基于全基因组重测序的黄瓜花发育突变体的快速基因定位
| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-23页 |
| ·花发育研究进展 | 第11-16页 |
| ·花发育的ABC模型 | 第11-13页 |
| ·花发育的ABCDE模型 | 第13-15页 |
| ·花发育的四因子模型 | 第15页 |
| ·黄瓜花发育研究进展 | 第15-16页 |
| ·果实发育研究进展 | 第16-17页 |
| ·MADS-box基因与果实发育 | 第17页 |
| ·黄瓜果实发育研究进展 | 第17页 |
| ·全基因组测序与基因定位 | 第17-21页 |
| ·图位克隆概述 | 第18页 |
| ·基于高通量测序的基因定位概述 | 第18-21页 |
| ·全基因组测序在黄瓜基因定位上的研究进展 | 第21页 |
| ·本研究的目的及意义 | 第21-23页 |
| 第二章 试验材料和方法 | 第23-34页 |
| ·试验材料 | 第23页 |
| ·植物材料 | 第23页 |
| ·试验菌株 | 第23页 |
| ·试剂耗材 | 第23页 |
| ·试验方法 | 第23-34页 |
| ·突变体获取和分离群体构建 | 第23-24页 |
| ·群体表型观察和遗传分析 | 第24页 |
| ·花器官切片观察 | 第24页 |
| ·极端单株混池及DNA提取 | 第24-25页 |
| ·全基因组测序及数据质控 | 第25页 |
| ·混池数据比对及SNP检测过滤 | 第25页 |
| ·基因定位 | 第25-26页 |
| ·dCAPS标记开发与共分离检测 | 第26-28页 |
| ·RNA-seq辅助基因结构预测 | 第28页 |
| ·基因结构验证 | 第28-29页 |
| ·激活活性检验 | 第29-34页 |
| 第三章 试验结果 | 第34-49页 |
| ·突变体表型观察 | 第34-37页 |
| ·萼片形态 | 第34-36页 |
| ·花瓣和雄蕊形态 | 第36页 |
| ·心皮形态 | 第36页 |
| ·果实形态 | 第36-37页 |
| ·其他器官形态 | 第37页 |
| ·花器官发育的显微观察 | 第37-39页 |
| ·突变体群体遗传分析 | 第39页 |
| ·全基因组测序及数据质量控制 | 第39-42页 |
| ·单碱基质量 | 第40页 |
| ·reads平均质量值 | 第40-41页 |
| ·单碱基核苷酸分布 | 第41页 |
| ·其他 | 第41-42页 |
| ·测序数据比对及SNP检测过滤 | 第42-43页 |
| ·测序数据比对结果 | 第42页 |
| ·SNP检测和过滤结果 | 第42-43页 |
| ·基因定位及候选基因识别 | 第43-45页 |
| ·dCAPS标记验证候选基因 | 第45-46页 |
| ·基因结构预测与实验验证 | 第46-47页 |
| ·酵母激活活性验证 | 第47-49页 |
| 第四章 讨论 | 第49-53页 |
| ·EMS诱变 | 第49页 |
| ·BSA混池分析 | 第49-50页 |
| ·测序辅助的基因定位方法 | 第50页 |
| ·CsSEP2基因结构与外显子跳跃 | 第50-51页 |
| ·CsSEP2与黄瓜发育 | 第51-53页 |
| 第五章 全文结论 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-65页 |
| 附录 | 第65-72页 |
| 缩略词 | 第72-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 作者简介 | 第74页 |
