7种鸡形目鸟类线粒体基因组的比较及谱系基因组学研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-12页 |
| 中英文缩略词表 | 第12-14页 |
| 第1章 前言 | 第14-24页 |
| ·鸡形目鸟类研究现状 | 第14-16页 |
| ·鸡形目简介 | 第14页 |
| ·鸡形目系统发育研究现状 | 第14-16页 |
| ·线粒体基因组研究现状 | 第16-20页 |
| ·线粒体基因组测序及分析方法 | 第16页 |
| ·比较线粒体基因组学研究 | 第16-17页 |
| ·适应性进化 | 第17-19页 |
| ·线粒体基因的性能和功效 | 第19页 |
| ·系统发育关系重建 | 第19-20页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第20-24页 |
| ·7种鸡形目物种简介 | 第20-22页 |
| ·研究内容和技术路线 | 第22-24页 |
| 第2章 材料和方法 | 第24-32页 |
| ·取样 | 第24页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第24-25页 |
| ·总DNA提取 | 第25页 |
| ·PCR扩增和测序 | 第25-27页 |
| ·序列拼接和注释 | 第27-28页 |
| ·结构及特征分析 | 第28页 |
| ·谱系基因组学方法 | 第28-30页 |
| ·系统发育分析方法 | 第28-30页 |
| ·分子定时 | 第30页 |
| ·线粒体基因组其他分析 | 第30-32页 |
| 第3章 7种鸡形目鸟类线粒体基因组结构分析 | 第32-60页 |
| ·海南山鹧鸪线粒体基因组 | 第32-36页 |
| ·基因组特征 | 第32-34页 |
| ·蛋白编码基因 | 第34-35页 |
| ·RNA基因 | 第35页 |
| ·控制区 | 第35-36页 |
| ·中华鹧鸪线粒体基因组 | 第36-40页 |
| ·基因组特征 | 第36-38页 |
| ·蛋白编码基因 | 第38-39页 |
| ·RNA基因 | 第39页 |
| ·控制区 | 第39-40页 |
| ·斑尾榛鸡线粒体基因组 | 第40-44页 |
| ·基因组特征 | 第40-42页 |
| ·蛋白编码基因 | 第42-43页 |
| ·RNA基因 | 第43页 |
| ·控制区 | 第43-44页 |
| ·褐马鸡线粒体基因组 | 第44-48页 |
| ·基因组特征 | 第44-46页 |
| ·蛋白编码基因 | 第46-47页 |
| ·RNA基因 | 第47页 |
| ·控制区 | 第47-48页 |
| ·白马鸡线粒体基因组 | 第48-52页 |
| ·基因组特征 | 第48-50页 |
| ·蛋白编码基因 | 第50-51页 |
| ·RNA基因 | 第51页 |
| ·控制区 | 第51-52页 |
| ·灰山鹑线粒体基因组 | 第52-56页 |
| ·基因组特征 | 第52-54页 |
| ·蛋白编码基因 | 第54-55页 |
| ·RNA基因 | 第55页 |
| ·控制区 | 第55-56页 |
| ·暗腹雪鸡线粒体基因组 | 第56-60页 |
| ·基因组特征 | 第56-58页 |
| ·蛋白编码基因 | 第58-59页 |
| ·RNA基因 | 第59页 |
| ·控制区 | 第59-60页 |
| 第4章 鸡形目鸟类线粒体比较基因组学研究 | 第60-132页 |
| ·山鹧鸪属鸟类线粒体基因组比较 | 第60-70页 |
| ·碱基组成 | 第60-61页 |
| ·蛋白编码基因 | 第61-62页 |
| ·RNA基因 | 第62-67页 |
| ·控制区 | 第67页 |
| ·遗传距离 | 第67-68页 |
| ·同义替换率和非同义替换率 | 第68-70页 |
| ·榛鸡属鸟类线粒体基因组比较 | 第70-79页 |
| ·碱基组成 | 第70-71页 |
| ·蛋白编码基因 | 第71-72页 |
| ·RNA基因 | 第72-77页 |
| ·控制区 | 第77页 |
| ·遗传距离 | 第77-78页 |
| ·同义替换率和非同义替换率 | 第78-79页 |
| ·马鸡属鸟类线粒体基因组比较 | 第79-92页 |
| ·碱基组成 | 第79-80页 |
| ·蛋白编码基因 | 第80-81页 |
| ·RNA基因 | 第81-86页 |
| ·控制区 | 第86页 |
| ·遗传距离 | 第86-89页 |
| ·同义替换率和非同义替换率 | 第89-92页 |
| ·山鹑属鸟类线粒体基因组比较 | 第92-101页 |
| ·碱基组成 | 第92-93页 |
| ·蛋白编码基因 | 第93-94页 |
| ·RNA基因 | 第94-99页 |
| ·控制区 | 第99页 |
| ·遗传距离 | 第99-100页 |
| ·同义替换率和非同义替换率 | 第100-101页 |
| ·雪鸡属鸟类线粒体基因组比较 | 第101-111页 |
| ·碱基组成 | 第101-103页 |
| ·蛋白编码基因 | 第103-104页 |
| ·RNA基因 | 第104-109页 |
| ·控制区 | 第109页 |
| ·遗传距离 | 第109-110页 |
| ·同义替换率和非同义替换率 | 第110-111页 |
| ·鸡形目线粒体基因组比较 | 第111-132页 |
| ·线粒体基因组特征 | 第111-112页 |
| ·基因长度和间隔 | 第112-115页 |
| ·基因保守性 | 第115页 |
| ·碱基组成 | 第115-118页 |
| ·遗传距离 | 第118-120页 |
| ·蛋白编码基因 | 第120-124页 |
| ·RNA基因 | 第124-129页 |
| ·控制区 | 第129-132页 |
| 第5章 鸡形目谱系基因组学研究 | 第132-154页 |
| ·鸡形目系统发育分析 | 第132-146页 |
| ·系统树拓扑结构 | 第132页 |
| ·科级阶元系统发育关系 | 第132-133页 |
| ·雉科内部系统发育关系 | 第133-146页 |
| ·鸡形目分子定时分析 | 第146-154页 |
| ·科级水平分化 | 第146-147页 |
| ·雉科内部分化 | 第147-154页 |
| 第6章 鸡形目线粒体基因组的性能和功效分析 | 第154-180页 |
| ·系统发育信号评估 | 第154-159页 |
| ·单个基因核苷酸序列 | 第154页 |
| ·蛋白编码基因氨基酸序列 | 第154页 |
| ·数据集 | 第154-155页 |
| ·蛋白编码基因密码子第3位点构建系统发育树 | 第155-159页 |
| ·系统发育信息量评估, | 第159-166页 |
| ·单个基因的净信息量和单位信息量 | 第159-160页 |
| ·蛋白编码基因氨基酸序列的净信息量和单位信息量 | 第160-161页 |
| ·数据集的净信息量和单位信息量 | 第161-166页 |
| ·比对策略的影响 | 第166页 |
| ·数据划分策略的影响 | 第166-171页 |
| ·基因树和物种树拟合 | 第171-180页 |
| 第7章 总结 | 第180-184页 |
| 参考文献 | 第184-204页 |
| 致谢 | 第204-206页 |
| 攻读学位期间研究成果 | 第206页 |
