| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 研究背景 | 第13-35页 |
| 1 文献综述 | 第13-33页 |
| 1.1 马铃薯及马铃薯产业概述 | 第13-14页 |
| 1.2 马铃薯块茎 | 第14-16页 |
| 1.3 光照对马铃薯块茎形成的影响 | 第16-20页 |
| 1.3.1 光照强度对马铃薯块茎形成的影响 | 第17-18页 |
| 1.3.2 光质对马铃薯块茎形成的影响 | 第18-19页 |
| 1.3.3 光周期对马铃薯块茎形成的影响 | 第19-20页 |
| 1.4 光周期调控马铃薯块茎形成的分子水平研究 | 第20-29页 |
| 1.4.1 光受体及光周期信号的感应 | 第21-23页 |
| 1.4.2 光周期对马铃薯内源激素的调节 | 第23-24页 |
| 1.4.3 光周期对CO/FT途径的调节 | 第24-28页 |
| 1.4.4 光周期对长距离传导RNA的调节 | 第28-29页 |
| 1.5 数字基因表达谱(Digital Gene Expression profiling,DGE) | 第29-33页 |
| 1.5.1 数字基因表达谱的原理及技术路线 | 第30-31页 |
| 1.5.2 数字表达谱数据分析流程 | 第31-32页 |
| 1.5.3 数字基因表达谱的优缺点及应用 | 第32-33页 |
| 2 课题提出 | 第33-35页 |
| 第二章 光质对马铃薯试管薯形成的影响 | 第35-53页 |
| 1 前言 | 第35页 |
| 2 材料与方法 | 第35-38页 |
| 2.1 植物材料 | 第35-36页 |
| 2.2 方法 | 第36-38页 |
| 2.2.1 基础苗繁殖 | 第36页 |
| 2.2.2 试管薯诱导 | 第36-37页 |
| 2.2.3 数据观测 | 第37页 |
| 2.2.4 数据处理 | 第37页 |
| 2.2.5 统计分析 | 第37-38页 |
| 3 结果与分析 | 第38-50页 |
| 3.1 光质对组织培养下单株结薯数的影响 | 第38-44页 |
| 3.1.1 LP对组织培养条件下单株结薯数的影响 | 第39-40页 |
| 3.1.2 LM对组织培养条件下单株结薯数的影响 | 第40-41页 |
| 3.1.3 基因型对组织培养条件下单株结薯数的影响 | 第41-44页 |
| 3.2 光质对组织培养条件下单薯重的影响 | 第44-50页 |
| 3.2.1 LP对单薯重的影响 | 第45-46页 |
| 3.2.2 LM对单薯重的影响 | 第46页 |
| 3.2.3 基因型对单薯重的影响 | 第46-50页 |
| 4 讨论 | 第50-53页 |
| 4.1 光质对组织培养条件下单株结薯数的影响 | 第50-51页 |
| 4.2 光质对组织培养条件下单薯重的影响 | 第51-53页 |
| 第三章 光周期诱导的马铃薯试管薯形成相关基因分离与表达分析 | 第53-111页 |
| 1 前言 | 第53-54页 |
| 2 材料与方法 | 第54-66页 |
| 2.1 植物材料 | 第54-55页 |
| 2.2 方法 | 第55-66页 |
| 2.2.1 材料处理 | 第55页 |
| 2.2.2 总RNA提取 | 第55-56页 |
| 2.2.3 RNA电泳检测 | 第56-58页 |
| 2.2.4 基因组DNA消化 | 第58-59页 |
| 2.2.5 mRNA分离 | 第59-60页 |
| 2.2.6 反转录cDNA | 第60-61页 |
| 2.2.7 DGE测序文库制备及测序 | 第61-62页 |
| 2.2.8 去除原始数据中的杂质数据 | 第62页 |
| 2.2.9 测序质量评估 | 第62页 |
| 2.2.10 测序标签比对 | 第62-63页 |
| 2.2.11 差异表达基因筛选 | 第63-64页 |
| 2.2.12 差异表达基因GO功能注释及GO功能富集分析 | 第64页 |
| 2.2.13 KEGG pathway注释及富集分析 | 第64-65页 |
| 2.2.14 Real-time quantitative RT-PCR(qPCR)分析 | 第65-66页 |
| 3 结果及分析 | 第66-104页 |
| 3.1 材料E26、E20和E109在不同光周期条件下试管薯的形成情况 | 第66-68页 |
| 3.2 RNA提取及质量检测 | 第68-70页 |
| 3.3 mRNA分离 | 第70-71页 |
| 3.4 双链cDNA合成 | 第71-72页 |
| 3.5 原始数据统计分析 | 第72-73页 |
| 3.6 测序饱和性分析 | 第73-75页 |
| 3.7 Clean tag拷贝数分布 | 第75-79页 |
| 3.8 Clean tag注释 | 第79-81页 |
| 3.9 差异表达基因筛选 | 第81-88页 |
| 3.10 差异表达基因GO功能注释 | 第88-92页 |
| 3.11 差异表达基因KEGG pathway分析 | 第92-98页 |
| 3.12 候选基因在不同基因型材料中的表达模式分析 | 第98-104页 |
| 4 讨论 | 第104-111页 |
| 4.1 DEG注释显示光周期调控马铃薯块茎形成机理的复杂性 | 第104-106页 |
| 4.2 光周期调控马铃薯块茎形成关键候选基因 | 第106-111页 |
| 第四章 总讨论 | 第111-116页 |
| 1 光质对组织培养条件下马铃薯试管薯形成的影响 | 第111-112页 |
| 2 光周期调控马铃薯试管薯形成途径推测 | 第112-114页 |
| 3 研究展望 | 第114-116页 |
| 参考文献 | 第116-132页 |
| 附录 | 第132-139页 |
| 附录A. Dof基因家族进化树分析 | 第132-133页 |
| 附录B. qTR-PCR引物列表 | 第133-137页 |
| 附录C. 总RNA样品质量检测 | 第137-138页 |
| 附录D. 攻读博士学位期间发表论文 | 第138-139页 |
| 致谢 | 第139页 |
