4.6 sRNA二级结构分析 | 第34-35页 |
| 2.4.7 sRNA靶标mRNA的分析 | 第35-37页 |
| 2.5 小结 | 第37-39页 |
| 3 溶藻弧菌sRNA突变株与回补株的构建 | 第39-51页 |
| 3.1 实验材料 | 第39-40页 |
| 3.1.1 菌株及质粒 | 第39页 |
| 3.1.2 实验仪器设备 | 第39页 |
| 3.1.3 培养基及试剂耗材 | 第39-40页 |
| 3.2 培养条件 | 第40页 |
| 3.3 引物 | 第40-42页 |
| 3.4 实验方法 | 第42-47页 |
| 3.4.1 sRNA无标记缺失突变株的构建 | 第42-45页 |
| 3.4.2 回补菌株sRNA+的构建 | 第45-47页 |
| 3.5 实验结果 | 第47-50页 |
| 3.5.1 ΔsRNA上下游片段的构建 | 第47页 |
| 3.5.2 ΔsRNA的构建 | 第47-48页 |
| 3.5.3 pDM4-sRNA质粒构建 | 第48页 |
| 3.5.4 ΔsRNA缺失菌株的筛选鉴定 | 第48-49页 |
| 3.5.5 sRNA~+回补株的筛选鉴定 | 第49-50页 |
| 3.6 小结 | 第50-51页 |
| 4 sRNA对溶藻弧菌不同生理功能的调控作用 | 第51-69页 |
| 4.1 实验材料 | 第51-52页 |
| 4.1.1 菌株 | 第51页 |
| 4.1.2 培养基及试剂 | 第51-52页 |
| 4.1.3 仪器设备 | 第52页 |
| 4.2 引物 | 第52-53页 |
| 4.3 实验方法 | 第53-55页 |
| 4.3.1 生长曲线的测定 | 第53页 |
| 4.3.2 运动性的测定 | 第53页 |
| 4.3.3 生物被膜的测定 | 第53-54页 |
| 4.3.4 胞外多糖的测定 | 第54页 |
| 4.3.5 抗生素的敏感性实验 | 第54页 |
| 4.3.6 环境应激能力的测定 | 第54页 |
| 4.3.7 Western-blot | 第54-55页 |
| 4.3.8 实时荧光定量PCR | 第55页 |
| 4.4 结果与分析 | 第55-68页 |
| 4.4.1 sRNA对溶藻弧菌生长的影响 | 第55-56页 |
| 4.4.2 sRNA对溶藻弧菌运动性的影响 | 第56-59页 |
| 4.4.3 sRNA对溶藻弧菌生物被膜的影响 | 第59-61页 |
| 4.4.4 sRNA对溶藻弧菌胞外多糖合成的影响 | 第61-62页 |
| 4.4.5 sRNA对溶藻弧菌环境应激能力的影响 | 第62-64页 |
| 4.4.6 sRNA对溶藻弧菌抗生素敏感性的影响 | 第64-65页 |
| 4.4.7 sRNA对群体感应系统不同元件的影响 | 第65-68页 |
| 4.5 小结 | 第68-69页 |
| 5 主要结论,创新点及展望 | 第69-72页 |
| 5.1 主要结论 | 第69-70页 |
| 5.2 创新点 | 第70页 |
| 5.3 展望 | 第70-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-81页 |
| 附录A 五种sRNA的序列信息 | 第81-82页 |
| 附录B 部分试剂及培养基的配制 | 第82-84页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第84-86页 |
