猪CR1-like基因全长cDNA和部分DNA片段的克隆及序列生物信息学分析

【摘要】：目的：本实验以猪为研究对象设计实验,为进一步研究猪红细胞免疫功能,我们从分子水平上克隆猪CRl-like基因序列,并且分析该基因的特征。方法：运用RT-PCR (Reverse transcription-polymerase chain reaction)和RACE (Rapid-amplification of cDNA ends)技术克隆猪CR1-like基因全长cDNA,运用普通PCR克隆猪CR1-like基因的启动子区域,结合生物信息学方法分析克隆的序列。结果：猪CR1-like基因全长cDNA为4391bp,包含3996bp的ORF(Open reading frame),37bp的5'UTR (Untranslated regions)和358bp的3'UTR,该基因位于猪第九号染色体；通过对猪全血基因组DNA的PCR扩增,得到了4872bp的猪CR1-like基因的富含转录因子结合位点的启动子区域序列。此外,生物信息学分析表明：预测猪的CR1-like蛋白分子质量为146.6kD,理论等电点为7.95；该蛋白共编码1331个氨基酸,由包含19个SCR (Short complement regulator)结构域的胞外区、23个氨基酸的跨膜区及44个氨基酸的胞质区构成；该蛋白有一处明显的信号肽,存在76个磷酸化位点和8个N-糖基化位点,并且属于单次跨膜的疏水性膜蛋白；蛋白二级结构包含有丰富的α螺旋结构(1.73%),β折叠结构(18.86%),β转角结构(5.26%)和无规则卷曲(74.15%)；通过相似性比较,发现不同哺乳动物之间CR1 (CRl-like)差异较大。结论：猪CR1-like基因是一个尚未报道过的基因,通过实验得到了CR1-like基因的全长cDNA、启动子区域并获得了一系列的生物信息学参数,揭示了猪CRl-like蛋白是一个包含SCR结构域的补体受体调控类的膜蛋白,同时揭示了该蛋白不同物种间的进化关系。
【关键词】：猪红细胞 CR1-like 补体受体 RACE 克隆 生物信息学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：Q78;S828