蛋白质—核酸相互作用位点预测新方法研究
| 中文摘要 | 第3-5页 |
| 英文摘要 | 第5-6页 |
| 第一章 蛋白质-核酸结合位点预测的研究进展 | 第11-29页 |
| 1.1 蛋白质核酸相互作用简介 | 第11-16页 |
| 1.1.1 核酸结合蛋白质的功能特征分类 | 第11-14页 |
| 1.1.1.1 DNA结合蛋白质的功能特征 | 第12-13页 |
| 1.1.1.2 RNA结合蛋白质的功能特征 | 第13-14页 |
| 1.1.2 核酸结合蛋白质的结构域特征分类 | 第14-16页 |
| 1.1.2.1 RNA结合域的特征 | 第14-15页 |
| 1.1.2.2 DNA结合域的特征 | 第15-16页 |
| 1.2 蛋白质-RNA作用位点预测方法研究进展 | 第16-18页 |
| 1.3 蛋白质-DNA结合位点预测方法研究进展 | 第18-19页 |
| 1.4 本论文的选题背景和研究思路 | 第19-22页 |
| 参考文献 | 第22-29页 |
| 第二章 蛋白质中RNA结合位点的预测 | 第29-51页 |
| 2.1 研究背景 | 第29-30页 |
| 2.2 数据集 | 第30-31页 |
| 2.2.1 训练集 | 第30-31页 |
| 2.2.2 测试集1 | 第31页 |
| 2.2.3 测试集2 | 第31页 |
| 2.3 随机森林算法的原理 | 第31-32页 |
| 2.4 蛋白质序列的特征信息 | 第32-34页 |
| 2.4.1 位点特异性得分矩阵 | 第32页 |
| 2.4.2 溶剂可及化表面和相对溶剂可及化表面 | 第32页 |
| 2.4.3 物理化学性质 | 第32-33页 |
| 2.4.4 预测二级结构 | 第33页 |
| 2.4.5 蛋白质-RNA相互作用性质 | 第33-34页 |
| 2.5 模型构建过程中使用的方法 | 第34-36页 |
| 2.5.1 对位点特异性得分矩阵的处理 | 第34-35页 |
| 2.5.1.1 滑动窗口的使用 | 第34-35页 |
| 2.5.1.2 光滑窗口的使用 | 第35页 |
| 2.5.2 合成正样本方法的介绍 | 第35-36页 |
| 2.5.3 集成学习方法的介绍 | 第36页 |
| 2.6 模型评价体系 | 第36-37页 |
| 2.7 预测结果 | 第37-40页 |
| 2.7.1 窗口的优化 | 第37-38页 |
| 2.7.2 训练集的预测结果 | 第38-39页 |
| 2.7.3 测试集的预测结果 | 第39-40页 |
| 2.8 有效特征的提取方法 | 第40-43页 |
| 2.8.1 特征组选取法 | 第41页 |
| 2.8.2 单个特征选取法 | 第41-43页 |
| 2.9 影响RNA结合的重要特征分析 | 第43-46页 |
| 2.9.1 位点特异性得分矩阵特征分析 | 第43-44页 |
| 2.9.2 可及化表面特征分析 | 第44页 |
| 2.9.3 物理化学性质特征分析 | 第44-45页 |
| 2.9.4 蛋白质相互作用特征分析 | 第45页 |
| 2.9.5 预测二级结构特征分析 | 第45-46页 |
| 2.10 本工作和其他方法的比较 | 第46-47页 |
| 2.11 结论 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-51页 |
| 第三章 蛋白质中DNA结合位点的预测 | 第51-73页 |
| 3.1 研究背景 | 第51-52页 |
| 3.2 数据集 | 第52-53页 |
| 3.2.1 训练集 | 第52页 |
| 3.2.2 测试集 | 第52-53页 |
| 3.3 蛋白质序列的特征信息 | 第53-55页 |
| 3.3.1 蛋白质残基的组成信息 | 第53页 |
| 3.3.2 溶剂可及化表面和相对溶剂可及化表面 | 第53-54页 |
| 3.3.3 物理化学性质 | 第54页 |
| 3.3.4 预测二级结构 | 第54-55页 |
| 3.3.5 B因子特征 | 第55页 |
| 3.4 模型构建过程中使用的方法 | 第55-57页 |
| 3.4.1 滑动窗口和光滑窗口的使用 | 第55-56页 |
| 3.4.2 SMOTE方法和一致性建模方法 | 第56-57页 |
| 3.5 模型的评价体系 | 第57页 |
| 3.6 预测结果 | 第57-59页 |
| 3.6.1 窗口的优化 | 第57-58页 |
| 3.6.2 训练集的预测结果 | 第58-59页 |
| 3.6.3 测试集的预测结果 | 第59页 |
| 3.7 重要特征的提取方法 | 第59-62页 |
| 3.7.1 基于信息增益选取最优特征 | 第60-62页 |
| 3.8 影响RNA结合的重要特征分析 | 第62-64页 |
| 3.8.1 氨基酸组成特征分析 | 第62页 |
| 3.8.2 物理化学性质特征分析 | 第62-63页 |
| 3.8.3 可及化表面特征分析 | 第63-64页 |
| 3.8.4 B因子特征分析 | 第64页 |
| 3.9 结论 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-73页 |
| 在校期间的研究成果 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
