| 缩略词表 | 第1-11页 |
| 中文摘要 | 第11-14页 |
| Abstract | 第14-17页 |
| 前言 | 第17-19页 |
| 第一部分 病原微生物肽质量参考谱库的构建与评价 | 第19-52页 |
| 第一章 PMF研究技术条件的标准化 | 第19-33页 |
| 第一节 预提取法与直接菌落法比较分析 | 第19-24页 |
| ·仪器设备 | 第19页 |
| ·试剂耗材 | 第19页 |
| ·实验菌株 | 第19-20页 |
| ·实验方法 | 第20-21页 |
| ·样本处理方法比较分析 | 第20页 |
| ·样本处理后的细菌活性评价 | 第20页 |
| ·不同预提取处理方法谱图质量比较 | 第20-21页 |
| ·数据采集及处理 | 第21页 |
| ·细菌识别判读标准 | 第21页 |
| ·结果及讨论 | 第21-24页 |
| 第二节 液体培养前处理方法优化 | 第24-27页 |
| ·仪器设备、软件 | 第24-25页 |
| ·试剂耗材 | 第25页 |
| ·实验菌株 | 第25页 |
| ·实验方法 | 第25页 |
| ·样品制备 | 第25页 |
| ·数据采集及处理 | 第25页 |
| ·细菌识别判读标准 | 第25页 |
| ·结果与讨论 | 第25-27页 |
| 第三节 最低检测限的确定 | 第27-29页 |
| ·仪器设备 | 第27页 |
| ·实验材料 | 第27页 |
| ·实验方法 | 第27页 |
| ·样本制备 | 第27页 |
| ·数据采集及处理 | 第27页 |
| ·结果及讨论 | 第27-29页 |
| 第四节 肽质量指纹谱传代稳定性研究 | 第29-33页 |
| ·仪器设备 | 第29页 |
| ·实验材料 | 第29页 |
| ·实验方法 | 第29-30页 |
| ·细菌传代及样品制备 | 第29页 |
| ·数据采集及质谱识别 | 第29-30页 |
| ·结果及讨论 | 第30-33页 |
| 第二章 病原菌参考谱的构建与评价 | 第33-52页 |
| 第一节 病原菌参考谱的构建 | 第33-37页 |
| ·仪器设备、软件 | 第33页 |
| ·试剂耗材 | 第33页 |
| ·病原菌的选取与确认 | 第33页 |
| ·样本前处理 | 第33-34页 |
| ·数据采集 | 第34页 |
| ·肽质量参考谱的构建 | 第34页 |
| ·结果与讨论 | 第34-37页 |
| 第二节 病原菌参考谱的验证与评价 | 第37-52页 |
| ·数据库识别能力验证 | 第37-41页 |
| ·方法 | 第37页 |
| ·结果与讨论 | 第37-41页 |
| ·特异性分析 | 第41-49页 |
| ·方法 | 第41-42页 |
| ·结果 | 第42-48页 |
| ·讨论 | 第48-49页 |
| ·地域性分析 | 第49-52页 |
| ·方法 | 第49页 |
| ·结果与讨论 | 第49-52页 |
| 第二部分 肽质量指纹谱流行病学应用研究 | 第52-93页 |
| 第一章 幽门螺杆菌肽质量指纹谱分型研究 | 第52-67页 |
| ·仪器设备 | 第53页 |
| ·试剂耗材 | 第53页 |
| ·实验方法 | 第53-55页 |
| ·菌株及表型识别 | 第53页 |
| ·参考谱构建及评价 | 第53页 |
| ·聚类分析 | 第53-54页 |
| ·Label-free技术进行全细胞蛋白扫描 | 第54页 |
| ·生物信息学分析 | 第54页 |
| ·HP型别相关特异肽分析 | 第54-55页 |
| ·结果 | 第55-65页 |
| ·参考谱库构建 | 第55-56页 |
| ·参考谱库评价 | 第56-58页 |
| ·聚类分析 | 第58-60页 |
| ·Label-free蛋白分析及生物信息学分析 | 第60-65页 |
| ·型别相关特征肽 | 第65页 |
| ·讨论 | 第65-67页 |
| 第二章 肺炎支原体肽质量指纹谱分型研究 | 第67-74页 |
| ·仪器设备 | 第68页 |
| ·试剂耗材 | 第68页 |
| ·实验方法 | 第68-70页 |
| ·菌株选择及确认 | 第68-69页 |
| ·MP基因分型 | 第69页 |
| ·数据采集 | 第69页 |
