| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 缩略词 | 第10-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-31页 |
| ·密码子偏性研究 | 第12-22页 |
| ·有关密码子使用的主要分子进化理论介绍 | 第12-14页 |
| ·密码子使用偏好性的生物学基础 | 第14-18页 |
| ·密码子偏性常用衡量方法 | 第18-21页 |
| ·研究密码子使用模式的意义 | 第21页 |
| ·密码子偏性研究进展 | 第21-22页 |
| ·系统发育学研究 | 第22-27页 |
| ·进化树构建概述 | 第23页 |
| ·评估进化树和数据 | 第23-24页 |
| ·进化树的构建方法 | 第24-26页 |
| ·进化树搜索 | 第26-27页 |
| ·生物信息数据库与查询 | 第27-28页 |
| ·常用分析软件 | 第28-29页 |
| ·CodonW | 第28页 |
| ·SPSS（社会科学统计分析包） | 第28-29页 |
| ·MEGA（分子进化遗传分析软件） | 第29页 |
| ·植物病毒研究进展 | 第29-30页 |
| ·芜菁花叶病毒概述 | 第29-30页 |
| ·本研究工作的目的和意义 | 第30-31页 |
| 第2章 基于芜菁花叶病毒P1，CP 基因的密码子偏性分析 | 第31-36页 |
| ·材料与方法 | 第31-32页 |
| ·病毒分离物的P1，CP 基因序列 | 第31页 |
| ·软件 | 第31页 |
| ·方法 | 第31-32页 |
| ·结果 | 第32-33页 |
| ·芜菁花叶病毒CP+P1 基因系统发生树 | 第32页 |
| ·芜菁花叶病毒CP+P1 密码子偏性聚类树 | 第32-33页 |
| ·小结 | 第33-36页 |
| 第3章 基于相对密码子频率的芜菁花叶病毒全基因组序列的进化分析 | 第36-47页 |
| ·材料与方法 | 第36-39页 |
| ·基因序列 | 第36-38页 |
| ·密码子偏性分析 | 第38页 |
| ·系统发育分析 | 第38-39页 |
| ·结果与讨论 | 第39-41页 |
| ·芜菁花叶病毒密码子偏性聚类分析 | 第39-40页 |
| ·芜菁花叶病毒系统发育分析 | 第40页 |
| ·比较基于RSCU 聚类分析与基于基因碱基序列的系统发育分析之间异同. | 第40-41页 |
| ·小结 | 第41-47页 |
| 第4章 马铃薯Y 病毒属植物病毒基因的密码子偏性分析 | 第47-52页 |
| ·材料与方法 | 第48-49页 |
| ·基因序列 | 第48页 |
| ·密码子偏性分析 | 第48-49页 |
| ·方法 | 第49页 |
| ·结果 | 第49-50页 |
| ·小结 | 第50-52页 |
| 结论 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-60页 |
| 附录A 攻读硕士学位期间所发表的学术论文目录 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
