| 中文摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-23页 |
| §1.1 蛋白质的结构和生物学功能 | 第13-15页 |
| §1.2 嗜热蛋白的结构特征及应用 | 第15-17页 |
| §1.3 DNA 的结构与功能 | 第17-19页 |
| §1.4 计算机分子模拟 | 第19-20页 |
| §1.5 研究目的和研究内容 | 第20-23页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第23-49页 |
| §2.1 分子力场 | 第23-29页 |
| §2.1.1 常用力场介绍 | 第27-29页 |
| §2.2 分子力学 | 第29-33页 |
| §2.3 分子动力学 | 第33-41页 |
| §2.3.1 基本理论 | 第34-35页 |
| §2.3.2 积分算法 | 第35-38页 |
| §2.3.3 初始化 | 第38-40页 |
| §2.3.4 长程静电力 | 第40-41页 |
| §2.4 本质动力学 | 第41-44页 |
| §2.5 结合自由能计算 | 第44-49页 |
| §2.5.1 FEP 方法基本原理 | 第45-46页 |
| §2.5.2 MM-PB/GBSA 方法基本原理 | 第46-49页 |
| 第三章 嗜热蛋白SSO7D 对DNA热稳定性和构象变化影响的分子动力学模拟研究 | 第49-67页 |
| §3.1 引言 | 第49-50页 |
| §3.2 理论方法 | 第50-52页 |
| §3.2.1 分子动力学模拟 | 第50-51页 |
| §3.2.2 结合自由能计算 | 第51-52页 |
| §3.3 结果与讨论 | 第52-65页 |
| §3.3.1 Sso7d-DNA 复合物结构与 RMSD 分析 | 第52-56页 |
| §3.3.2 DNA 分子的结构与稳定性分析 | 第56-61页 |
| §3.3.2.1 DNA 分子结构变化分析 | 第56-58页 |
| §3.3.2.2 B 型 DNA 转变为 A 型 DNA | 第58-61页 |
| §3.3.3 Sso7d-DNA 相互作用 | 第61-65页 |
| §3.4 本章小结 | 第65-67页 |
| 第四章 嗜热蛋白 CREN7 与 DNA 相互作用的分子动力学模拟研究 | 第67-101页 |
| §4.1 嗜热蛋白 CREN7 对 DNA 热稳定性和构象变化影响的分子动力学模拟研究 | 第67-89页 |
| §4.1.1 引言 | 第67-68页 |
| §4.1.2 理论方法 | 第68-70页 |
| §4.1.2.1 分子动力学模拟 | 第68-69页 |
| §4.1.2.2 结合自由能计算 | 第69-70页 |
| §4.1.3 结果与讨论 | 第70-88页 |
| §4.1.3.1 Cren7-DNA 复合物的结构与动态特性 | 第70-74页 |
| §4.1.3.2 DNA 分子结构稳定性与构象转变 | 第74-76页 |
| §4.1.3.3 Cren7-DNA 复合物的能量分析 | 第76-86页 |
| §4.1.3.4 Cren7-DNA 相互作用模拟结果与实验结果比较 | 第86-88页 |
| §4.1.4 本节小结 | 第88-89页 |
| §4.2 残基突变对嗜热蛋白 CREN7 与 DNA 结合影响的分子动力学模拟研究 | 第89-101页 |
| §4.2.1 引言 | 第89-90页 |
| §4.2.2 理论方法 | 第90-92页 |
| §4.2.2.1 分子动力学模拟 | 第90-91页 |
| §4.2.2.3 结合自由能计算 | 第91-92页 |
| §4.2.3 结果讨论 | 第92-99页 |
| §4.2.3.1 WT Cren7-DNA 结合自由能计算及其关键氨基酸残基的鉴别 | 第92-96页 |
| §4.2.3.2 W26A，L28A，K53A 与 dsDNA 结合力损失原因的探究 | 第96-99页 |
| §4.2.4 本节小结 | 第99-101页 |
| 第五章 嗜热蛋白 STO-RNASE HI C 端对其结构与稳定性影响的分子动力学模拟研究 | 第101-115页 |
| §5.1 引言 | 第101-102页 |
| §5.2 理论方法 | 第102-104页 |
| §5.2.1 分子动力学模拟 | 第102-103页 |
| §5.2.2 本质动力学分析 | 第103-104页 |
| §5.3 结果与讨论 | 第104-113页 |
| §5.3.1 Sto-RNase HI 和ΔC6 Sto-RNase HI 结构的稳定性 | 第104-105页 |
| §5.3.2 Sto-RNase HI 和ΔC6 Sto-RNase HI 结构的柔性 | 第105-108页 |
| §5.3.3 二级结构的演化 | 第108-109页 |
| §5.3.4 本质动力学分析 | 第109-110页 |
| §5.3.5 Sto-RNase HI 和ΔC6 Sto-RNase HI 的去折叠方式 | 第110-113页 |
| §5.4 本章小结 | 第113-115页 |
| 参考文献 | 第115-139页 |
| 附录 | 第139-151页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成的论文 | 第151-153页 |
| 致谢 | 第153页 |
