| 英文缩略词语表 | 第10-11页 |
| 摘要和关键词 | 第11-13页 |
| Abstract and Keywords | 第13-14页 |
| 引言 | 第15-18页 |
| 实验材料与方法 | 第18-59页 |
| 第一章: STARR-seq筛选调控性SNP | 第18-40页 |
| 1、分析确定肿瘤风险相关的SNP位点所在的目标文库 | 第18-19页 |
| 1.1 收集所有与肿瘤风险相关的TAG SNP | 第18-19页 |
| 1.2 收集所有与TAG SNP相连锁的SNP | 第19页 |
| 1.3 收集SNP所在DNA片段的位置信息 | 第19页 |
| 1.4 订购目标文库探针 | 第19页 |
| 1.5 SNP覆盖率与个体样本数的拟合 | 第19页 |
| 2、中国人群基因组混合样本DNA文库的制备 | 第19-24页 |
| 2.1 主要试剂以及试剂盒 | 第19-20页 |
| 2.2 实验仪器 | 第20页 |
| 2.3 样本人群 | 第20页 |
| 2.4 实验方法 | 第20-24页 |
| 3、探针捕获10673个目标SNP所在的DNA文库 | 第24-28页 |
| 3.1 主要试剂以及试剂盒 | 第24-25页 |
| 3.2 主要仪器 | 第25页 |
| 3.3 实验方法 | 第25-28页 |
| 4、构建目的片段的质粒文库 | 第28-33页 |
| 4.1 主要试剂以及试剂盒 | 第28-30页 |
| 4.2 主要仪器 | 第30页 |
| 4.3 实验方法 | 第30-33页 |
| 5、质粒文库转染细胞与cDNA文库的构建 | 第33-40页 |
| 5.1 主要试剂以及试剂盒 | 第33-34页 |
| 5.2 主要仪器 | 第34-35页 |
| 5.3 实验方法 | 第35-40页 |
| 第二章: 数据分析 | 第40-46页 |
| 1、STARR-seq片段活性分析 | 第40页 |
| 1.1 分析软件 | 第40页 |
| 1.2 分析方法 | 第40页 |
| 2、有调控活性的SNP片段在调控区域的富集分析 | 第40-42页 |
| 2.1 数据库以及数据来源 | 第40-42页 |
| 2.2 分析方法 | 第42页 |
| 3、eQTL分析 | 第42-44页 |
| 3.1 数据来源 | 第42页 |
| 3.2 数据整理 | 第42-43页 |
| 3.3 第一步回归分析 | 第43页 |
| 3.4 基因表达残差数据的整理 | 第43页 |
| 3.5 个体SNP基因型数据的整理 | 第43页 |
| 3.6 第二步回归分析 | 第43-44页 |
| 3.7 校正p值 | 第44页 |
| 4、Topologically Associating Domains (TAD)分析 | 第44页 |
| 5、转录因子motif结合分析 | 第44-46页 |
| 5.1 分析软件 | 第44页 |
| 5.2 motif数据库 | 第44页 |
| 5.3 分析方法 | 第44-46页 |
| 第三章: 筛选结果验证 | 第46-59页 |
| 1、双荧光验证调控片段活性 | 第46-53页 |
| 1.1 主要试剂以及试剂盒 | 第46-47页 |
| 1.2 主要仪器 | 第47-48页 |
| 1.3 实验方法 | 第48-53页 |
| 2、CRISPR介导的基因编辑技术验证SNP增强子对靶基因的调节 | 第53-59页 |
| 2.1 主要试剂与试剂盒 | 第53-54页 |
| 2.2 主要仪器 | 第54页 |
| 2.3 实验方法 | 第54-59页 |
| 结果 | 第59-88页 |
| 1、肿瘤风险相关的SNP的基本信息 | 第59页 |
| 2、个体样本数目与人群SNP覆盖率的关系 | 第59-60页 |
| 3、目标文库捕获富集质控结果 | 第60-61页 |
| 4、STARR-seq测序结果的分析及验证 | 第61-70页 |
| 4.1 测序结果的统计描述 | 第61-62页 |
| 4.2 两次重复实验的稳定性 | 第62-63页 |
| 4.3 鉴定具有调控活性的SNP片段 | 第63-64页 |
| 4.4 两次筛选结果的相关性 | 第64-65页 |
| 4.5 双荧光验证结果 | 第65页 |
| 4.6 Epimarker富集结果 | 第65-67页 |
| 4.7 PRE/NRE SNP与GWAS的结果的对比分析 | 第67-68页 |
| 4.8 PRE SNP与NRE SNP的连锁结果 | 第68-69页 |
| 4.9 相邻调控元件之间的距离分布 | 第69-70页 |
| 5、鉴定调控型SNP | 第70-80页 |
| 5.1 测序片段的长度分布 | 第70-71页 |
| 5.2 鉴定SNP的基因型 | 第71-72页 |
| 5.3 Reads中检测到的SNP的质量 | 第72页 |
| 5.4 SNP等位基因频率分布的结果 | 第72-73页 |
| 5.5 SNP等位基因频率在筛选前后的变化 | 第73-74页 |
| 5.6 分析鉴定调控型SNP | 第74-75页 |
| 5.7 SNP的调控能力与所处片段的活性关系 | 第75-76页 |
| 5.8 调控型SNP活性的稳定性 | 第76页 |
| 5.9 双荧光验证调控型SNP变异的活性差异 | 第76-77页 |
| 5.10 调控型SNP在转录因子结合位点的富集结果 | 第77-78页 |
| 5.11 调控型SNP破坏转录因子结合位点 | 第78-80页 |
| 6、rs11055880调控ATF7IP基因的表达 | 第80-83页 |
| 6.1 rs11055880是一个调控型SNP | 第80-81页 |
| 6.2 rs11055880位于ATF7IP的调控区域 | 第81-82页 |
| 6.3 rs11055880与ATF7IP在同一拓扑学结构中 | 第82-83页 |
| 6.4 抑制rs11055880片段的活性可以下调ATF7IP的表达 | 第83页 |
| 7、rs12142375调控PDE4B的表达 | 第83-88页 |
| 7.1 rs12142375是一个调控型SNP变异 | 第84页 |
| 7.2 rs12142375位于PDE4B的基因调控区域 | 第84-85页 |
| 7.3 rs12142375所在区域调节PDE4B基因的表达 | 第85-86页 |
| 7.4 rs12142375变异破坏所在区域的调控活性 | 第86页 |
| 7.5 eQTL分析显示rs12142375调控PDE4B的表达 | 第86-87页 |
| 7.6 PDE4B在肿瘤组织中高表达 | 第87-88页 |
| 结论 | 第88-90页 |
| 讨论 | 第90-93页 |
| 参考文献 | 第93-98页 |
| 综述 | 第98-110页 |
| 参考文献 | 第105-110页 |
| 附录: 双荧光验证的SNP活性 | 第110-114页 |
| 致谢 | 第114-117页 |
| 个人简历 | 第117-119页 |
