| 英文摘要 | 第1-11页 |
| 中文摘要 | 第11-13页 |
| Chapter 1 INTRODUCTION | 第13-16页 |
| 1．1 The utilization of microarray | 第13-14页 |
| 1．2 The importance of statistical methods for gene expression data | 第14-15页 |
| 1．3 Objective of this research | 第15-16页 |
| Chapter 2 LITERRATURE REVIEW | 第16-42页 |
| 2．1 The development of microarray technology | 第16-20页 |
| 2．1．1 Biological background on microarray technology | 第16-18页 |
| 2．1．2 Microarray systems | 第18-20页 |
| 2．1．2．1 Oligonucleotide arrays | 第18-19页 |
| 2．1．2．2 cDNA microarrays | 第19页 |
| 2．1．2．3 Microarray production variants | 第19-20页 |
| 2．2 Procedures in cDNA Microarray technology | 第20-21页 |
| 2．3 Design of studies using Microarray | 第21-26页 |
| 2．3．1 Objectives of DNA microarray studies | 第21-22页 |
| 2．3．1．1 Class Comparison | 第21-22页 |
| 2．3．1．2 Class Discovery | 第22页 |
| 2．3．2 Variation source and replication level of Microarray | 第22-23页 |
| 2．3．3 Experimental design of Microarray | 第23-26页 |
| 2．4 Statistical methods of microarray data analysis | 第26-39页 |
| 2．4．1 Normalization | 第26-28页 |
| 2．4．2 Identifying different expressed genes | 第28-31页 |
| 2．4．2．1 Methods for identifying different expressed genes | 第28-30页 |
| 2．4．2．2 False positive and false negative | 第30-31页 |
| 2．4．3 Dimension reducing | 第31-32页 |
| 2．4．4 Cluster and classification | 第32-39页 |
| 2．4．4．1 Unsupervised method: Cluster analysis | 第33-37页 |
| 2．4．4．2 Supervised grouping: discrimination analysis and classification | 第37-39页 |
| 2．5 Application of microarray technology | 第39-42页 |
| Chapter 3 METHODS FOR MICROARRAY DATA ANALYSIS | 第42-58页 |
| 3．1 Introduction | 第42-43页 |
| 3．2 Models and Methodology | 第43-49页 |
| 3．2．1 t-test method | 第43-44页 |
| 3．2．2 Wolfinger's method | 第44-45页 |
| 3．2．3 Mixed linear model approach | 第45-49页 |
| 3．2．3．1 Mixed linear model for nficroarray data analysis | 第45-46页 |
| 3．2．3．2 Noise filtering model and single gene model | 第46-47页 |
| 3．2．3．3 Multi-gene model | 第47-49页 |
| 3．3 Simulation | 第49-51页 |
| 3．3．1 Experimental design | 第49页 |
| 3．3．2 Generating gene expression data | 第49-50页 |
| 3．3．3 Efficiency of identification of differentially expressed genes | 第50页 |
| 3．3．4 Efficiency of predicting random effects and estimating fixed effects | 第50-51页 |
| 3．4 Simulation Results | 第51-54页 |
| 3．4．1 Effects of identification of differential expressed genes | 第51-53页 |
| 3．4．2 Efficiencies of predicting random effects and estimating fixed effects | 第53-54页 |
| 3．5 Discussion | 第54-58页 |
| Chapter 4 A CONDITIONAL VARIABLE APPROACH TO ANALYZE DYNAMIC GENE EXPRESSION DATA | 第58-70页 |
| 4．1 Introduction | 第58-60页 |
| 4．2 Models and Methodology | 第60-63页 |
| 4．3 Simulation | 第63-64页 |
| 4．3．1 Experimental design | 第63页 |
| 4．3．2 Generating gene expression data | 第63页 |
| 4．3．3 Constructing new variable | 第63-64页 |
| 4．3．4 Comparison of conditional variable approach with difference approach | 第64页 |
| 4．4 Simulation Results | 第64-67页 |
| 4．4．1 Efficiencies of identification of differentially expressed genes | 第64-66页 |
| 4．4．2 Efficiencies of predicting random effects and estimating fixed effects | 第66-67页 |
| 4．5 Discussion | 第67-70页 |
| Chapter 5 WORKED EXAMPLE OF MICROARRAY DATA ANALYSIS FOR CANCER CELL LINE TREATED BY MEDICAMENT | 第70-83页 |
| 5．1 Description of data set | 第70-71页 |
| 5．2 Analysis for data of single cell line and single treatment by mixed model approach | 第71-72页 |
| 5．3 Comparing three methods for analysis data of multiple cell lines and treatments | 第72-74页 |
| 5．4 Conditional analysis with two time point data of multiple cell lines and treatments | 第74-75页 |
| 5．5 Discussion | 第75-83页 |
| SUMMARY | 第83-85页 |
| REFERENCES | 第85-100页 |
