| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-27页 |
| ·研究背景 | 第12-15页 |
| ·研究现状与意义 | 第15-17页 |
| ·本文的内容及结构安排 | 第17-19页 |
| 参考文献 | 第19-27页 |
| 第二章 研究方法 | 第27-38页 |
| ·同源建模 | 第27-28页 |
| ·分子对接 | 第28-30页 |
| ·分子对接的分类 | 第28页 |
| ·分子对接算法 | 第28-30页 |
| ·分子动力学 | 第30-33页 |
| ·GROMACS | 第30-31页 |
| ·AMBER | 第31-32页 |
| ·NAMD | 第32-33页 |
| ·本章小结 | 第33页 |
| 参考文献 | 第33-38页 |
| 第三章 GPCRs 的研究 | 第38-77页 |
| ·D3R 选择性与活性机理的研究 | 第39-51页 |
| ·Lipid 和 membrane 的厚度 | 第40页 |
| ·D3R 的选择性 | 第40-44页 |
| ·D3R 和 Eticlopride 的分子动力学研究 | 第44页 |
| ·D3R 和 R-22 的分子动力学研究 | 第44-46页 |
| ·D3R 与激动剂的绑定及分子动力学研究 | 第46-47页 |
| ·D3R 与激动剂/拮抗剂绑定构象的区别 | 第47-50页 |
| ·D3R 的小结 | 第50-51页 |
| ·H4R 的结合模式及 H1R/H4R 的活性研究 | 第51-58页 |
| ·H4R 两种不同的对接模式 | 第52-53页 |
| ·H4R 与更多激动剂/拮抗剂的对接 | 第53-54页 |
| ·比较 H3R 和 H4R 的结合口袋 | 第54-55页 |
| ·H1R 与 doxepin/histamine 的分子动力学研究 | 第55-57页 |
| ·H4R 两种结合模式的分子动力学研究 | 第57-58页 |
| ·H1R/H4R 的小结 | 第58页 |
| ·ββ_2AR 与 Gs 蛋白相互作用的研究 | 第58-65页 |
| ·纳米体稳定下复合物的动力学研究 | 第59-60页 |
| ·在移除纳米体后，激动剂的构象变化 | 第60-61页 |
| ·在移除纳米体后，β_2AR 的构象变化 | 第61-63页 |
| ·在移除纳米体后，Gs 蛋白的构象变化 | 第63-64页 |
| ·在移除纳米体后，β_2AR-agonist-Gs 的构象变化 | 第64-65页 |
| ·β_2AR 的小结 | 第65页 |
| ·本章小结 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-77页 |
| 第四章 跨膜转运蛋白的研究 | 第77-114页 |
| ·pH-依赖、协同开关的 StFocA 的动力学研究 | 第78-91页 |
| ·甲酸通道和 StFocA 的开、关状态 | 第79-80页 |
| ·StFocA 中单体 B 的开/关状态依赖于 pH 的变化 | 第80-81页 |
| ·StFocA 在不同 pH 状态下的协同运动 | 第81-84页 |
| ·StFocA 中质子化/去质子化 His209 对通道形貌的影响 | 第84-88页 |
| ·EcFocA 的研究与 StFocA 的研究相吻合 | 第88-90页 |
| ·FocA 的小结 | 第90-91页 |
| ·多位点结合口袋 AcrB 的蠕动转运研究 | 第91-98页 |
| ·近端结合口袋的 rifampicin 向远端结合口袋移动 | 第93-94页 |
| ·远端结合口袋的 minocycline 向出口移动 | 第94页 |
| ·蠕动行为的研究 | 第94-95页 |
| ·Phe617-loop 的角色 | 第95-96页 |
| ·水分子在药物转运过程中的作用 | 第96-98页 |
| ·AcrB 的小结 | 第98页 |
| ·核苷转运蛋白 vcCNT 在不同钠离子梯度下的转运机理 | 第98-106页 |
| ·钠离子的处理 | 第99-100页 |
| ·没有钠离子条件下，uridine 陷入结合口袋内 | 第100-101页 |
| ·一个钠离子条件下，uridine 往细胞内部移动 | 第101-102页 |
| ·两个钠离子条件下，uridine 被转运到细胞内部 | 第102-104页 |
| ·结合口袋中极性/带电残基的功能 | 第104-105页 |
| ·vcCNT 从结合口袋到细胞内的转运机理 | 第105-106页 |
| ·vcCNT 的小结 | 第106页 |
| ·本章小结 | 第106-107页 |
| 参考文献 | 第107-114页 |
| 第五章 石墨烯、氧化石墨烯及硅纳米粒子与生物分子的研究 | 第114-132页 |
| ·纳米材料与生物分子的准备 | 第115-116页 |
| ·α-chymotrypsin 与石墨烯/氧化石墨烯的研究 | 第116-121页 |
| ·α-chymotrypsin 吸附到石墨烯/氧化石墨烯表面 | 第117-118页 |
| ·α-chymotrypsin 的 S1 活性位点被吸附到氧化石墨烯表面 | 第118-119页 |
| ·氧化石墨烯上α-chymotrypsin 活性结合口袋发生剧烈形变 | 第119-121页 |
| ·Trypsin 与石墨烯/氧化石墨烯的研究 | 第121-122页 |
| ·Si 纳米粒子与 Cytochrome C、RNase A 和 lysozyme 的相互作用 | 第122-127页 |
| ·本章小结 | 第127页 |
| 参考文献 | 第127-132页 |
| 第六章 总结与展望 | 第132-134页 |
| 攻读学位期间本人出版或公开发表的论著、论文 | 第134-135页 |
| 致谢 | 第135-136页 |
