| 全文摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 第1章 绪论 | 第13-44页 |
| 1.1 蛋白检索 | 第15-23页 |
| 1.1.1 序列检索 | 第15-18页 |
| 1.1.2 谱图库检索 | 第18-20页 |
| 1.1.3 肽段质控标准 | 第20-21页 |
| 1.1.4 谱圈预处理 | 第21-22页 |
| 1.1.5 标准蛋白数据集 | 第22-23页 |
| 1.2 蛋白非标记定量 | 第23-25页 |
| 1.3 蛋白修饰 | 第25-26页 |
| 1.4 蛋白糖基化修饰 | 第26-35页 |
| 1.4.1 糖蛋白相关数据库 | 第26-28页 |
| 1.4.2 糖蛋白鉴定相关软件 | 第28-33页 |
| 1.4.3 糖结构的命名和数据交换 | 第33页 |
| 1.4.4 糖链结构鉴定的最新研究方法 | 第33-35页 |
| [参考文献] | 第35-44页 |
| 第2章 蛋白质糖基化位点的分析 | 第44-55页 |
| 2.1 研究背景 | 第44-46页 |
| 2.2 样品处理和数据检索 | 第46页 |
| 2.3 N-糖基化位点数据分析 | 第46-54页 |
| 2.3.1 质谱鉴定结果 | 第46-51页 |
| 2.3.2 N-糖基化位点功能挖掘 | 第51-54页 |
| 小结 | 第54页 |
| [参考文献] | 第54-55页 |
| 第3章 质谱解析糖肽组成方法的研究 | 第55-86页 |
| 3.1 研究背景 | 第55-57页 |
| 3.2 糖肽谱图研究 | 第57-61页 |
| 3.3 GRIP方法的开发 | 第61-73页 |
| 3.3.1 GRIP框架 | 第61-67页 |
| 3.3.2 GRIP理论库的构建 | 第67-69页 |
| 3.3.3 GRIP重要模块实现 | 第69-73页 |
| 3.4 GRIP在标准糖蛋白中的测试 | 第73-82页 |
| 3.4.1 材料与方法 | 第73-74页 |
| 3.4.2 LTQ-ORBITRAP中测试 | 第74-79页 |
| 3.4.3 QIT测试 | 第79-82页 |
| 3.5 讨论 | 第82-84页 |
| 小结 | 第84页 |
| [参考文献] | 第84-86页 |
| 第4章 人类血清样本中糖肤组成的研究 | 第86-106页 |
| 4.1 实验设计 | 第86-87页 |
| 4.2 GRIP打分策略 | 第87-89页 |
| 4.3 GRIP的FDR计算 | 第89-91页 |
| 4.4 标准蛋白测试结果 | 第91-94页 |
| 4.5 血清样品中GRIP方法的运用及大规模验证 | 第94-99页 |
| 4.6 血清中糖肽分子的大规模鉴定 | 第99-103页 |
| 4.7 讨论 | 第103-104页 |
| 小结 | 第104-105页 |
| [参考文献] | 第105-106页 |
| 第5章 质谱解析糖肽拓扑结构方法的研究 | 第106-118页 |
| 5.1 实验设计 | 第106-107页 |
| 5.2 糖链库构建方法 | 第107-111页 |
| 5.3 糖结构库的测试 | 第111-114页 |
| 5.4 讨论 | 第114-116页 |
| 小结 | 第116页 |
| [参考文献] | 第116-118页 |
| 第6章 基于转录组和蛋白质组学的生物标志物筛选方法的研究 | 第118-154页 |
| 6.1 研究背景 | 第118-127页 |
| 6.1.1 肝癌相关数据库介绍 | 第119-120页 |
| 6.1.2 常规分子标志物筛选方法 | 第120-127页 |
| 6.2 肝癌转移细胞株数据集 | 第127-131页 |
| 6.2.1 材料方法 | 第127-128页 |
| 6.2.2 原始数据获取 | 第128-129页 |
| 6.2.3 已知肝癌转移相关的分子标志物 | 第129-131页 |
| 6.3 肝癌转移发生的生物标志物筛选 | 第131-149页 |
| 6.3.1 转录组分析 | 第131-137页 |
| 6.3.2 蛋白组分析 | 第137-143页 |
| 6.3.3 转录组和蛋白组联合筛选 | 第143-149页 |
| 小结 | 第149-150页 |
| [参考文献] | 第150-154页 |
| 附录 | 第154-157页 |
| 缩写表 | 第157-160页 |
| 博士阶段的相关论文及成果 | 第160-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |