高通量测序数据误差分析方法研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-20页 |
| 1.1 引言 | 第10页 |
| 1.2 选题背景与意义 | 第10-15页 |
| 1.2.1 选题背景 | 第11-13页 |
| 1.2.2 选题意义 | 第13-15页 |
| 1.3 新一代测序技术相关研究动态 | 第15-18页 |
| 1.3.1 新一代测序技术研究现状 | 第15-17页 |
| 1.3.2 序列比对算法研究现状 | 第17-18页 |
| 1.4 测序数据分析待解决的问题 | 第18-19页 |
| 1.5 本文的主要工作和章节安排 | 第19-20页 |
| 第2章 高通量测序相关基础知识 | 第20-36页 |
| 2.1 主流测序技术基本原理介绍 | 第20-21页 |
| 2.1.1 454测序技术原理 | 第20页 |
| 2.1.2 Solexa测序基本原理 | 第20-21页 |
| 2.1.3 SOLiD测序的基本原理 | 第21页 |
| 2.2 序列比对基础知识介绍 | 第21-30页 |
| 2.2.1 生物序列基础知识介绍 | 第21-26页 |
| 2.2.2 序列比对的概念 | 第26页 |
| 2.2.3 序列比对的数学描述 | 第26-27页 |
| 2.2.4 双序列比对 | 第27-28页 |
| 2.2.5 多序列比对 | 第28页 |
| 2.2.6 序列比对空位罚分概念 | 第28-30页 |
| 2.2.7 序列比对结果的评价标准 | 第30页 |
| 2.3 序列比对典型算法及其基本原理 | 第30-34页 |
| 2.3.1 序列比对典型算法介绍 | 第30-31页 |
| 2.3.2 BWT结构的基本原理 | 第31-33页 |
| 2.3.3 基于BWT技术的索引构建方法 | 第33-34页 |
| 2.4 本章小结 | 第34-36页 |
| 第3章 高通量DNA测序数据分析 | 第36-46页 |
| 3.1 高通量测序数据和比对软件简介 | 第36-37页 |
| 3.1.1 短读数主流测序平台数据输出格式 | 第36页 |
| 3.1.2 测序序列比对软件简介 | 第36-37页 |
| 3.2 高通量测序比对软件的选取 | 第37-40页 |
| 3.2.1 序列比对软件性能比较 | 第37-38页 |
| 3.2.2 比对软件的选取 | 第38-40页 |
| 3.3 贝叶斯理论介绍 | 第40-41页 |
| 3.3.1 贝叶斯理论发展简史 | 第40-41页 |
| 3.3.2 贝叶斯理论的基本思想 | 第41页 |
| 3.3.3 先验概率和后验概率 | 第41页 |
| 3.4 高通量测序数据误差分析 | 第41-43页 |
| 3.4.1 序列比对软件Bowtie | 第41-42页 |
| 3.4.2 实验数据获取 | 第42页 |
| 3.4.3 高通量测序数据分析 | 第42-43页 |
| 3.5 高通量DNA测序数据匹配增强方法 | 第43-44页 |
| 3.6 本章小结 | 第44-46页 |
| 第4章 高通量测序数据误差分析方法实验验证 | 第46-54页 |
| 4.1 高通量测序数据误差分析 | 第46-50页 |
| 4.1.1 高通量测序数据的选取 | 第46页 |
| 4.1.2 测序数据预处理 | 第46页 |
| 4.1.3 高通量测序数据误差分析 | 第46-50页 |
| 4.2 匹配增强实验 | 第50-53页 |
| 4.2.1 数据的初步匹配 | 第50-51页 |
| 4.2.2 基于贝叶斯的增强匹配 | 第51-53页 |
| 4.2.3 匹配一致性验证 | 第53页 |
| 4.3 本章小结 | 第53-54页 |
| 结论 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-64页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文和取得的科研成果 | 第64-66页 |
| 致谢 | 第66页 |
