| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-44页 |
| 引言 | 第12-13页 |
| ·人体肠道菌群的结构与功能 | 第13-20页 |
| ·人体肠道微生物概述 | 第13-14页 |
| ·人体肠道菌群的主要结构组成 | 第14-16页 |
| ·厚壁菌门（Firmicutes） | 第14-15页 |
| ·拟杆菌门（Bacteroidetes） | 第15页 |
| ·变形菌门（Proteobacteria） | 第15-16页 |
| ·放线菌门（Actinobacteria） | 第16页 |
| ·人体肠道微生物的主要功能 | 第16-17页 |
| ·食物消化及营养代谢 | 第16页 |
| ·促进上皮细胞的生长与分化 | 第16-17页 |
| ·调节宿主的免疫功能 | 第17页 |
| ·肠屏障保护作用 | 第17页 |
| ·影响肠道菌群结构的因素 | 第17-20页 |
| ·宿主遗传因素 | 第18页 |
| ·免疫系统 | 第18-19页 |
| ·营养因素 | 第19页 |
| ·其他因素 | 第19-20页 |
| ·肠道菌群与疾病 | 第20-24页 |
| ·肠道菌群与肝脏疾病 | 第20-22页 |
| ·肠道菌群与其它疾病 | 第22-24页 |
| ·肠道菌群与炎症性肠病（Inflammatory Bowel Disease，IBD） | 第22-23页 |
| ·肠道菌群与结肠癌（colon cancer） | 第23页 |
| ·肠道菌群与代谢综合征（Metabolic Syndrome, MS） | 第23-24页 |
| ·研究微生物群落组成结构的分子生物学技术 | 第24-27页 |
| ·变性/温度梯度凝胶电泳技术（DGGE/TGGE） | 第25页 |
| ·克隆文库分析法（clone library） | 第25-26页 |
| ·454 测序技术（454 pyrosequencing） | 第26-27页 |
| ·多变量统计学方法 | 第27-31页 |
| ·主成分分析（Principal Component Analysis, PCA） | 第28-29页 |
| ·聚类分析（Cluster Analysis） | 第29页 |
| ·最小二乘法（Partial Least Square, PLS） | 第29-30页 |
| ·UniFrac 分析 | 第30-31页 |
| ·支持向量机（Support Vector Machines, SVM） | 第31页 |
| ·论文结构介绍 | 第31-33页 |
| ·参考文献 | 第33-44页 |
| 第二章 利用454 测序技术对慢性乙型肝炎患者肠道菌群结构的研究 | 第44-94页 |
| 摘要 | 第44-45页 |
| ABSTRACT | 第45-46页 |
| 引言 | 第46-47页 |
| ·材料与方法 | 第47-60页 |
| ·人群信息及招募方案 | 第47-50页 |
| ·CHB 组排除纳入标准 | 第47-48页 |
| ·健康对照排除纳入标准 | 第48-50页 |
| ·CHB 患者生物样本采集 | 第50-51页 |
| ·血样采集 | 第50页 |
| ·尿液采集 | 第50-51页 |
| ·粪便采集 | 第51页 |
| ·对大规模粪便样品细菌总基因组DNA 的提取 | 第51页 |
| ·CHB 粪便 DNA 的 16S rRNA 基因 V3 区 bar coded 454 测序 | 第51-53页 |
| ·454 序列的处理及系统发育分析 | 第53-57页 |
| ·454 序列的质控（quality control）、整理（trimming）及归并（binning） | 第53-54页 |
| ·序列比对 | 第54-55页 |
| ·计算距离矩阵 | 第55页 |
| ·划分操作分类单元（Operation Taxonomy Unit，OTU） | 第55-56页 |
| ·多样性分析 | 第56-57页 |
| ·系统进化树的建立 | 第57页 |
| ·分析分类地位 | 第57页 |
| ·肠道菌群测序数据的统计分析 | 第57-60页 |
| ·数据预处理 | 第57-58页 |
| ·人体肠道菌群结构的多变量统计学分析 | 第58-60页 |
| ·实验结果 | 第60-71页 |
| ·CHB 对肠道菌群多态性的影响 | 第60页 |
| ·CHB 与健康对照肠道菌群结构的整体比较 | 第60-65页 |
| ·主成份分析 | 第60-63页 |
| ·Unifrac 分析 | 第63-65页 |
| ·使用肠道菌群对CHB 及健康对照建立分类模型 | 第65-66页 |
| ·使用PLS-DA 建立分类模型评估模型 | 第65-66页 |
| ·使用SVM 法建立分类模型 | 第66页 |
| ·人群肠道菌群多样性组成的系统发育分析 | 第66-70页 |
| ·鉴定健康状况相关的特定细菌类群 | 第70-71页 |
| ·讨论 | 第71-74页 |
| ·本章小结 | 第74-75页 |
| ·参考文献 | 第75-81页 |
| 附表1 CHB 患者及健康对照其肠道菌群454 测序信息 | 第81-94页 |
| 附章 造血干细胞移植术对肠道菌群结构的影响 | 第94-106页 |
| 引言 | 第94-95页 |
| ·材料与方法 | 第95-98页 |
| ·患者资料及采集方案 | 第95页 |
| ·预处理及抗生素治疗方案 | 第95-96页 |
| ·粪便样品细菌总基因组DNA 提取 | 第96页 |
| ·HSCT 患者粪便 DNA 的 16S rRNA 基因 V3 区 Bar-coded 454 测序 | 第96-97页 |
| ·454 序列的处理及系统发育分析及肠道菌群测序数据的统计分析 | 第97-98页 |
| ·实验结果 | 第98-103页 |
| ·测序质量评估 | 第98-99页 |
| ·HSCT 期间肠道菌群多样性改变 | 第99页 |
| ·肠道菌群整体结构及分类地位分析 | 第99-103页 |
| ·讨论 | 第103-104页 |
| ·本章小结 | 第104-105页 |
| ·参考文献 | 第105-106页 |
| 附录1 缩写及全称 | 第106-107页 |
| 附录2 仪器设备 | 第107-108页 |
| 研究生阶段已(待)发表的论文及参加的科研课题 | 第108-109页 |
| 已(待)发表的论文 | 第108页 |
| 参加的科研课题 | 第108-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
