| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8页 |
| 第一部分以RNA为调控元件的酿酒酵母对向基因表达调控分析 | 第9-105页 |
| 摘要 | 第9-10页 |
| Abrstract | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-17页 |
| 1 依赖于RNA分子的基因表达调控 | 第11页 |
| 2 RNA调控分子及其作用方式 | 第11-12页 |
| 3 酿酒酵母——缺失RNAi调控的模式生物 | 第12-13页 |
| 4 潜在的RNA依赖调控雏形——对向基因反向调控机制 | 第13-15页 |
| 5 研究的内容、目的和意义 | 第15-17页 |
| 第二章 酵母3’-UTR转录本分析 | 第17-28页 |
| 1 试剂和材料 | 第17-20页 |
| 1.1 试剂 | 第17-18页 |
| 1.2 溶液 | 第18-19页 |
| 1.3 工具和仪器 | 第19页 |
| 1.4 材料 | 第19-20页 |
| 1.5 工具软件 | 第20页 |
| 1.6 酵母基因组及RNA-seq序列数据搜集与分析 | 第20页 |
| 2 实验方法 | 第20-23页 |
| 2.1 热酚法提取RNA | 第20-21页 |
| 2.2 单基因3'-UTR长度测定 | 第21-23页 |
| 3 结果与分析 | 第23-25页 |
| 3.1 全基因组5’-&3’-UTR分析 | 第23-24页 |
| 3.2 目标基因对3'-UTR长度测定 | 第24-25页 |
| 4 讨论 | 第25-27页 |
| 4.1 获得基因完整3’-UTR序列的意义 | 第25页 |
| 4.2 获得基因完整3'-UTR序列的方法 | 第25页 |
| 4.3 RACE实验中的注意事项 | 第25-27页 |
| 5 本章小结 | 第27-28页 |
| 第三章 基因组原位的对向基因反向调控 | 第28-47页 |
| 1 试剂和材料 | 第28-31页 |
| 1.1 试剂 | 第28-29页 |
| 1.2 溶液 | 第29-30页 |
| 1.3 仪器 | 第30-31页 |
| 1.4 材料 | 第31页 |
| 1.5 工具软件 | 第31页 |
| 2 实验方法 | 第31-39页 |
| 2.1 菌株的构建 | 第31-37页 |
| 2.2 基因表达量检测 | 第37-39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-44页 |
| 3.1 改造菌株的构建 | 第39-40页 |
| 3.2 基因结构改造菌株的鉴定 | 第40-41页 |
| 3.3 改造菌株中目标基因表达量的变化 | 第41-44页 |
| 3.4 对向基因功能相关性 | 第44页 |
| 4 结论与讨论 | 第44-45页 |
| 4.1 酵母中的对向基因与转录干扰 | 第44页 |
| 4.2 酵母对向基因在转录水平的“此消彼长”现象 | 第44-45页 |
| 5 本章小结 | 第45-47页 |
| 第四章 对向基因在细胞周期及诱导环境中的表达变化规律 | 第47-61页 |
| 1 试剂和材料 | 第47-49页 |
| 1.1 试剂 | 第47页 |
| 1.2 溶液 | 第47-49页 |
| 1.3 工具和仪器 | 第49页 |
| 1.4 材料 | 第49页 |
| 1.5 工具软件 | 第49页 |
| 2 实验方法 | 第49-53页 |
| 2.1 BAR1基因敲除 | 第49-51页 |
| 2.2 基因表达量检测 | 第51-53页 |
| 3 结果与分析 | 第53-58页 |
| 3.1 BAR1基因敲除 | 第53-54页 |
| 3.2 对向基因在周期中的表达规律 | 第54-55页 |
| 3.3 全基因组范围对向基因表达变化规律 | 第55-57页 |
| 3.4 对向基因表达量的消长应答环境条件变化 | 第57-58页 |
| 4 结论与讨论 | 第58-60页 |
| 5 本章小结 | 第60-61页 |
| 第五章 对向基因调控分子机制初探 | 第61-85页 |
| 1 试剂和材料 | 第61-63页 |
| 1.1 试剂 | 第61-62页 |
| 1.2 溶液 | 第62-63页 |
| 1.3 仪器 | 第63页 |
| 1.4 材料 | 第63页 |
| 1.5 工具软件 | 第63页 |
| 2 实验方法 | 第63-75页 |
| 2.1 下游基因原位移码突变菌株构建 | 第63-65页 |
| 2.2 下游基因异位过表达菌株的构建 | 第65-72页 |
| 2.3 重叠转录本消除菌株构建 | 第72-74页 |
| 2.4 改造菌株基因表达量检测 | 第74-75页 |
| 2.5 不同物种UTR重叠转录本比较 | 第75页 |
| 3 结果与分析 | 第75-82页 |
| 3.1 改造菌株的构建 | 第75-76页 |
| 3.2 基因结构改造菌株鉴定 | 第76-78页 |
| 3.3 改造菌株基因表达量检测 | 第78-81页 |
| 3.4 对向基因调控随物种进化丧失 | 第81-82页 |
| 4 结论与讨论 | 第82-84页 |
| 4.1 对向基因反向调控与基因蛋白产物功能无关 | 第83页 |
| 4.2 对向基因反向调控并非依赖单纯转录冲撞干扰 | 第83页 |
