| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-9页 |
| 第1章 前言 | 第13-23页 |
| 1.1 昆虫线粒体概述 | 第13-17页 |
| 1.1.1 昆虫线粒体的结构功能 | 第13页 |
| 1.1.2 昆虫线粒体基因组特征 | 第13-15页 |
| 1.1.3 昆虫线粒体基因组研究进展 | 第15-17页 |
| 1.2 迟螽亚科分类研究概述 | 第17-19页 |
| 1.2.1 世界迟螽亚科分类研究进展 | 第18页 |
| 1.2.2 中国迟螽亚科分类研究进展 | 第18-19页 |
| 1.3 常用的系统发育分析方法和原理 | 第19-20页 |
| 1.4 分子钟 | 第20-22页 |
| 1.4.1 分子钟的原理 | 第20-21页 |
| 1.4.2 分子钟的校准 | 第21页 |
| 1.4.3 分子钟分析软件及其原理 | 第21-22页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第22-23页 |
| 第2章 材料与方法 | 第23-37页 |
| 2.1 材料 | 第23页 |
| 2.2 仪器 | 第23页 |
| 2.3 试剂 | 第23页 |
| 2.4 生物信息学软件 | 第23-24页 |
| 2.5 实验流程 | 第24-30页 |
| 2.5.1 DNA提取 | 第24页 |
| 2.5.2 DNA检测 | 第24页 |
| 2.5.3 PCR流程 | 第24-25页 |
| 2.5.4 PCR引物设计 | 第25页 |
| 2.5.5 PCR体系和程序 | 第25-28页 |
| 2.5.5.1 反应体系 | 第26-27页 |
| 2.5.5.2 反应程序 | 第27-28页 |
| 2.5.6 克隆 | 第28-30页 |
| 2.5.6.1 准备工作 | 第28-29页 |
| 2.5.6.2 连接 | 第29页 |
| 2.5.6.3 转化 | 第29-30页 |
| 2.6 线粒体全基因组拼接与注释 | 第30-31页 |
| 2.6.1 拼接 | 第30页 |
| 2.6.2 注释 | 第30页 |
| 2.6.3 绘制线粒体基因组模式图 | 第30-31页 |
| 2.7 线粒体全基因组组成分析 | 第31页 |
| 2.8 系统发育分析 | 第31-35页 |
| 2.8.1 外群选择 | 第31页 |
| 2.8.2 序列信息 | 第31-34页 |
| 2.8.3 序列比对及数据集优化 | 第34页 |
| 2.8.4 饱和性分析方法 | 第34页 |
| 2.8.5 系统发育分析方法 | 第34-35页 |
| 2.9 分子钟 | 第35-37页 |
| 2.9.1 分析方法 | 第35页 |
| 2.9.2 化石节点的选择 | 第35页 |
| 2.9.3 设计运行参数 | 第35-37页 |
| 第3章 迟螽线粒体基因组分析和比较 | 第37-57页 |
| 3.1 截尾迟螽Lipotactes truncatus | 第37-43页 |
| 3.1.1 基本结构 | 第37页 |
| 3.1.2 核苷酸组成分析 | 第37-40页 |
| 3.1.3 蛋白质编码基因与密码子使用 | 第40-42页 |
| 3.1.4 tRNA和rRNA基因 | 第42-43页 |
| 3.1.5 A+T丰富区 | 第43页 |
| 3.2 越南迟螽Lipotactes vietnamicus | 第43-50页 |
| 3.2.1 基本结构 | 第43-46页 |
| 3.2.2 核苷酸组成分析 | 第46页 |
| 3.2.3 蛋白质编码基因与密码子使用 | 第46-48页 |
| 3.2.4 tRNA和rRNA基因 | 第48页 |
| 3.2.5 A+T丰富区 | 第48-50页 |
| 3.3 迟螽线粒体基因组比较 | 第50-54页 |
| 3.3.1 结构特点 | 第50页 |
| 3.3.2 核苷酸组成 | 第50页 |
| 3.3.3 蛋白编码基因长度 | 第50页 |
| 3.3.4 遗传距离分析 | 第50-52页 |
| 3.3.5 同义与非同义替换率分析 | 第52-54页 |
| 3.4 讨论 | 第54-57页 |
| 第4章 螽亚目系统发育研究 | 第57-69页 |
| 4.1 数据的选择和处理 | 第58-60页 |
| 4.2 构建系统发育树 | 第60-61页 |
| 4.2.1 饱和性分析 | 第60页 |
| 4.2.2 系统发育分析策略 | 第60-61页 |
| 4.3 结果 | 第61-66页 |
| 4.3.1 通过PCG构建BI树 | 第61-62页 |
| 4.3.2 通过PCG构建ML树 | 第62-65页 |
| 4.3.3 通过PCG+R构建BI树 | 第65页 |
| 4.3.4 通过PCG+R构建ML树 | 第65-66页 |
| 4.4 讨论 | 第66-69页 |
| 第5章 螽亚目类群分化时间的估算 | 第69-73页 |
| 5.1 构建分子钟 | 第69页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第69-73页 |
| 第6章 小结 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-83页 |
| 附录 | 第83-89页 |
| 致谢 | 第89-91页 |
| 攻读学位期间取得的科研成果 | 第91页 |