| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-11页 |
| 第一部分 前言 | 第11-28页 |
| 1 线粒体及线粒体基因组 | 第11-17页 |
| ·线粒体概况 | 第11-12页 |
| ·动物线粒体基因组特征 | 第12-13页 |
| ·碱基组成 | 第13页 |
| ·基因含量变化 | 第13-15页 |
| ·线粒体DNA的复制 | 第15-16页 |
| ·线粒体DNA的转录 | 第16页 |
| ·线粒体的翻译 | 第16-17页 |
| 2 线粒体基因组研究方法 | 第17-19页 |
| ·线粒体基因组DNA的分离 | 第17-18页 |
| ·基于长PCR方法的测序策略 | 第18页 |
| ·线粒体基因组的拼接 | 第18-19页 |
| ·线粒体基因组注释 | 第19页 |
| 3 昆虫纲全线粒体基因组测序现状 | 第19-23页 |
| ·基因组学简介 | 第19-20页 |
| ·节肢动物线粒体基因组的研究进展 | 第20-23页 |
| 4 直翅目(Orthoptera)昆虫全线粒体基因组研究进展 | 第23-27页 |
| ·直翅目 | 第23-25页 |
| ·蝗总科(Acridoidea)简介 | 第25-27页 |
| 5 研究的目的和意义 | 第27-28页 |
| 第二部分 材料与方法 | 第28-42页 |
| 1 实验材料 | 第28-30页 |
| ·标本的采集、保存与鉴定 | 第28页 |
| ·实验仪器和试剂 | 第28-30页 |
| 2 实验方法 | 第30-37页 |
| ·总 DNA提取 | 第30-31页 |
| ·总 DNA检测 | 第31-32页 |
| ·PCR引物设计及PCR扩增 | 第32-36页 |
| ·Sub-PCR扩增产物测序 | 第36-37页 |
| 3 序列编辑及校正 | 第37-38页 |
| ·测序结果的片段拼接 | 第37页 |
| ·线粒体基因组序列的基因定位与注释 | 第37-38页 |
| 4 直翅目昆虫的线粒体系统发育分析 | 第38-42页 |
| ·序列数据来源 | 第38-40页 |
| ·序列比对 | 第40页 |
| ·序列组成分析 | 第40页 |
| ·数据组系统发育信号检验 | 第40-41页 |
| ·建树方法 | 第41-42页 |
| 第三部分 实验结果 | 第42-44页 |
| 1 总 DNA提取结果 | 第42页 |
| 2 长PCR(L-PCR)扩增和纯化 | 第42-43页 |
| 3 二次PCR扩增和纯化 | 第43页 |
| 4 序列拼接 | 第43-44页 |
| 第四部分 云南卡蝗线粒体基因组 | 第44-55页 |
| 1 线粒体基因组的结构组成及特征 | 第44-47页 |
| ·基因组结构化与基因顺序 | 第44-45页 |
| ·核苷酸组成特点 | 第45-47页 |
| ·基因重叠区和基因间隔序列 | 第47页 |
| 2 蛋白质基因 | 第47-49页 |
| ·蛋白质基因碱基组成偏向性分析 | 第47-48页 |
| ·蛋白质基因密码子使用 | 第48-49页 |
| ·蛋白质基因氨基酸组成 | 第49页 |
| 3 tRNA基因 | 第49-51页 |
| 4 rRNA基因 | 第51-54页 |
| 5 控制区 | 第54-55页 |
| 第五部分 斑腿勐腊蝗线粒体基因 | 第55-65页 |
| 1 线粒体基因组的结构组成及特征 | 第55-58页 |
| ·基因组结构化与基因顺序 | 第55-56页 |
| ·核苷酸组成特点 | 第56-57页 |
| ·基因重叠区和基因间隔序列 | 第57-58页 |
| 2 蛋白质基因 | 第58-60页 |
| ·蛋白质基因碱基组成偏向性分析 | 第58页 |
| ·蛋白质基因密码子使用 | 第58-59页 |
| ·蛋白质基因氨基酸组成 | 第59-60页 |
| 3 tRNA基因 | 第60-61页 |
| 4 rRNA基因 | 第61-64页 |
| 5 控制区 | 第64-65页 |
| 第六部分 柯氏无翅蝗线粒体基因组 | 第65-76页 |
| 1 线粒体基因组的结构组成及特征 | 第65-68页 |
| ·基因组结构化与基因顺序 | 第65-66页 |
| ·核苷酸组成特点 | 第66-68页 |
| ·基因重叠区和基因间隔序列 | 第68页 |
| 2 蛋白质基因 | 第68-71页 |
| ·蛋白质基因碱基组成偏向性分析 | 第68-69页 |
| ·蛋白质基因密码子使用 | 第69-70页 |
| ·蛋白质基因氨基酸组成 | 第70-71页 |
| 3 tRNA基因 | 第71-72页 |
| 4 rRNA基因 | 第72-75页 |
| 5 控制区 | 第75-76页 |
| 第七部分 线粒体基因组分析与讨论 | 第76-85页 |
| 1 22种线粒体基因组的结构组成和基因顺序比较 | 第76-77页 |
| 2 22种线粒体基因组的基因间隔和重叠区比较 | 第77-78页 |
| 3 22种线粒体基因组密码子变异 | 第78-80页 |
| 4 10物种rRNA二级结构比较 | 第80-83页 |
| 5 22种线粒体基因组AT富含区域的比较 | 第83-85页 |
| 第八部分 系统发育构建结果分析和讨论 | 第85-105页 |
| 1 数据集数据来源及序列组成分析 | 第85-86页 |
| 2 碱基替换饱和性分析 | 第86-89页 |
| 3 gl检验和PTP检验 | 第89页 |
| 4 构建系统发育树 | 第89-91页 |
| ·简约法建树 | 第89-90页 |
| ·极似然法建树 | 第90-91页 |
| ·贝叶斯系统发育推论法建树 | 第91页 |
| 5 系统发育关系重建 | 第91-100页 |
| ·简约法建树 | 第91-95页 |
| ·最大似然法建树 | 第95-98页 |
| ·贝叶斯系统发育推论 | 第98-100页 |
| 6 讨论 | 第100-105页 |
| ·影响系统发育树构建的因素 | 第100页 |
| ·直翅目昆虫基因序列数据集系统发育分析和讨论 | 第100-105页 |
| 结论 | 第105-107页 |
| 参考文献 | 第107-121页 |
| 致谢 | 第121-122页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第122页 |