| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-18页 |
| ·系统生物学 | 第8-9页 |
| ·基因组规模代谢网络模型的研究进展 | 第9-12页 |
| ·GSMM 发展现状 | 第9-10页 |
| ·GSMM 构建流程与挑战 | 第10-11页 |
| ·GSMM 的应用 | 第11-12页 |
| ·GSMM的自动化重构研究 | 第12-16页 |
| ·GSMM 的自动化构建现状 | 第12-15页 |
| ·影响 GSMM 自动化构建的问题 | 第15页 |
| ·展望 | 第15-16页 |
| ·基因组最简化研究进展 | 第16页 |
| ·树干毕赤酵母概述 | 第16-17页 |
| ·本论文的研究内容 | 第17-18页 |
| 第二章 初模型构建自动化 | 第18-29页 |
| ·基于KEGG在线数据库的模型构建 | 第18-21页 |
| ·方法概述 | 第19-20页 |
| ·构建工具和数据 | 第20页 |
| ·算法实现及结果 | 第20-21页 |
| ·基于Uniprot-MetaCyc本地数据库的模型构建 | 第21-24页 |
| ·方法概述 | 第22页 |
| ·构建工具和数据 | 第22-23页 |
| ·算法实现及结果 | 第23-24页 |
| ·基于同源物种的模型构建 | 第24-28页 |
| ·方法概述 | 第24-25页 |
| ·构建工具和数据 | 第25页 |
| ·算法实现及结果 | 第25-28页 |
| ·初模型信息比较 | 第28-29页 |
| 第三章 模型修正 | 第29-40页 |
| ·模型自动化整合 | 第29-32页 |
| ·方法概述 | 第29-30页 |
| ·算法实现 | 第30-31页 |
| ·实例实施 | 第31页 |
| ·核心反应的识别 | 第31-32页 |
| ·模型模拟修正 | 第32-35页 |
| ·方法概述 | 第32-34页 |
| ·树干毕赤酵母模型精细化 | 第34-35页 |
| ·数学模型转化与特征分析 | 第35-40页 |
| ·数学模型的转化 | 第35-36页 |
| ·全基因组规模代谢网络模型的基本特征 | 第36-38页 |
| ·碳源利用与代谢特性 | 第38-40页 |
| 第四章 基因组最简化分析 | 第40-47页 |
| ·方法算法 | 第40-43页 |
| ·通量平衡分析 | 第40页 |
| ·通量变化分析 | 第40页 |
| ·遗传算法 | 第40-42页 |
| ·基因组最简化流程 | 第42-43页 |
| ·结果与分析 | 第43-47页 |
| ·基于代谢网络的树干毕赤酵母基因组最简化 | 第43-45页 |
| ·最简基因组代谢网络模型的基本特征与分析 | 第45-47页 |
| 主要结论与展望 | 第47-49页 |
| 主要结论 | 第47-48页 |
| 展望 | 第48-49页 |
| 致谢 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-56页 |
| 附录 | 第56-57页 |
| 附录 1：作者在攻读硕士学位期间发表的论文 | 第56页 |
| 附录 2：树干毕赤酵母生物量组成及比例 | 第56页 |
| 附录 3：树干毕赤酵母最简基因组 | 第56-57页 |