| 摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 第一章 绪论 | 第7-13页 |
| 1.1 课题背景和意义 | 第7-11页 |
| 1.2 lncRNA二级结构预测方法研究现状 | 第11页 |
| 1.3 主要内容 | 第11页 |
| 1.4 章节安排 | 第11-13页 |
| 第二章 lncRNA二级结构相关理论 | 第13-24页 |
| 2.1 引言 | 第13页 |
| 2.2 RNA二级结构的表示方法 | 第13-17页 |
| 2.2.1 平面图表示法 | 第13-14页 |
| 2.2.2 点-括号对表示法 | 第14-15页 |
| 2.2.3 RNA二级结构的3-D有向图表示法 | 第15-17页 |
| 2.3 RNA数据库 | 第17-23页 |
| 2.3.1 miRBase数据库 | 第17-18页 |
| 2.3.2 GtRNAdb数据库 | 第18-19页 |
| 2.3.3 RNase P数据库 | 第19页 |
| 2.3.4 Rfam数据库 | 第19-21页 |
| 2.3.5 IncRNA数据库 | 第21-23页 |
| 2.4 本章小结 | 第23-24页 |
| 第三章 IncRNA二级结构预测方法 | 第24-38页 |
| 3.1 引言 | 第24页 |
| 3.2 比较序列分析方法 | 第24-28页 |
| 3.2.1 共变预测模型 | 第24-26页 |
| 3.2.2 随机上下文无关语法预测模型 | 第26-28页 |
| 3.3 动态规划算法 | 第28-32页 |
| 3.3.1 Nussinov算法 | 第28-30页 |
| 3.3.2 Zuker最小自由能算法 | 第30-32页 |
| 3.4 质心法 | 第32-34页 |
| 3.5 IncRNA二级结构预测方法 | 第34-37页 |
| 3.6 本章小结 | 第37-38页 |
| 第四章 IncRNA二级结构预测的评估系统 | 第38-51页 |
| 4.1 引言 | 第38页 |
| 4.2 需求分析 | 第38-42页 |
| 4.2.1 lncRNA二级结构预测方法的功能需求 | 第38-40页 |
| 4.2.2 系统功能描述 | 第40-42页 |
| 4.3 数据库设计 | 第42-43页 |
| 4.4 总体设计 | 第43-46页 |
| 4.4.1 类图 | 第43-44页 |
| 4.4.2 时序图 | 第44-46页 |
| 4.5 详细设计 | 第46-48页 |
| 4.6 二级结构精度算法 | 第48-50页 |
| 4.7 本章小结 | 第50-51页 |
| 第五章 评估方法实现及应用分析 | 第51-59页 |
| 5.1 评估方法实现 | 第51-55页 |
| 5.1.1 开发环境 | 第51页 |
| 5.1.2 结构预测模块的实现 | 第51-53页 |
| 5.1.3 评分机制模块的实现 | 第53页 |
| 5.1.4 性能比较模块的实现 | 第53-55页 |
| 5.2 应用分析 | 第55-57页 |
| 5.3 IncRScan-Fold-Assess的优缺点分析 | 第57页 |
| 5.4 本章小结 | 第57-59页 |
| 第六章 总结与展望 | 第59-61页 |
| 6.1 结语 | 第59页 |
| 6.2 展望 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 致谢 | 第67-69页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第69-71页 |