| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第一章 前言 | 第9-11页 |
| 第二章 文献综述 | 第11-17页 |
| 2.1 草木樨研究进展 | 第11-13页 |
| 2.1.1 草木樨概述 | 第11页 |
| 2.1.2 草木樨形态学及分子系统进化研究 | 第11-12页 |
| 2.1.3 香豆素概述 | 第12-13页 |
| 2.2 混合分组分析法(Bulk Segregant Analysis,BSA)研究进展 | 第13-14页 |
| 2.2.1 BSA的定义 | 第13页 |
| 2.2.2 BSA在植物基因定位上的研究现状 | 第13-14页 |
| 2.3 代谢组学研究进展 | 第14-17页 |
| 2.3.1 代谢组学定义 | 第14-15页 |
| 2.3.2 代谢组学的优势 | 第15页 |
| 2.3.3 代谢组研究的检测技术 | 第15页 |
| 2.3.4 代谢组学的研究现状 | 第15-16页 |
| 2.3.5 多组学联合分析研究进展 | 第16-17页 |
| 第三章 草木樨属种质资源遗传多样性研究 | 第17-23页 |
| 3.1 前言 | 第17页 |
| 3.2 材料与方法 | 第17-19页 |
| 3.2.1 供试材料 | 第17页 |
| 3.2.2 DNA提取 | 第17-18页 |
| 3.2.3 PCR扩增及测序 | 第18-19页 |
| 3.2.4 聚类分析与多样性分析 | 第19页 |
| 3.3 结果与分析 | 第19-21页 |
| 3.3.1 草木樨属种质资源统计分析 | 第19页 |
| 3.3.2 聚类分析与遗传多样性分析 | 第19-21页 |
| 3.4 讨论 | 第21-23页 |
| 第四章 基于BSA方法定位草木樨香豆素合成关键基因 | 第23-39页 |
| 4.1 前言 | 第23页 |
| 4.2 材料与方法 | 第23-27页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第23页 |
| 4.2.2 DNA提取 | 第23-24页 |
| 4.2.3 极端混合池的构建 | 第24页 |
| 4.2.4 混池测序与数据评估 | 第24页 |
| 4.2.5 BSA关联分析 | 第24页 |
| 4.2.6 候选基因注释 | 第24页 |
| 4.2.7 RNA提取 | 第24-25页 |
| 4.2.8 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证 | 第25-27页 |
| 4.3 结果与分析 | 第27-37页 |
| 4.3.1 测序数据质控 | 第27-28页 |
| 4.3.1.1 碱基类型的分布 | 第27页 |
| 4.3.1.2 低质量数据过滤 | 第27-28页 |
| 4.3.1.3 测序数据统计 | 第28页 |
| 4.3.2 与参考基因组比对统计 | 第28-29页 |
| 4.3.3 SNP检测与注释 | 第29页 |
| 4.3.4 Small InDel检测与注释 | 第29-30页 |
| 4.3.5 SNP关联分析 | 第30-32页 |
| 4.3.6 InDel关联分析 | 第32-34页 |
| 4.3.7 候选区域功能注释 | 第34-36页 |
| 4.3.8 qRT-PCR验证 | 第36-37页 |
| 4.4 讨论 | 第37-39页 |
| 第五章 草木樨LC-QE-MS代谢组学研究 | 第39-50页 |
| 5.1 前言 | 第39页 |
| 5.2 材料与方法 | 第39-42页 |
| 5.2.1 供试材料与试剂 | 第39-40页 |
| 5.2.2 代谢物的提取 | 第40页 |
| 5.2.3 代谢物的检测 | 第40页 |
| 5.2.4 原始数据预处理 | 第40-41页 |
| 5.2.5 主成分分析(principal component analysis,PCA) | 第41页 |
| 5.2.6 正交偏最小二乘法-判别分析(OPLS-DA) | 第41页 |
| 5.2.7 差异代谢物的筛选 | 第41-42页 |
| 5.3 结果与分析 | 第42-49页 |
| 5.3.1 主成分分析(PCA) | 第42-43页 |
| 5.3.2 正交偏最小二乘法-判别分析(OPLS-DA) | 第43-44页 |
| 5.3.3 差异代谢物的筛选和火山图 | 第44-45页 |
| 5.3.4 差异代谢物的KEGG注释 | 第45-46页 |
| 5.3.5 差异代谢物的代谢通路分析 | 第46-47页 |
| 5.3.6 差异代谢物的层次聚类分析 | 第47-48页 |
| 5.3.7 代谢组与转录组关联分析 | 第48-49页 |
| 5.4 讨论 | 第49-50页 |
| 第六章 结论 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-59页 |
| 附录 | 第59-80页 |
| 在学期间的研究成果 | 第80-82页 |
| 致谢 | 第82页 |