| 4.3 对向基因反向调控依赖基因间重叠的3’-UTR | 第83-84页 |
| 5 本章小结 | 第84-85页 |
| 第六章 对向基因反向调控调节蛋白产物表达 | 第85-102页 |
| 1 试剂和材料 | 第85-89页 |
| 1.1 试剂 | 第85-86页 |
| 1.2 溶液 | 第86-88页 |
| 1.3 仪器 | 第88页 |
| 1.4 材料 | 第88页 |
| 1.5 工具软件 | 第88-89页 |
| 2 实验方法 | 第89-96页 |
| 2.1 菌株背景选择 | 第89页 |
| 2.2 双荧光素酶报告系统菌株构建 | 第89-95页 |
| 2.3 报告基因蛋白表达量检测 | 第95-96页 |
| 2.4 腺嘌呤饥饿环境下菌株表型检测 | 第96页 |
| 3 结果与分析 | 第96-99页 |
| 3.1 双荧光素酶报告菌株构建 | 第96-97页 |
| 3.2 报告基因的蛋白表达量变化规律 | 第97-98页 |
| 3.3 KIN3影响ADE1基因表达量对菌株表型的影响 | 第98-99页 |
| 4 结论与讨论 | 第99-100页 |
| 4.1 对向基因反向调控方式能影响蛋白表达水平 | 第99-100页 |
| 4.2 对向基因反向调控方式能改变菌株表型 | 第100页 |
| 5 总结与展望 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-105页 |
| 第二部分 gTME菌种改造机制解析 | 第105-153页 |
| 摘要 | 第105-106页 |
| Abstract | 第106-107页 |
| 第一章 文献综述 | 第107-113页 |
| 1 酵母的乙醇耐受性 | 第107-108页 |
| 1.1 酵母乙醇耐受性定义 | 第107页 |
| 1.2 影响酵母乙醇耐受性的因素 | 第107-108页 |
| 2 数量性状遗传 | 第108-109页 |
| 2.1 数量性状的定义 | 第108-109页 |
| 2.2 数量性状的复杂性 | 第109页 |
| 3 以代谢产物为目标的遗传改造与育种 | 第109-112页 |
| 3.1 质量性状的遗传改造手段 | 第109-111页 |
| 3.2 数量性状的遗传改造手段 | 第111-112页 |
| 4 研究的方法、目的和意义 | 第112-113页 |
| 第二章 不同遗传背景下gTME作用效力的鉴定 | 第113-130页 |
| 1 材料和试剂 | 第113-117页 |
| 1.1 试剂 | 第113-114页 |
| 1.2 溶液 | 第114-116页 |
| 1.3 仪器 | 第116页 |
| 1.4 材料 | 第116页 |
| 1.5 工具软件 | 第116-117页 |
| 2 实验方法 | 第117-124页 |
| 2.1 SPT15基因定点突变引物设计 | 第117页 |
| 2.2 点突变序列基因拼接 | 第117页 |
| 2.3 质粒构建 | 第117-121页 |
| 2.4 酵母转化与验证 | 第121-123页 |
| 2.5 酵母乙醇耐受性表型测定 | 第123页 |
| 2.6 酵母菌株生长速率测定 | 第123-124页 |
| 3 结果与分析 | 第124-128页 |
| 3.1 菌株构建 | 第124页 |
| 3.2 质粒转化菌株的验证 | 第124-125页 |
| 3.3 质粒携带外源基因在菌株中的表达 | 第125页 |
| 3.4 gTME诱导表型变异 | 第125-128页 |
| 4 结论与讨论 | 第128-130页 |
| 4.1 spt15-300改变菌株表型原因推测 | 第128页 |
| 4.2 引发spt15-300蛋白功能变异的原因 | 第128-129页 |
| 4.3 本章小结 | 第129-130页 |
| 第三章 gTME效力关键节点基因验证 | 第130-150页 |
| 1 试剂和材料 | 第130-133页 |
| 1.1 试剂 | 第130-131页 |
| 1.2 溶液 | 第131-132页 |
| 1.3 仪器 | 第132页 |
| 1.4 材料 | 第132-133页 |
| 1.5 工具软件 | 第133页 |
| 1.6 数据库信息 | 第133页 |
| 2 实验方法 | 第133-142页 |
| 2.1 候选基因的选择 | 第133-134页 |
| 2.2 候选基因对spt15-300因子的响应 | 第134-137页 |
| 2.3 候选基因敲除 | 第137-141页 |
| 2.4 酵母乙醇耐受性表型测定 | 第141-142页 |
| 3 结果与分析 | 第142-147页 |
| 3.1 候选基因的选择 | 第142-143页 |
| 3.2 spt15-300诱导候选基因表达量变化 | 第143-145页 |
| 3.3 候选基因敲除菌株构建 | 第145页 |
| 3.4 缺失转化菌株乙醇耐受性测定 | 第145-147页 |
| 4 结论与讨论 | 第147-149页 |
| 4.1 spt15-300作用机制的推测 | 第147-148页 |
| 4.2 传递-spt15-300功能的主效转录因子 | 第148-149页 |
| 5 总结与展望 | 第149-150页 |
| 参考文献 | 第150-153页 |
| 致谢 | 第153-154页 |
