| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述和研究的目的、意义与内容 | 第11-21页 |
| 1.1 引言 | 第11-12页 |
| 1.2 砷的毒性机理 | 第12页 |
| 1.3 微生物砷解毒机制 | 第12-15页 |
| 1.3.1 细胞质As(Ⅴ)还原 | 第13-14页 |
| 1.3.2 呼吸性As(Ⅴ)还原 | 第14页 |
| 1.3.3 As(Ⅲ)氧化 | 第14-15页 |
| 1.3.4 As(Ⅲ)甲基化 | 第15页 |
| 1.4 植物的砷解毒机制 | 第15-16页 |
| 1.5 植物、微生物和土壤间的相互作用 | 第16-17页 |
| 1.6 砷污染的生物修复 | 第17-18页 |
| 1.7 细菌Zn~2+抗性 | 第18-19页 |
| 1.8 研究的目的、意义与内容 | 第19-21页 |
| 第二章 微生物群落结构和功能基因与砷污染程度和蜈蚣草根际效应的关联 | 第21-41页 |
| 2.1 引言 | 第21-22页 |
| 2.2 材料与方法 | 第22-25页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第22-23页 |
| 2.2.2 微生物代谢多样性分析 | 第23页 |
| 2.2.3 土壤总DNA的抽提、纯化、放大和标记 | 第23-24页 |
| 2.2.4 基因芯片杂交和扫描 | 第24页 |
| 2.2.5 基因芯片数据分析 | 第24-25页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第25-39页 |
| 2.3.1 土壤理化性质 | 第25-26页 |
| 2.3.2 土样中微生物群落唯一碳源利用能力 | 第26-27页 |
| 2.3.3 土壤样品中功能基因多样性 | 第27-29页 |
| 2.3.4 砷抗性基因 | 第29-31页 |
| 2.3.5 磷代谢基因 | 第31-34页 |
| 2.3.6 硫酸盐还原基因 | 第34-36页 |
| 2.3.7 其它功能基因 | 第36-37页 |
| 2.3.8 微生物群落结构与环境因子间的关系 | 第37-39页 |
| 2.4 本研究的结论和创新性 | 第39-41页 |
| 第三章:微生物群落结构和功能基因在砷污染不同土壤深度间的变化 | 第41-64页 |
| 3.1 引言 | 第41-42页 |
| 3.2 材料与方法 | 第42-44页 |
| 3.2.1 土样的采集 | 第42-43页 |
| 3.2.2 唯一碳源利用能力检测 | 第43页 |
| 3.2.3 土壤总DNA的抽提和纯化 | 第43页 |
| 3.2.4 基因芯片杂交 | 第43-44页 |
| 3.2.5 基因芯片数据收集 | 第44页 |
| 3.2.6 数据统计分析 | 第44页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第44-63页 |
| 3.3.1 土壤样品的理化性质 | 第44-45页 |
| 3.3.2 唯一碳源利用能力 | 第45-46页 |
| 3.3.3 功能基因的分布与多样性 | 第46-48页 |
| 3.3.4 群落结构的总体差异 | 第48-49页 |
| 3.3.5 砷抗性相关功能基因 | 第49-51页 |
| 3.3.6 碳循环相关功能基因 | 第51-56页 |
| 3.3.7 氮循环相关功能基因 | 第56-59页 |
| 3.3.8 磷代谢功能基因 | 第59-61页 |
| 3.3.9 其它功能基因 | 第61-62页 |
| 3.3.10 微生物群落结构与环境因子间的关系 | 第62-63页 |
| 3.4 本研究的结论和创新性 | 第63-64页 |
| 第四章 一株高Zn~(2+)抗性菌株Comamonas testosteroni S44 Zn~(2+)外排系统全基因组分析和鉴定 | 第64-84页 |
| 4.1 引言 | 第64-65页 |
| 4.2 材料和方法 | 第65-70页 |
| 4.2.1 菌株的分离和鉴定 | 第65-66页 |
| 4.2.2 全基因组序列 | 第66页 |
| 4.2.3 构建S44的zntR1缺失突变株 | 第66-67页 |
| 4.2.4 ZntA和CzcA类蛋白编码基因的转录表达分析 | 第67页 |
| 4.2.5 检测zntR对Zn~(2+)及其它离子的应答 | 第67-69页 |
| 4.2.6 细胞内Zn~(2+)浓度测定 | 第69页 |
| 4.2.7 注册核苷酸序列 | 第69-70页 |
| 4.3 结果与分析 | 第70-80页 |
| 4.3.1 分离到一株高锌抗性菌C.testosteroni S44 | 第70页 |
| 4.3.2 C testosteroni S44全基因组分析暗示水平基因转移 | 第70-76页 |
| 4.3.3 不是所有预测编码Zn~(2+)外排的基因都受Zn~(2+)诱导表达 | 第76-78页 |
| 4.3.4 zntR1的缺失使C testosteroni S44对Zn~(2+)、Pb~(2+)和Cd2+更敏感 | 第78页 |
| 4.3.5 其它的ZntR类调控子可能控制zntA的表达 | 第78-79页 |
| 4.3.6 ZntR1对Zn~(2+)、Pb~(2+)和Cd~(2+)产生应答 | 第79-80页 |
| 4.3.7 S44ΔzntR1中的细胞内Zn~(2+)浓度比S44中高 | 第80页 |
| 4.4 讨论 | 第80-82页 |
| 4.5 本研究的结论和创新性 | 第82-84页 |
| 参考文献 | 第84-98页 |
| 附录 | 第98-102页 |
| 附录1.土壤总DNA的抽提 | 第98-99页 |
| 附录2.粗DNA的胶纯化 | 第99-100页 |
| 附录3.基因芯片在Tecan系统上杂交 | 第100-102页 |
| 发表的相关论文 | 第102页 |
| 会议摘要 | 第102-103页 |
| 作者简介 | 第103-104页 |
| 致谢 | 第104页 |
