| 缩略词表 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-13页 |
| 前言 | 第14-17页 |
| 1 材料和方法 | 第17-29页 |
| 1.1 研究对象 | 第17-18页 |
| 1.2 主要试剂 | 第18页 |
| 1.3 主要仪器 | 第18-19页 |
| 1.4 数据处理所用软件 | 第19页 |
| 1.5 血浆RNA提取 | 第19-20页 |
| 1.6 样本目的片段扩增 | 第20-24页 |
| 1.6.1 扩增引物、测序引物名称及序列 | 第20-22页 |
| 1.6.2 PCR扩增的体系及条件 | 第22-24页 |
| 1.7 序列整理及亚型分析 | 第24-25页 |
| 1.8 HIV-1近似全长序列获得 | 第25页 |
| 1.9 HIV-1溯源分析 | 第25页 |
| 1.10 HIV-1env区嗜性预测 | 第25页 |
| 1.11 耐药分析 | 第25-26页 |
| 1.12 HCV血清学检测 | 第26-27页 |
| 1.13 HCV核酸扩增 | 第27-28页 |
| 1.14 HCV测序结果整理及亚型分析 | 第28-29页 |
| 2 结果 | 第29-62页 |
| 2.1 研究对象背景信息 | 第29-31页 |
| 2.2 扩增与测序情况 | 第31-33页 |
| 2.3 HIV-1亚型判定及分布情况 | 第33-40页 |
| 2.3.1 HIV-1亚型的地区分布 | 第35-37页 |
| 2.3.2 HIV-1毒株在不同婚姻状况中的分布情况 | 第37页 |
| 2.3.3 HIV-1毒株在不同性别中的分布情况 | 第37-38页 |
| 2.3.4 HIV-1毒株在不同年龄中的分布情况 | 第38页 |
| 2.3.5 HIV-1毒株在不民族中的分布情况 | 第38-39页 |
| 2.3.6 云南HIV-1毒株在不同传播途径中的分布情况 | 第39-40页 |
| 2.4 HIV-1各亚型的系统进化分析 | 第40-51页 |
| 2.4.1 CRF08_BC的溯源分析 | 第40-42页 |
| 2.4.2 CRF07_BC的溯源分析 | 第42-43页 |
| 2.4.3 CRF01_AE的溯源分析 | 第43-44页 |
| 2.4.4 URF重组片段分析 | 第44-48页 |
| 2.4.5 G亚型毒株溯源分析 | 第48-49页 |
| 2.4.6 近似全长序列的系统进化分析 | 第49-51页 |
| 2.5 CRF07_BC在MSM人群中的传播 | 第51-53页 |
| 2.6 env区嗜性分析 | 第53-55页 |
| 2.6.1 不同性别、年龄中HIV-1的嗜性分布情况 | 第53-54页 |
| 2.6.2 不同亚型病毒的嗜性分布 | 第54-55页 |
| 2.6.3 CD4细胞计数与HIV-1嗜性的关系 | 第55页 |
| 2.7 耐药情况 | 第55-59页 |
| 2.7.1 HIV-1基线耐药分析 | 第55-56页 |
| 2.7.2 抗病毒治疗失败的患者HIV-1耐药情况 | 第56-57页 |
| 2.7.3 ART治疗失败的HIV-1感染者病毒耐药位点分布 | 第57-59页 |
| 2.8 HCV抗体和病毒基因检测 | 第59-60页 |
| 2.9 HCV亚型分布 | 第60-61页 |
| 2.10 不同传播途径HCV亚型分布的差异 | 第61-62页 |
| 3 讨论 | 第62-70页 |
| 3.1 HIV-1毒株亚型的种类和分布 | 第62-64页 |
| 3.2 HIV-1各亚型系统进化分析 | 第64-66页 |
| 3.3 CRF07_BC在MSM人群中的流行 | 第66页 |
| 3.4 CRF07_BC在MSM人群中的流行 | 第66-67页 |
| 3.5 HIV-1各亚型嗜性分析 | 第67-69页 |
| 3.6 HIV-1感染者中HCV协同感染状况 | 第69-70页 |
| 4 结论 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-76页 |
| 附录 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77-78页 |
| 综述 | 第78-85页 |
| 参考文献 | 第83-85页 |
