| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第13-27页 |
| 1.1 立题目的及意义 | 第13-14页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第14-23页 |
| 1.2.1 国外研究进展 | 第14-15页 |
| 1.2.2 国内研究进展 | 第15-16页 |
| 1.2.3 稻瘟病侵染水稻的机制 | 第16-17页 |
| 1.2.4 水稻应对稻瘟病的免疫反应机制 | 第17页 |
| 1.2.5 水稻应对稻瘟病的PTI机制 | 第17-19页 |
| 1.2.6 水稻应对稻瘟病的激素调控机制 | 第19-20页 |
| 1.2.7 根部相关微生物与植物的互作 | 第20-22页 |
| 1.2.8 植物的抗逆境生理指标 | 第22-23页 |
| 1.3 .研究内容、研究特色和拟解决的关键问题以及创新点 | 第23-24页 |
| 1.3.1 研究内容 | 第23页 |
| 1.3.2 研究特色及创新点 | 第23页 |
| 1.3.3 解决的问题 | 第23-24页 |
| 1.4 研究方法与技术路线、可行性分析、难点分析及解决办法 | 第24-26页 |
| 1.4.1 研究方法 | 第24页 |
| 1.4.2 技术路线 | 第24-26页 |
| 1.4.3 可行性分析 | 第26页 |
| 1.4.4 难点分析及解决办法 | 第26页 |
| 1.5 时间安排 | 第26页 |
| 1.6 预期成果 | 第26-27页 |
| 第2章 野生稻与栽培稻对根部伴生细菌的选择及其对环境变化的适应 | 第27-43页 |
| 2.1 引言 | 第27-29页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第29-33页 |
| 2.2.1 试验中的宿主植物材料 | 第29页 |
| 2.2.2 试验取样 | 第29-31页 |
| 2.2.3 土壤理化指标的测定 | 第31页 |
| 2.2.4 根部伴生细菌的DGGE分析 | 第31-32页 |
| 2.2.5 土壤球囊蛋白含量、叶部可溶性糖及脯氨酸含量的测定 | 第32-33页 |
| 2.2.6 统计分析 | 第33页 |
| 2.3 实验结果 | 第33-41页 |
| 2.3.1 根部伴生细菌在不同纬度带的分布情况 | 第33-34页 |
| 2.3.2 根部伴生细菌的分布与土壤理化性质的相关性 | 第34-35页 |
| 2.3.3 伴生细菌的多样性、丰富度比较 | 第35-36页 |
| 2.3.4 人类驯化对野生稻和栽培稻根部伴生细菌的影响 | 第36-39页 |
| 2.3.5 土壤球囊蛋白含量、叶部可溶性糖及脯氨酸含量以及与伴生细菌多样性指数的相关性 | 第39-41页 |
| 2.4 讨论 | 第41-43页 |
| 2.4.1 根部伴生细菌在不同尺度上的地理分布特征 | 第41页 |
| 2.4.2 宿主植物对根部伴生细菌的选择性 | 第41-42页 |
| 2.4.3 球囊霉素相关土壤蛋白含量、植物叶部可溶性糖及脯氨酸含量与根部伴生细菌多样性的关系 | 第42-43页 |
| 第3章 野生稻根部应对稻瘟病菌侵染的代谢调控机制 | 第43-68页 |
| 3.1 前言 | 第43-44页 |
| 3.2 材料和方法 | 第44-47页 |
| 3.2.1 盆栽土壤与植物材料 | 第44页 |
| 3.2.2 盆栽实验及病菌侵染 | 第44-45页 |
| 3.2.3 普通光学显微镜观察植物根部组织 | 第45页 |
| 3.2.4 植物可溶性糖、脯氨酸含量及几丁质酶活性的测性 | 第45-46页 |
| 3.2.5 RNA提取及转录组测序 | 第46页 |
| 3.2.6 荧光验证相关基因的表达量 | 第46-47页 |
| 3.2.7 统计分析 | 第47页 |
