| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 1 绪论 | 第8-17页 |
| ·转录组及其研究方法 | 第8-9页 |
| ·第二代测序技术(高通量测序技术) | 第9-12页 |
| ·Illumina测序仪 | 第9-10页 |
| ·Genome Analyzer基本原理 | 第10-11页 |
| ·Genome Analyzer技术优势 | 第11页 |
| ·第二代测序的应用 | 第11-12页 |
| ·单核苷酸多态性(SNP)及其研究方法 | 第12-14页 |
| ·SNP的基本特性 | 第12页 |
| ·SNP的研究意义 | 第12-13页 |
| ·SNP的检测方法 | 第13-14页 |
| ·鹿茸角的生长机制及研究现状 | 第14-17页 |
| ·鹿茸角的再生概述 | 第14-15页 |
| ·鹿茸再生的调控机制 | 第15-17页 |
| 2 实验部分 | 第17-21页 |
| ·实验材料和设备 | 第17页 |
| ·鹿茸RNA提取 | 第17-18页 |
| ·RNA质量紫外分光检测 | 第17-18页 |
| ·RNA-seq技术实验流程 | 第18-21页 |
| ·基于Genome Analyzer技术的NGS测序 | 第18-19页 |
| ·测序结果的后期数据处理 | 第19页 |
| ·原始数据的装配 | 第19-20页 |
| ·序列测序结果的SNP和DIP分析 | 第20-21页 |
| 3 实验结果 | 第21-29页 |
| ·测序样品RNA电泳结果 | 第21页 |
| ·Reads进行Reference(参考序列)装配结果 | 第21-22页 |
| ·Reads进行De novo(自体)装配结果 | 第22页 |
| ·SNP检测结果数据统计 | 第22页 |
| ·Reference assembly(参考序列装配)检测到的前200位个SNP | 第22页 |
| ·Reference assembly(参考序列装配)SNP统计学分析 | 第22-24页 |
| ·De novo assembly(自体装配)中检测到的前200位SNP | 第24页 |
| ·De novo assembly(自体装配)结果中SNP统计学分析 | 第24-26页 |
| ·多位点DIP(deletion-insertion polymorphisms)检测结果分析 | 第26-27页 |
| ·单位点DIP(deletion-insertion polymorphisms)检测结果分析 | 第27-29页 |
| 4 讨论 | 第29-32页 |
| ·RNA样品制备过程 | 第29页 |
| ·测序结果数据处理 | 第29-30页 |
| ·检测结果分析 | 第30-32页 |
| 结论 | 第32-33页 |
| 参考文献 | 第33-38页 |
| 附录 | 第38-55页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
