| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略语 | 第9-12页 |
| 第一章 研究背景 | 第12-38页 |
| 1.1 miRNA的研究现状与进展 | 第12-17页 |
| 1.1.1 miRNA的发现 | 第12-13页 |
| 1.1.2 miRNA的生物合成与调控模式 | 第13-15页 |
| 1.1.3 miRNA与发育和疾病 | 第15-16页 |
| 1.1.4 miRNA靶基因的预测 | 第16-17页 |
| 1.1.5 miRNA的表达 | 第17页 |
| 1.2 miRNA与进化 | 第17-32页 |
| 1.2.1 miRNA的系统发生 | 第18页 |
| 1.2.2 miRNA的基因组来源 | 第18-21页 |
| 1.2.3 miRNA序列的分化模式 | 第21-25页 |
| 1.2.4 miRNA表达水平的进化 | 第25页 |
| 1.2.5 miRNA靶基因的进化 | 第25-26页 |
| 1.2.6 miRNA与自然选择 | 第26-27页 |
| 1.2.7 miRNA网络与物种复杂度 | 第27-29页 |
| 1.2.8 近年来对miRNA“渠化作用canalization”的研究 | 第29-32页 |
| 1.2.9 内源竞争RNA（competing endogenous RNA，ceRNA）假说 | 第32页 |
| 1.3 分子进化 | 第32-36页 |
| 1.3.1 核苷酸置换模型与成对序列进化距离 | 第33-35页 |
| 1.3.2 蛋白编码序列进化速率 | 第35页 |
| 1.3.3 非编码序列的进化速率 | 第35-36页 |
| 1.4 本文的主要工作及创新点 | 第36-38页 |
| 第二章 材料与方法 | 第38-53页 |
| 2.1 目标物种的选择 | 第38页 |
| 2.2 数据来源 | 第38-39页 |
| 2.3 数据库的构建 | 第39-41页 |
| 2.4 miRNA丰度和miRNA家族的跨物种比较 | 第41页 |
| 2.5 比较各物种间miRNA参与的分子功能和细胞途径 | 第41-42页 |
| 2.6 比较各物种间miRNA调控的蛋白家族 | 第42页 |
| 2.7 比较物种间miRNA对转录因子、信号途径和组织细胞的调控 | 第42-43页 |
| 2.8 各物种中miRNA进化速率的计算及分类 | 第43-45页 |
| 2.9 由SNP数据估计各类miRNA进化速率 | 第45-46页 |
| 2.10 基因内或基因间的，成簇排列或单独存在的miRNA，以及miRNA的二级结构 | 第46-47页 |
| 2.11 基于进化速率的靶基因功能分析 | 第47页 |
| 2.12 miRNA在各物种中表达量的计算 | 第47-48页 |
| 2.13 miRNA表达的组织特异性 | 第48-49页 |
| 2.14 选取两栖类和鸟类的模式生物作验证 | 第49-52页 |
| 2.15 本研究所用计算机编程工具与环境 | 第52-53页 |
| 第三章 结果与分析 | 第53-96页 |
| 3.1 miRNA丰度与物种复杂性 | 第53-54页 |
| 3.2 在6个模式物种间miRNA家族的分布 | 第54-56页 |
| 3.3 6个物种间miRNA对各分子功能的调节偏好 | 第56-59页 |
| 3.4 6个物种间miRNA对各生物途径的调节偏好 | 第59-64页 |
| 3.5 miRNA靶基因产物的蛋白家族 | 第64-66页 |
| 3.6 miRNA调节的转录因子 | 第66-67页 |
| 3.7 被miRNA调控的信号途径 | 第67-69页 |
| 3.8 miRNA参与调控的组织 | 第69-70页 |
| 3.9 miRNA的进化速率 | 第70-73页 |
| 3.10 miRNA进化速率与SNP | 第73-74页 |
| 3.11 miRNA进化速率与基因来源 | 第74-78页 |
| 3.12 miRNA进化速率和最低自由能（minimized free energy，MFE） | 第78-80页 |
| 3.13 miRNA进化速率和表达水平及组织特异性 | 第80-85页 |
| 3.14 miRNA进化速率与miRNA的功能 | 第85-90页 |
| 3.15 研究结论在两个物种中的验证 | 第90-96页 |
| 第四章 讨论 | 第96-100页 |
| 第五章 结论与展望 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-118页 |
| 附录 | 第118-124页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第124-125页 |
| 致谢 | 第125-126页 |
| Ⅳ-2答辩委员会对论文的评定意见 | 第126页 |