| 3.3 结果 | 第47-62页 |
| 3.3.1 病原菌侵染植物的表型分析 | 第47-48页 |
| 3.3.2 几种抗逆指标的测定 | 第48-49页 |
| 3.3.3 转录组数据分析及相关基因表达变化分析 | 第49-52页 |
| 3.3.4 GO分析 | 第52-55页 |
| 3.3.5 激素、蛋白的相关抗病差异基因 | 第55-57页 |
| 3.3.5.1 ET、JA 相关代谢基因 | 第55页 |
| 3.3.5.2 几丁质酶Chitinase相关的调控基因 | 第55-57页 |
| 3.3.6 抗病相关物质代谢 | 第57-60页 |
| 3.3.7 相关代谢基因的验证实验 | 第60-62页 |
| 3.4 讨论 | 第62-68页 |
| 3.4.1 稻瘟病原菌对野生稻、栽培稻的根部表型的影响 | 第62页 |
| 3.4.2 差异基因数量的变化 | 第62-63页 |
| 3.4.3 抗病信号及蛋白变化分析 | 第63页 |
| 3.4.4 抗病相关代谢路径分析 | 第63-68页 |
| 第4章 野生稻与栽培稻对根部微生物的选择性 | 第68-78页 |
| 4.1 前言 | 第68-69页 |
| 4.2 材料与方法 | 第69-71页 |
| 4.2.1 土壤理化特征与植物材料 | 第69页 |
| 4.2.2 样品的采集和DNA的提取 | 第69-70页 |
| 4.2.3 PCR产物的质量控制和测序 | 第70页 |
| 4.2.4 下机数据的处理 | 第70页 |
| 4.2.5 数据统计分析 | 第70-71页 |
| 4.3 结果 | 第71-76页 |
| 4.3.1 获得的测序数据 | 第71页 |
| 4.3.2 细菌和真菌的群落结构分析 | 第71-72页 |
| 4.3.3 宿主植物对细菌群落结构与真菌群落结构的影响 | 第72-73页 |
| 4.3.4 微生物多样性指数的分析 | 第73-74页 |
| 4.3.5 细菌与真菌的co-inertia分析 | 第74-75页 |
| 4.3.6 潜在的微生物资源及致病微生物 | 第75-76页 |
| 4.4 讨论 | 第76-78页 |
| 第5章 野生稻与栽培稻根内代谢调控路径与根部相关微生物的协同进化 | 第78-96页 |
| 5.1 前言 | 第78-79页 |
| 5.2 材料与方法 | 第79页 |
| 5.2.1 植物材料 | 第79页 |
| 5.2.2 RNA的提取与测序 | 第79页 |
| 5.2.3 DNA的提取与测序 | 第79页 |
| 5.2.4 数据统计分析 | 第79页 |
| 5.3 结果 | 第79-93页 |
| 5.3.1 Pathway 代谢路径中，与糖类代谢相关的差异基因 | 第79-82页 |
| 5.3.2 野生与栽培水稻具有显著性差异的根部细菌、真菌的OTU及物种分类 | 第82-86页 |
| 5.3.3 差异基因与OTU之间的相关性分析 | 第86-88页 |
| 5.3.4 差异基因对OTU物种的影响 | 第88-91页 |
| 5.3.5 富集的OTU对差异基因的影响 | 第91-93页 |
| 5.4 讨论 | 第93-96页 |
| 5.4.1 野生与栽培物种之间的富集的代谢路径差异分析 | 第93-94页 |
| 5.4.2 野生与栽培物种之间的差异微生物类群分析 | 第94页 |
| 5.4.3 代谢路径与微生物类群具有相关性的分析 | 第94-96页 |
| 第6章 研究结论与展望 | 第96-99页 |
| 6.1 研究结论 | 第96-98页 |
| 6.2 研究展望 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-116页 |
| 致谢 | 第116-118页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第118-119页 |
