| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-17页 |
| ·生物信息学 | 第11-12页 |
| ·AFP、RRM2、CDH3、MMP1的生物学研究现状 | 第12-15页 |
| ·AFP、RRM2、NUSAP1、ACTN2分子的分子功能和生物过程研究 | 第12-13页 |
| ·与肝癌相关的AFP、RRM2、NUSAP1、ACTN2研究 | 第13-15页 |
| ·本文的主要创新点 | 第15页 |
| ·本文的内容安排 | 第15-17页 |
| 第二章 材料与方法 | 第17-32页 |
| ·微阵列数据 | 第17-18页 |
| ·微阵列的起源和基本原理 | 第17-18页 |
| ·本文微阵列数据的采集 | 第18页 |
| ·基因表达谱分类算法 | 第18-21页 |
| ·基因表达差异显著性分析方法 | 第18-19页 |
| ·本文SAM算法的具体使用方法 | 第19-21页 |
| ·基因调控网络的建立 | 第21-24页 |
| ·基因调控网络 | 第21页 |
| ·GNRInfer方法的基本原理 | 第21-22页 |
| ·通过GNRInfer建立的候选基因调控网络 | 第22-24页 |
| ·功能聚类 | 第24-31页 |
| ·聚类分析 | 第24-25页 |
| ·DAVID聚类分析的基本原理 | 第25-31页 |
| ·DAVID聚类分析工具的知识库 | 第25-26页 |
| ·DAVID聚类分析工具的Kappa统计 | 第26-27页 |
| ·DAVID聚类分析工具的聚类划分 | 第27-31页 |
| ·本章小节 | 第31-32页 |
| 第三章 基于分泌功能计算的肝癌AFP分子网络构建与分析(已发表SCI) | 第32-42页 |
| ·AFP(α-甲胎蛋白)分子简介 | 第32-33页 |
| ·AFP上、下游分子网络构建 | 第33页 |
| ·AFP上、下游分泌聚类组的功能分析 | 第33-34页 |
| ·基于分泌功能的AFP激活和抑制网络构建 | 第34页 |
| ·讨论 | 第34-35页 |
| ·本章小结 | 第35-42页 |
| 第四章 基于磷蛋白功能计算的肝癌RRM2分子网络构建与分析(已发表SCI) | 第42-52页 |
| ·RRM2(核糖核苷酸还原酶M2)分子简介 | 第42-43页 |
| ·RRM2上、下游分子网络的构建 | 第43页 |
| ·RRM2上、下游磷蛋白聚类组的功能分析 | 第43页 |
| ·基于磷蛋白功能的RRM2激活和抑制网络构建 | 第43-44页 |
| ·讨论 | 第44-45页 |
| ·本章小结 | 第45-52页 |
| 第五章 基于细胞周期功能计算的肝癌NUSAP1分子网络构建与分析 | 第52-62页 |
| ·NUSAP1(核仁及纺锤体相关蛋白1)分子简介 | 第52页 |
| ·NUSAP1上、下游分子网络的构建 | 第52-53页 |
| ·NUSAP1上、下游细胞周期聚类组的功能分析 | 第53页 |
| ·基于细胞周期功能的NUSAP1激活和抑制网络构建 | 第53-54页 |
| ·讨论 | 第54-55页 |
| ·本章小结 | 第55-62页 |
| 第六章 基于非膜包细胞器功能计算的肝癌ACTN2分子网络构建与分析 | 第62-72页 |
| ·ACTN2(辅肌动蛋白a2)分子简介 | 第62页 |
| ·ACTN2上、下游分子网络的构建 | 第62-63页 |
| ·ACTN2上、下游非膜包细胞器聚类组的功能分析 | 第63页 |
| ·基于非膜包细胞器功能的ACTN2激活和抑制网络构建 | 第63-64页 |
| ·讨论 | 第64-65页 |
| ·本章小结 | 第65-72页 |
| 第七章 总结与展望 | 第72-74页 |
| ·总结 | 第72-73页 |
| ·展望 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-84页 |
| 附录 | 第84-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第98-99页 |