| ·模型构建与验证 | 第69-70页 |
| ·数据分析 | 第70页 |
| ·结果 | 第70-72页 |
| ·MP确认和分型 | 第70页 |
| ·模型分类能力 | 第70-71页 |
| ·鉴别峰分析 | 第71-72页 |
| ·讨论 | 第72-74页 |
| 第三章 钩端螺旋体肽质量指纹谱分型研究 | 第74-85页 |
| ·仪器设备 | 第74-75页 |
| ·试剂耗材 | 第75页 |
| ·实验方法 | 第75-76页 |
| ·菌株 | 第75-76页 |
| ·样本准备与数据采集 | 第76页 |
| ·参考谱构建与评价 | 第76页 |
| ·聚类分析 | 第76页 |
| ·非标记定量分析 | 第76页 |
| ·结果 | 第76-82页 |
| ·参考谱构建与评价 | 第76-77页 |
| ·聚类分析 | 第77页 |
| ·差异蛋白分析 | 第77-82页 |
| ·讨论 | 第82-85页 |
| 第四章 猩红热疫情相关菌株的快速检测及溯源分析 | 第85-93页 |
| ·仪器设备 | 第85页 |
| ·试剂耗材 | 第85页 |
| ·实验方法 | 第85-87页 |
| ·细菌及临床样本 | 第85-86页 |
| ·样本制备及数据采集 | 第86页 |
| ·参考谱评价 | 第86-87页 |
| ·咽拭子分离样本识别评价 | 第87页 |
| ·统计学分析 | 第87页 |
| ·MSP聚类 | 第87页 |
| ·结果 | 第87-90页 |
| ·参考谱的构建与评价 | 第87页 |
| ·咽拭子样本鉴定 | 第87-89页 |
| ·MSP聚类分析 | 第89页 |
| ·统计学分析 | 第89-90页 |
| ·讨论 | 第90-93页 |
| 第三部分 重组病原、体液中病原PMF识别方法构建 | 第93-110页 |
| 第一章 基于肽质量指纹谱的重组菌快速高通量识别 | 第93-103页 |
| ·仪器设备 | 第93页 |
| ·试剂耗材 | 第93-94页 |
| ·实验方法 | 第94-97页 |
| ·实验菌株 | 第94页 |
| ·克隆表达阶段划分 | 第94页 |
| ·菌体蛋白提取 | 第94-95页 |
| ·MALDI-TOF MS数据采集 | 第95页 |
| ·数据分析 | 第95-97页 |
| ·实验结果 | 第97-100页 |
| ·多肽谱 | 第97-98页 |
| ·分类模型 | 第98-99页 |
| ·阶段特异表达峰 | 第99-100页 |
| ·讨论 | 第100-103页 |
| 第二章 血液中布鲁氏菌的快速检测方法建立与评价 | 第103-110页 |
| ·仪器设备 | 第104页 |
| ·试剂耗材 | 第104页 |
| ·实验样本 | 第104页 |
| ·实验方法 | 第104-105页 |
| ·样本制备 | 第104页 |
| ·数据采集 | 第104-105页 |
| ·特征肽质量指纹谱模型构建 | 第105页 |
| ·模型验证 | 第105页 |
| ·结果 | 第105-109页 |
| ·讨论 | 第109-110页 |
| 第四部分 微生物识别软件MICROID的研发与评价 | 第110-122页 |
| 第一章 微生物识别软件MICROID的开发 | 第111-118页 |
| ·系统设计 | 第111-112页 |
| ·功能介绍 | 第112-117页 |
| ·兼容性 | 第117-118页 |
| 第二章 MICROID微生物鉴定系统的评价 | 第118-122页 |
| ·仪器设备 | 第118页 |
| ·试剂耗材 | 第118页 |
| ·实验方法 | 第118-119页 |
| ·样本选取 | 第118页 |
| ·数据采集与数据处理 | 第118-119页 |
| ·统计学分析 | 第119页 |
| ·结果与讨论 | 第119-122页 |
| 总结 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-137页 |
| 成果 | 第137-148页 |
| 文献综述 | 第148-156页 |
| 参考文献 | 第152-156页 |
| 附表 | 第156-190页 |
| 致谢 | 第190页 |