基于CUDA蛋白质结构比对算法的优化研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 1 绪论 | 第8-19页 |
| ·目的和意义 | 第8-9页 |
| ·国内外研究现状 | 第9-10页 |
| ·相关研究工作介绍与分析 | 第10-16页 |
| ·论文研究内容 | 第16-19页 |
| 2 蛋白质分子结构比对方法 | 第19-31页 |
| ·算法的目的 | 第19-20页 |
| ·算法的基本思路 | 第20-22页 |
| ·寻求初始排列结果 | 第22-26页 |
| ·使用动态规划算法计算最优的序列排列 | 第26-30页 |
| ·计算最终的评分 | 第30页 |
| ·本章小结 | 第30-31页 |
| 3 使用 CUDA 全局优化蛋白质结构比对 | 第31-40页 |
| ·优化的基本思路 | 第31-32页 |
| ·存储空间布局 | 第32-37页 |
| ·计算并行处理 | 第37-39页 |
| ·输入和输出的串行化 | 第39页 |
| ·本章小结 | 第39-40页 |
| 4 使用 CUDA 局部优化蛋白质结构比对 | 第40-49页 |
| ·优化的基本思路 | 第40页 |
| ·寻找最优的并行化集 | 第40-45页 |
| ·CUDA 程序的优化与调试 | 第45-47页 |
| ·本章小结 | 第47-49页 |
| 5 算法实现和评估 | 第49-58页 |
| ·算法的设计与实现 | 第49-51页 |
| ·实验设计与评估 | 第51-55页 |
| ·实验的结果和分析 | 第55-57页 |
| ·本章小结 | 第57-58页 |
| 6 总结与展望 | 第58-60页 |
| ·全文总结 | 第58-59页 |
| ·展望 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-66页 |
