| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 引言 | 第12-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-24页 |
| 1 豆类植物研究进展 | 第14-17页 |
| 1.1 豆类植物基因组研究进展 | 第14-16页 |
| 1.2 豆类植物转录组研究进展 | 第16-17页 |
| 2 植物DNA条形码的研究进展 | 第17-24页 |
| 2.1 DNA条形码的概念 | 第17页 |
| 2.2 DNA条形码的发展及研究进展 | 第17-18页 |
| 2.3 matK基因 | 第18-20页 |
| 2.3.1 matK基因序列的特点 | 第18-19页 |
| 2.3.2 matK基因的研究进展 | 第19页 |
| 2.3.2 matK基因在豆科植物中的研究进展 | 第19-20页 |
| 2.4 ITS序列 | 第20-21页 |
| 2.4.1 ITS序列的特点 | 第20页 |
| 2.4.2 ITS序列的研究进展 | 第20-21页 |
| 2.4.3 ITS序列在豆科植物中的研究进展 | 第21页 |
| 2.5 DNA条形码的技术流程和分析方法 | 第21-24页 |
| 2.5.1 DNA条形码的技术流程 | 第21页 |
| 2.5.2 DNA条形码的分析方法 | 第21-24页 |
| 第二章 江苏地方菜豆及其他豆类植物的亲缘关系研究 | 第24-42页 |
| 1 实验材料 | 第24-25页 |
| 1.1 植物材料 | 第24-25页 |
| 1.2 主要仪器和试剂 | 第25页 |
| 1.2.1 主要仪器 | 第25页 |
| 1.2.2 试剂 | 第25页 |
| 2 实验方法 | 第25-29页 |
| 2.1 基因组DNA提取 | 第25-26页 |
| 2.2 质量及浓度检测 | 第26页 |
| 2.3 PCR扩增及纯化 | 第26-28页 |
| 2.3.1 片段的选择 | 第26页 |
| 2.3.2 引物的选择、PCR扩增以及PCR产物纯化 | 第26-28页 |
| 2.4 数据处理 | 第28页 |
| 2.5 序列分析 | 第28页 |
| 2.6 分化时间计算 | 第28-29页 |
| 3 结果与分析 | 第29-40页 |
| 3.1 DNA提取 | 第29-30页 |
| 3.2 PCR扩增及PCR产物纯化 | 第30-31页 |
| 3.4 测序结果和DNA序列校对 | 第31页 |
| 3.5 序列分析 | 第31-37页 |
| 3.5.1 SNP分析 | 第31-36页 |
| 3.5.2 G、C含量分析 | 第36-37页 |
| 3.6 遗传距离、亲缘关系及分化时间分析 | 第37-40页 |
| 3.6.1 遗传距离分析 | 第37页 |
| 3.6.2 系统进化树分析 | 第37-40页 |
| 3.6.3 分化时间分析 | 第40页 |
| 4 讨论 | 第40-42页 |
| 第三章 四种豆类组织特异表达基因的功能分析 | 第42-58页 |
| 1 材料与方法 | 第42-43页 |
| 1.1 数据来源 | 第42页 |
| 1.2 生物信息学分析所用到的软件 | 第42页 |
| 1.3 主要分析方法 | 第42-43页 |
| 1.3.1 直系同源基因的鉴定 | 第42-43页 |
| 1.3.2 组织特异表达基因及直系同源基因的GO注释 | 第43页 |
| 1.3.3 特异功能基因的KEGG途径分析 | 第43页 |
| 2 结果与分析 | 第43-55页 |
| 2.1 大豆组织特异表达基因直系同源基因的鉴定 | 第43页 |
| 2.2 大豆组织特异表达基因及直系同源基因的GO注释 | 第43-53页 |
| 2.2.1 大豆组织特异表达基因的GO注释 | 第44-46页 |
| 2.2.2 菜豆直系同源基因的GO注释 | 第46-49页 |
| 2.2.3 红小豆直系同源基因的GO注释 | 第49-51页 |
| 2.2.4 绿豆直系同源基因的GO注释 | 第51-53页 |
| 2.3 菜豆特异功能基因的KEGG途径分析 | 第53-55页 |
| 3 讨论 | 第55-58页 |
| 全文结论 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-68页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第68-70页 |
| 附录 | 第70-104页 |
| 致谢 | 第104页 |
