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鸡喙畸形性状全基因组关联分析及拷贝数变异研究

摘要第6-8页
abstract第8-9页
英文缩略表第13-15页
第一章 引言第15-27页
    1.1 喙畸形研究进展第15-19页
        1.1.1 喙的形成第15-16页
        1.1.2 喙的结构和形态第16页
        1.1.3 禽类喙畸形第16-17页
        1.1.4 喙形态发育的影响因素第17-18页
        1.1.5 其他物种唇部形态异常的相关研究第18-19页
    1.2 全基因组关联分析(GWAS)第19-24页
        1.2.1 GWAS分析方法第19-21页
        1.2.2 群体分层第21页
        1.2.3 GWAS多重检验校正第21-22页
        1.2.4 GWAS的应用第22-23页
        1.2.5 基于生物学通路的GWAS第23-24页
    1.3 拷贝数变异(CNV)研究第24-26页
        1.3.1 CNV的结构特性第24-25页
        1.3.2 CNV的形成机制第25页
        1.3.3 CNV的检测和验证方法第25页
        1.3.4 CNV的应用第25-26页
    1.4 本研究的目的意义第26-27页
第二章 “喙畸形”北京油鸡资源群体构建及遗传规律探究第27-35页
    2.1 前言第27页
    2.2 材料与方法第27-29页
        2.2.1 试验动物及饲养第27页
        2.2.2 试验方法第27-29页
    2.3 结果与分析第29-33页
        2.3.1 喙畸形北京油鸡资源群体构建及子一代畸形率统计第29-31页
        2.3.2 混精配种试验后代畸形率统计第31页
        2.3.3 回交试验后代畸形率统计第31-32页
        2.3.4 喙畸形鸡孵化水平及鸡喙相关指标统计第32-33页
    2.4 讨论第33-34页
    2.5 小结第34-35页
第三章 鸡喙畸形性状全基因组关联分析第35-61页
    3.1 前言第35-36页
    3.2 材料与方法第36-42页
        3.2.1 试验动物与样品第36-37页
        3.2.2 主要仪器和试剂配制第37-38页
        3.2.3 试验方法第38-42页
    3.3 结果与分析第42-56页
        3.3.1 基因组DNA检测结果第42页
        3.3.2 SNP基因分型及质量控制第42-45页
        3.3.3 试验鸡群的群体结构第45页
        3.3.4 基于单个SNP的全基因组关联分析第45-53页
        3.3.5 基于通路的全基因组关联分析第53-56页
    3.4 讨论第56-60页
        3.4.1 试验群体第56-57页
        3.4.2 GWAS研究与应用第57-58页
        3.4.3 GWAS结果与候选基因第58-59页
        3.4.4 GWAS结果与候选通路第59-60页
    3.5 小结第60-61页
第四章 鸡喙畸形性状拷贝数变异研究第61-78页
    4.1 前言第61页
    4.2 材料与方法第61-67页
        4.2.1 试验动物与样品第61页
        4.2.2 主要仪器和试剂配制第61-62页
        4.2.3 试验方法第62-67页
    4.3 结果与分析第67-75页
        4.3.1 基因组DNA检测结果第67-68页
        4.3.2 SNP基因分型及CNV质量控制第68页
        4.3.3 CNVs及CNVRs分析第68-69页
        4.3.4 喙畸形和正常组CNVR图谱绘制第69-72页
        4.3.5 CNVR区域内基因注释及富集分析第72-74页
        4.3.6 qRT-PCR验证结果第74-75页
    4.4 讨论第75-77页
        4.4.1 CNV研究与应用第75-76页
        4.4.2 CNV结果与候选基因第76页
        4.4.3 CNV结果与候选通路第76-77页
    4.5 小结第77-78页
第五章 全文结论第78-79页
    5.1 结论第78页
    5.2 创新点第78-79页
参考文献第79-89页
附录第89-96页
致谢第96-98页
作者简历第98-99页

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